PDB-6nlw: The crystal structure of class D carbapenem-hydrolyzing beta-lact...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6nlw

タイトル

The crystal structure of class D carbapenem-hydrolyzing beta-lactamase BlaA from Shewanella oneidensis MR-1

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / beta-lactamase / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

penicillin binding / antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Shewanella oneidensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Tan, K. / Tesar, C. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of class D carbapenem-hydrolyzing beta-lactamase BlaA from Shewanella oneidensis MR-1
著者: Tan, K. / Tesar, C. / Endres, M. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2019年1月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年1月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6nlw.cif.gz	422.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6nlw.ent.gz	346.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6nlw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nl/6nlw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nl/6nlw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5oe0S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3hbr-2 5oe0-d 4s2j-1 5dtt-1 6v1o-1 5fas-d 6goa-1 5dva-3 6rj7-d 5faq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP97213

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

B: Beta-lactamase

C: Beta-lactamase

D: Beta-lactamase

ヘテロ分子

117 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Beta-lactamase

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.9 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Beta-lactamase

D: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.5 kDa, 2 ポリマー
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3

A: Beta-lactamase

C: Beta-lactamase

ヘテロ分子

A: Beta-lactamase

C: Beta-lactamase

ヘテロ分子

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

D: Beta-lactamase

ヘテロ分子

D: Beta-lactamase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
235 kDa, 8 ポリマー
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タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_556	-x,y,-z+1	1
crystal symmetry operation	3_556	x+1/2,y+1/2,z+1	1
crystal symmetry operation	4_455	-x-1/2,y+1/2,-z	1
crystal symmetry operation	3_555	x+1/2,y+1/2,z	1
crystal symmetry operation	4_456	-x-1/2,y+1/2,-z+1	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	174.333, 61.391, 122.802
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 119.53, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	D-504- HOH
2	1	D-521- HOH

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 28405.115 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (バクテリア) 遺伝子: blaOXA-54 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3) / 参照: UniProt: Q6RFZ0, beta-lactamase

-
非ポリマー , 7種, 582分子

#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID 分子量: 46.025 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#6: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#7: 化合物	ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID 分子量: 104.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₄O₄
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 534 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.11 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 3.15M Ammonium Sulphate, 0.1M Sodium Citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97933 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月11日 / 詳細: mirror
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→40 Å / Num. obs: 96799 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / B_iso Wilson estimate: 22.765 Å² / R_merge(I) obs: 0.098 / R_pim(I) all: 0.051 / R_rim(I) all: 0.111 / Χ²: 1.515 / Net I/σ(I): 21.39
反射シェル	解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.75 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 4811 / CC_1/2: 0.733 / R_pim(I) all: 0.396 / R_rim(I) all: 0.85 / Χ²: 1.048 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5OE0

5oe0

解像度: 1.85→39.029 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.91

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2251	4822	4.99 %
R_work	0.1833	-	-
obs	0.1854	96641	99.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→39.029 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7913	0	207	534	8654

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	8295
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.93	11232
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.571	5765
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	1162
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1426

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.871	0.2926	156	0.2377	3008	X-RAY DIFFRACTION	99
1.871-1.893	0.293	144	0.2259	3044	X-RAY DIFFRACTION	100
1.893-1.9161	0.2621	166	0.211	3066	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9161-1.9404	0.2528	150	0.2056	3017	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9404-1.9659	0.2822	152	0.2147	3096	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9659-1.9928	0.2535	165	0.211	3011	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9928-2.0213	0.2583	160	0.1945	3034	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0213-2.0515	0.2435	152	0.188	3113	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0515-2.0835	0.2433	156	0.1843	2998	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0835-2.1177	0.2346	159	0.1844	3081	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1177-2.1542	0.243	148	0.1784	3040	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1542-2.1934	0.2562	152	0.1769	3078	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1934-2.2356	0.2059	165	0.174	2997	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2356-2.2812	0.2403	150	0.1702	3087	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2812-2.3308	0.2163	156	0.1643	3036	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3308-2.385	0.2267	153	0.1783	3078	X-RAY DIFFRACTION	100
2.385-2.4446	0.2109	172	0.1804	3038	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4446-2.5107	0.2635	155	0.179	3040	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5107-2.5846	0.2274	170	0.1751	3068	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5846-2.668	0.2347	171	0.1806	3057	X-RAY DIFFRACTION	100
2.668-2.7633	0.2175	159	0.1779	3051	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7633-2.8739	0.1786	152	0.1733	3078	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8739-3.0047	0.2446	194	0.1824	3020	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0047-3.163	0.2202	146	0.1852	3083	X-RAY DIFFRACTION	100
3.163-3.3611	0.2093	161	0.1776	3082	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3611-3.6204	0.2284	145	0.1677	3109	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6204-3.9844	0.1826	205	0.1604	3027	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9844-4.5602	0.2108	158	0.1631	3107	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5602-5.7425	0.2056	151	0.1886	3138	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7425-39.0379	0.2513	199	0.2355	3137	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9429	0.1399	-0.6037	5.758	-1.1159	5.3012	-0.0867	-0.0591	-0.1716	0.4942	-0.1819	-0.1911	0.2245	-0.0284	0.2399	0.3048	-0.0123	0.0231	0.3599	-0.0945	0.2308	-22.051	-29.6644	32.7443
2	1.5089	0.4897	-0.0337	8.3415	1.6439	2.847	-0.0066	-0.3158	-0.0001	0.7651	0.0628	-0.1168	0.4033	0.2591	-0.0388	0.2736	0.0679	-0.0126	0.2734	-0.0209	0.1742	-24.6121	-35.3976	28.7465
3	1.2935	0.2732	1.4752	1.1958	1.408	5.8627	0.0243	-0.1218	0.1013	0.1177	-0.049	0.0329	-0.1826	-0.1233	-0.0051	0.184	0.03	0.0141	0.1646	-0.0113	0.1716	-38.4382	-30.2441	19.814
4	1.4234	-0.1906	0.1619	3.8752	0.2361	1.9923	-0.1302	0.0408	0.2675	-0.1861	-0.1163	0.0598	-0.4354	-0.0907	0.245	0.2084	0.0349	-0.067	0.1443	-0.0286	0.1999	-41.2097	-23.8952	0.3121
5	2.8046	-1.4576	0.7963	2.293	1.5312	2.6892	-0.4067	-0.1186	0.3719	0.0175	0.1254	-0.1313	-0.3389	0.1126	0.2467	0.2357	0.0338	-0.0357	0.135	-0.0383	0.2234	-34.5888	-22.0396	3.1848
6	2.6207	0.5626	0.4566	4.3157	-2.1069	4.219	-0.012	-0.0012	-0.0389	-0.0145	0.1375	0.4117	0.028	-0.5938	-0.1512	0.1581	0.0629	0.011	0.2294	-0.0579	0.2128	-48.3887	-30.4253	11.0442
7	1.0564	-0.1312	-0.2405	0.7643	0.7555	1.7109	-0.0034	-0.1984	0.0456	0.059	0.0561	-0.0321	-0.1146	0.0551	-0.0527	0.1812	0.0356	-0.0039	0.1624	-0.0113	0.1517	-31.321	-31.2109	18.2608
8	4.6933	-2.5566	0.5362	1.5339	-0.3115	6.5179	-0.0973	1.0412	0.7327	-0.5888	-0.227	-0.5193	-0.3575	0.0955	0.2318	0.5336	-0.1023	0.3065	0.4342	0.0728	0.5388	-8.0156	-27.4912	-17.2291
9	3.7318	0.1896	-0.6164	3.2788	-0.6549	3.1427	0.0435	0.6455	0.2663	-0.3763	0.0368	-0.2893	-0.5506	0.1792	-0.1426	0.4401	-0.0385	0.0688	0.2702	-0.0012	0.1982	-15.3233	-30.5929	-16.1961
10	2.9428	0.6042	-1.1814	3.2229	-1.1816	2.6632	-0.027	0.2921	-0.1402	-0.2649	0.0787	-0.1694	-0.0025	0.0339	-0.0235	0.1922	0.0325	-0.0047	0.1921	-0.065	0.1597	-15.9037	-47.3407	-10.9102
11	4.8361	-1.9608	1.0009	3.3473	-0.1765	2.3256	-0.2416	-0.4309	-0.2905	0.2512	0.2286	0.04	-0.0523	0.0535	-0.0688	0.2092	-0.0046	0.0146	0.2359	0.028	0.189	-14.7702	-55.9437	7.9267
12	4.8857	-2.7626	-0.2273	5.4492	-0.4643	2.1727	0.0608	-0.4636	-0.0574	0.2193	0.1178	-0.132	-0.0357	0.2018	-0.0062	0.1515	-0.0002	0.006	0.1981	0.0033	0.1809	-13.9351	-49.5445	7.6007
13	4.4565	-0.2507	1.5683	4.0809	0.16	5.3089	0.0284	-0.0125	-0.5177	-0.1226	0.1273	0.0611	0.3591	-0.1592	-0.101	0.2136	0.0129	-0.0013	0.1931	-0.0313	0.2431	-19.7191	-58.5805	-6.4047
14	1.6606	-0.4841	-0.2871	1.6667	0.6471	1.4867	0.0894	0.0916	0.1174	-0.2695	0.056	-0.1554	-0.081	0.2566	-0.1261	0.1703	0.0005	0.027	0.1826	-0.0303	0.1536	-15.9591	-40.346	-7.6582
15	5.5218	1.1232	-0.1489	2.7692	1.0503	6.8628	-0.4648	0.0781	-0.266	-0.3686	0.2448	0.2454	0.1926	0.134	0.1907	0.4209	0.0157	0.0108	0.3368	0.0097	0.134	-93.9752	-34.8896	19.6034
16	3.58	-0.155	-0.1297	1.3203	-2.8571	6.2411	-0.2733	0.4961	-0.177	-0.831	0.1297	0.0356	0.4321	0.0637	0.1535	0.3861	-0.0405	-0.0052	0.2761	-0.0343	0.1805	-91.5969	-40.8619	25.9419
17	1.6305	0.403	1.3564	1.5825	0.1385	2.9466	-0.0829	0.2096	0.0152	-0.1942	-0.0067	-0.1784	-0.0948	0.3062	0.0674	0.137	-0.0283	0.0442	0.1911	0.0114	0.2246	-77.5464	-29.6979	41.2997
18	3.8863	2.9659	2.0055	4.0716	-0.6716	3.8064	-0.1737	-0.1654	0.385	-0.1855	-0.0283	0.4051	-0.3258	-0.0306	0.2027	0.1677	-0.0257	0.0177	0.1355	0.0309	0.2558	-82.3063	-22.8746	48.6821
19	2.8466	-0.5463	0.5112	6.1008	1.6945	2.2551	-0.0453	0.0523	-0.1145	-0.1434	0.1341	-0.7367	0.128	0.5803	-0.1145	0.1972	0.0068	0.0706	0.3675	0.1089	0.3374	-68.6697	-32.5494	42.9034
20	1.6917	0.3962	-0.0289	1.2082	-0.5664	2.3009	-0.0404	0.266	-0.0541	-0.2897	0.0555	-0.1038	0.0178	0.1272	-0.0191	0.2156	-0.0221	0.0312	0.1932	-0.0014	0.1729	-85.3422	-34.2618	35.0052
21	5.6724	3.5458	3.946	2.3023	2.0804	7.2205	-0.4575	-0.7129	0.5997	0.0862	0.073	0.1759	-0.903	-0.3486	0.3656	0.5239	0.1256	0.12	0.309	-0.0434	0.3978	-109.8327	-24.0593	68.656
22	2.2819	-0.8339	-1.1287	3.1359	1.2933	2.0471	0.0019	-0.2738	0.071	0.2478	0.0816	0.055	-0.1246	-0.0385	-0.083	0.2395	-0.0181	-0.0251	0.2495	0.0435	0.1222	-102.3761	-36.5285	67.2919
23	6.4477	1.0436	1.1986	2.0306	0.3489	2.0764	-0.1526	0.2892	-0.3888	-0.0602	0.0923	-0.085	0.1368	-0.0676	0.0199	0.2796	0.0265	-0.0239	0.1994	-0.0208	0.2291	-101.629	-56.8106	49.5578
24	5.086	1.5492	-0.7216	2.6294	-0.1605	0.1187	0.0694	0.2748	-0.0452	0.0391	0.0805	-0.0818	0.0514	0.0092	-0.1099	0.1785	0.0223	-0.0534	0.1893	-0.0033	0.1604	-105.0934	-50.2006	48.281
25	5.2394	0.0731	3.9658	4.5228	0.8613	7.2489	0.0752	-0.1214	-0.3933	0.2024	0.0275	-0.2992	0.2609	0.0533	-0.127	0.201	-0.0335	-0.016	0.1722	0.068	0.2635	-98.6226	-56.7793	63.6083
26	1.6559	0.6816	-0.795	1.3842	-0.9362	1.6849	0.1253	-0.1652	-0.0561	0.1953	-0.0303	-0.037	0.0218	-0.14	-0.0858	0.1793	-0.0332	-0.0237	0.1778	0.0321	0.1533	-100.315	-40.8991	62.6277
27	8.9243	7.873	2.1269	9.8488	1.8928	2.4371	-0.0925	-0.3866	0.4158	-0.2956	-0.1852	0.191	-0.3975	-0.3066	0.2921	0.2574	0.076	0.0391	0.2336	0.0176	0.1979	-108.3563	-27.2776	57.645

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 23 through 38 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 39 through 58 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 59 through 82 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 83 through 102 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 103 through 119 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 120 through 141 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 142 through 265 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 24 through 38 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 39 through 58 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 59 through 83 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 84 through 105 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 106 through 119 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 120 through 141 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 142 through 265 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 23 through 38 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 39 through 56 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 57 through 102 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 103 through 119 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 120 through 141 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 142 through 265 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 24 through 38 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 39 through 82 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 83 through 102 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 103 through 119 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 120 through 141 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 142 through 243 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 244 through 265 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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