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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6nwd | ||||||
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タイトル | X-ray Crystallographic structure of Gloeobacter rhodopsin | ||||||
![]() | Gll0198 protein | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / Proton pump / Photoreceptor | ||||||
機能・相同性 | ![]() light-activated monoatomic ion channel activity / : / photoreceptor activity / phototransduction / membrane => GO:0016020 / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ernst, O.P. / Morizumi, T. / Ou, W.L. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: X-ray Crystallographic Structure and Oligomerization of Gloeobacter Rhodopsin. 著者: Morizumi, T. / Ou, W.L. / Van Eps, N. / Inoue, K. / Kandori, H. / Brown, L.S. / Ernst, O.P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 69.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 47.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3ddlS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 32307.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 29082 / PCC 7421 / 遺伝子: gll0198 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 20分子 ![](data/chem/img/RET.gif)
![](data/chem/img/PX4.gif)
![](data/chem/img/D10.gif)
![](data/chem/img/D12.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PX4.gif)
![](data/chem/img/D10.gif)
![](data/chem/img/D12.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-RET / | ||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-D10 / | #5: 化合物 | ChemComp-D12 / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.14 % |
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結晶化 | 温度: 307 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.4 詳細: 2.6-2.8 M NaH2PO4, 1,6-hexanediol, triethylene glycol, zinc acetate, n-Octyl-beta-D-Glucoside |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→42.79 Å / Num. obs: 19500 / % possible obs: 96.37 % / 冗長度: 1.8 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.04428 / Rpim(I) all: 0.04428 / Rrim(I) all: 0.06262 / Net I/σ(I): 6.6 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.072 Å / Rmerge(I) obs: 0.2155 / Num. unique obs: 19313 / CC1/2: 0.891 / Rpim(I) all: 0.2155 / Rrim(I) all: 0.3047 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3DDL 解像度: 2→42.79 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→42.79 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.072 Å /
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