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- PDB-6nt0: Catalase 3 from N.Crassa in ferrous state, X-ray reduced (1.315 MGy) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nt0
タイトルCatalase 3 from N.Crassa in ferrous state, X-ray reduced (1.315 MGy)
要素Catalase-3
キーワードOXIDOREDUCTASE / X-ray reduced / Heme / ferrous catalase
機能・相同性
機能・相同性情報


catalase / catalase activity / hydrogen peroxide catabolic process / response to oxidative stress / heme binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Catalase, four-helical domain / Large catalase, C-terminal domain / C-terminal domain found in long catalases / Catalase, mono-functional, haem-containing, clade 2 / Catalase, mono-functional, haem-containing, clade 2, helical domain / Hemocyanin, N-terminal domain / Catalase HpII, Chain A, domain 1 / Catalase core domain / Catalase / Catalase active site ...Catalase, four-helical domain / Large catalase, C-terminal domain / C-terminal domain found in long catalases / Catalase, mono-functional, haem-containing, clade 2 / Catalase, mono-functional, haem-containing, clade 2, helical domain / Hemocyanin, N-terminal domain / Catalase HpII, Chain A, domain 1 / Catalase core domain / Catalase / Catalase active site / Catalase proximal active site signature. / Catalase immune-responsive domain / Catalase-related immune-responsive / Catalase core domain / Catalase, mono-functional, haem-containing / Catalase / catalase family profile. / Catalase superfamily / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / Up-down Bundle / Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / ETHANOL / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Catalase-3
類似検索 - 構成要素
生物種Neurospora crassa (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Zarate-Romero, A. / Rudino-Pinera, E. / Stojanoff, V.
引用ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2019
タイトル: X-ray driven reduction of Cpd I of Catalase-3 from N. crassa reveals differential sensitivity of active sites and formation of ferrous state.
著者: Zarate-Romero, A. / Stojanoff, V. / Cohen, A.E. / Hansberg, W. / Rudino-Pinera, E.
履歴
登録2019年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Catalase-3
B: Catalase-3
C: Catalase-3
D: Catalase-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)322,65542
ポリマ－317,2904
非ポリマー5,36538
水35,3451962
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area63110 Å2
ΔGint-184 kcal/mol
Surface area71340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.100, 154.500, 160.900
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Catalase-3


分子量: 79322.531 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neurospora crassa (strain ATCC 24698 / 74-OR23-1A / CBS 708.71 / DSM 1257 / FGSC 987) (菌類)
株: ATCC 24698 / 74-OR23-1A / CBS 708.71 / DSM 1257 / FGSC 987
遺伝子: cat-3, NCU00355 / プラスミド: pCold I / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9C169, catalase

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非ポリマー , 9種, 2000分子

#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物
ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル


分子量: 46.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#8: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1962 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.32 %
結晶化温度: 277 K / 手法: batch mode / pH: 6.6 / 詳細: Ammonium tartrate dibasic, PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.9674 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月29日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9674 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→29.655 Å / Num. obs: 149236 / % possible obs: 90.11 % / 冗長度: 3.07 % / Biso Wilson estimate: 13.4 Å2 / CC1/2: 0.983 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rrim(I) all: 0.154 / Net I/σ(I): 7.36
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 3.14 % / Rmerge(I) obs: 0.322 / Mean I/σ(I) obs: 3.79 / Num. unique obs: 14510 / CC1/2: 0.859 / Rrim(I) all: 0.379 / % possible all: 88.34

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4AJ9

4aj9


解像度: 2.2→29.655 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1999 7464 5 %
Rwork0.1514 --
obs0.1538 149214 90.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 81.24 Å2 / Biso mean: 14.8846 Å2 / Biso min: 1.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→29.655 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21302 0 364 1962 23628
Biso mean--16.29 18.27 -
残基数----2711
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00422498
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.68530534
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0463192
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0044062
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.06213160
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2-2.2250.2372530.18724601485488
2.225-2.25120.27632450.19294584482988
2.2512-2.27860.24762330.20024586481988
2.2786-2.30740.24992540.1814592484689
2.3074-2.33780.21012570.16414575483289
2.3378-2.36980.2452330.17354649488289
2.3698-2.40370.22472350.16794634486989
2.4037-2.43950.22152090.16444717492690
2.4395-2.47760.22072400.16184662490290
2.4776-2.51820.20732670.15654629489690
2.5182-2.56160.20332210.16124703492490
2.5616-2.60820.21842080.1564697490590
2.6082-2.65830.20542670.15554682494990
2.6583-2.71250.21512750.15354641491690
2.7125-2.77150.2352600.15474697495790
2.7715-2.83590.21522570.15454661491890
2.8359-2.90670.19422230.15474764498790
2.9067-2.98530.23622700.16014705497591
2.9853-3.0730.21822420.16044751499391
3.073-3.17210.20232340.16244778501291
3.1721-3.28530.19062350.15844804503991
3.2853-3.41670.21632300.15594826505692
3.4167-3.5720.19872890.15684808509792
3.572-3.75990.19122780.14184821509992
3.7599-3.9950.15912750.1284879515493
3.995-4.30260.15432590.12074929518893
4.3026-4.7340.1572450.11964947519293
4.734-5.41540.15742270.12294940516792
5.4154-6.80920.19152540.14324863511790
6.8092-29.65760.16262890.13674625491484

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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