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- PDB-6nqi: Prp8 RH domain from C. merolae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nqi
タイトルPrp8 RH domain from C. merolae
要素Pre-mRNA splicing factor PRP8
キーワードSPLICING / Spliceosome / RNase H
機能・相同性
機能・相同性情報


spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / pre-mRNA intronic binding / U1 snRNA binding / catalytic step 2 spliceosome
類似検索 - 分子機能
Prp8 RNase H domain, palm region / PRO8NT domain / PROCN domain / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U6-snRNA-binding / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U5-snRNA-binding / RNA recognition motif, spliceosomal PrP8 / PRP8 domain IV core / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U5-snRNA-binding domain superfamily / Prp8 RNase domain IV, palm region / PRO8NT (NUC069), PrP8 N-terminal domain ...Prp8 RNase H domain, palm region / PRO8NT domain / PROCN domain / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U6-snRNA-binding / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U5-snRNA-binding / RNA recognition motif, spliceosomal PrP8 / PRP8 domain IV core / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U5-snRNA-binding domain superfamily / Prp8 RNase domain IV, palm region / PRO8NT (NUC069), PrP8 N-terminal domain / PROCN (NUC071) domain / U6-snRNA interacting domain of PrP8 / U5-snRNA binding site 2 of PrP8 / RNA recognition motif of the spliceosomal PrP8 / PRP8 domain IV core / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / Pre-mRNA splicing factor PRP8
類似検索 - 構成要素
生物種Cyanidioschyzon merolae (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Garside, E.L. / MacMillan, A.M.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2019
タイトル: Prp8 in a Reduced Spliceosome Lacks a Conserved Toggle that Correlates with Splicing Complexity across Diverse Taxa.
著者: Garside, E.L. / Whelan, T.A. / Stark, M.R. / Rader, S.D. / Fast, N.M. / MacMillan, A.M.
履歴
登録2019年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pre-mRNA splicing factor PRP8
B: Pre-mRNA splicing factor PRP8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7874
ポリマ－49,6312
非ポリマー1562
水00
1
A: Pre-mRNA splicing factor PRP8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8942
ポリマ－24,8161
非ポリマー781
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Pre-mRNA splicing factor PRP8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8942
ポリマ－24,8161
非ポリマー781
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.516, 67.508, 58.859
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.640, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1853 through 1897 or resid 1902 through 2025 or resid 2041 through 2058))
21chain B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEUGLYGLY(chain A and (resid 1853 through 1897 or resid 1902 through 2025 or resid 2041 through 2058))AA1853 - 18976 - 50
12ALAALATRPTRP(chain A and (resid 1853 through 1897 or resid 1902 through 2025 or resid 2041 through 2058))AA1902 - 202555 - 178
13TRPTRPLEULEU(chain A and (resid 1853 through 1897 or resid 1902 through 2025 or resid 2041 through 2058))AA2041 - 2058194 - 211
21LEULEULEULEUchain BBB1853 - 20586 - 211

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要素

#1: タンパク質 Pre-mRNA splicing factor PRP8


分子量: 24815.578 Da / 分子数: 2 / 断片: RH domain (UNP residues 1848-2065) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cyanidioschyzon merolae (strain 10D) (真核生物)
株: 10D / 遺伝子: CYME_CMH168C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: M1V7K2
#2: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100 mM Tris, pH 8.5, 100-150 mM magnesium chloride, 10-12% PEG8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月14日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 15227 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 58.83 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.109 / Χ2: 1.03 / Net I/σ(I): 9.7 / Num. measured all: 97205
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique obsCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRmerge(I) obsRrim(I) all
2.5-2.575.711160.8620.4970.87495.6
2.57-2.646.411500.9450.3550.9911000.8440.917
2.64-2.736.311710.9320.3131.0791000.7320.797
2.73-2.836.511810.9730.2251.0341000.5350.581
2.83-2.946.511750.9670.1841.0251000.440.478
2.94-3.076.511670.9840.1331.031000.3180.346
3.07-3.236.611570.9910.0851.0161000.2040.222
3.23-3.446.511780.9930.0630.9941000.150.163
3.44-3.7611670.9830.0741.08899.70.1680.184
3.7-4.086.411810.9920.0491.0791000.1160.126
4.08-4.666.611770.9970.0291.0821000.0690.075
4.66-5.886.511980.9980.0231.0691000.0540.058
5.88-506.412090.9990.0181.00899.30.0420.046

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.49 Å36.42 Å
Translation2.49 Å36.42 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.8.0位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4JK7

4jk7


解像度: 2.75→36.425 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2633 562 4.94 %
Rwork0.2116 10808 -
obs0.2143 11370 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 204.32 Å2 / Biso mean: 77.9701 Å2 / Biso min: 30.96 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.75→36.425 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3127 0 8 0 3135
Biso mean--55 --
残基数----383
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1749X-RAY DIFFRACTION10.456TORSIONAL
12B1749X-RAY DIFFRACTION10.456TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7501-3.02670.36031300.268726812811100
3.0267-3.46440.32051430.26626952838100
3.4644-4.36360.30271380.22132682282099
4.3636-36.42770.20251510.174327502901100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.0205-2.4712-5.27215.88892.66295.41070.20651.82510.2358-1.15490.7296-0.6664-0.40950.2651-0.56180.6841-0.1805-0.07530.62840.06030.5123-31.0831-9.539-12.2735
26.3770.6920.1291.7847-1.33339.073-0.2223-0.37110.19250.08290.04010.17320.0863-0.70830.24320.3924-0.0024-0.07230.3149-0.04590.4237-30.922-11.10852.9704
38.20511.1095-0.15693.31280.667.3921-0.51620.54910.17690.04010.384-0.2349-0.36681.7921-0.00990.4972-0.0968-0.09720.61550.01150.497-15.6803-8.1518-7.5754
43.65320.04610.19820.2226-0.73114.0001-0.16181.72480.5343-0.01910.7177-0.2379-0.08451.5851-0.84210.8103-0.10580.1051.7434-0.03690.6856-9.5391-10.1468-20.8669
54.59851.47770.43084.7786-0.88411.0430.07940.1186-0.2101-0.0599-0.3240.1741-0.0059-1.7555-0.10670.4789-0.072-0.03211.2439-0.13930.505-37.6509-3.1773-38.156
60.90870.2073-0.01857.60652.9766.41690.276-0.19130.00630.2343-0.4251-0.02040.36-0.13460.22490.4155-0.12940.01670.84740.05230.4283-25.6944-6.3103-38.61
75.5549-3.7042-1.5154.36222.80662.9407-0.4282-0.7628-0.33841.6018-0.16451.20571.6204-0.9491-0.13240.2448-0.41680.14551.6653-0.2070.5195-39.3495-5.1702-30.948
81.34960.71750.83672.21473.33045.4068-0.14950.27310.3499-0.6413-0.67970.2987-1.3636-1.45870.8490.72390.1972-0.13541.1718-0.17970.6466-42.47637.6605-38.3959
95.0484-3.13424.1782.2459-1.6077.5531-0.0894-0.89950.1183-0.7232-0.2970.64190.099-2.71640.42530.6279-0.0975-0.02391.5559-0.28150.6366-47.94436.1424-27.1385
102.98214.2245-0.56256.7798-1.48150.91110.459-0.02681.59661.01330.77962.274-1.4255-2.00110.16290.77640.31410.1712.1788-0.46210.789-50.49212.5936-20.1129
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1851 through 1862 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1863 through 1957 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1958 through 2047 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 2048 through 2059 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1853 through 1902 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 1903 through 1952 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 1953 through 1969 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 1970 through 1998 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 1999 through 2047 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 2048 through 2058 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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