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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6nq8 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of YetJ mutant from Bacillus Subtilis - D171E | ||||||
要素 | Uncharacterized protein YetJ | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Ca2+ channel structure / open conformation / pH sensor | ||||||
機能・相同性 | Bax inhibitor 1-related / Inhibitor of apoptosis-promoting Bax1 / calcium channel activity / calcium ion transport / membrane / plasma membrane / Uncharacterized protein YetJ 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Guo, G. / Chang, Y. / Liu, Q. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2019 タイトル: Ion and pH Sensitivity of a TMBIM Ca2+Channel. 著者: Guo, G. / Xu, M. / Chang, Y. / Luyten, T. / Seitaj, B. / Liu, W. / Zhu, P. / Bultynck, G. / Shi, L. / Quick, M. / Liu, Q. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6nq8.cif.gz | 163.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6nq8.ent.gz | 131.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6nq8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6nq8_validation.pdf.gz | 438.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6nq8_full_validation.pdf.gz | 439.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6nq8_validation.xml.gz | 26 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6nq8_validation.cif.gz | 35.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/6nq8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/6nq8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23858.578 Da / 分子数: 4 / 変異: D171E / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) 株: 168 / 遺伝子: yetJ, BSU07200 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: O31539 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.39 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M MOPS, pH 7.5, 38% PEG 400, and 0.2 M NaCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→47.15 Å / Num. obs: 76248 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.2 % / Net I/σ(I): 5.4 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.31 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4PGS 解像度: 3.1→39.082 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.57
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→39.082 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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