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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6nwr | ||||||
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タイトル | Thioester acyl-intermediate of Apolipoprotein N-acyltransferase (Lnt) | ||||||
![]() | (Apolipoprotein N-acyltransferase) x 2 | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / Enzyme / Nitrilase / N-acyltransferase / Lipoprotein | ||||||
機能・相同性 | ![]() apolipoprotein N-acyltransferase / N-acyltransferase activity / lipoprotein biosynthetic process / outer membrane-bounded periplasmic space / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wiseman, B. / Hogbom, M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Conformational changes in Apolipoprotein N-acyltransferase (Lnt). 著者: Wiseman, B. / Hogbom, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 213.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 166.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 36.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 49.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 58988.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: K12 / 遺伝子: lnt, cutE, b0657, JW0654 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P23930, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 59226.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: K12 / 遺伝子: lnt, cutE, b0657, JW0654 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P23930, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの | ||
#3: 糖 | #4: 化合物 | ChemComp-D12 / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.42 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4 / 詳細: 25 % PEG 2000MME, 100 mM Na cacodylate, 40 mM MgCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月9日 | |||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.5→48.47 Å / Num. obs: 28448 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.4 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.277 / Net I/σ(I): 5.1 | |||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5N6L 解像度: 3.5→48.469 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 28.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 215.04 Å2 / Biso mean: 109.6441 Å2 / Biso min: 36.96 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.5→48.469 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 19 / % reflection obs: 100 %
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