PDB-6nlp: The crystal structure of an ABC transporter periplasmic binding p...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6nlp

タイトル

The crystal structure of an ABC transporter periplasmic binding protein YdcS from Escherichia coli BW25113

要素

Bacterial extracellular solute-binding family protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / ABC transporter / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

polyamine binding / polyamine transport / Spermidine/putrescine-binding periplasmic protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / periplasmic space / IMIDAZOLE / Bacterial extracellular solute-binding family protein

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli 1-392-07_S4_C3 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Tan, K. / SKarina, T. / Di Leo, R. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of an ABC transporter periplasmic binding protein YdcS from Escherichia coli BW25113
著者: Tan, K. / SKarina, T. / Di Leo, R. / Savchenko, A. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2019年1月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年1月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6nlp.cif.gz	301.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6nlp.ent.gz	245.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6nlp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nl/6nlp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nl/6nlp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3awk-d 3set-3 3vcm-2 4v34-d 3rm6-d 3r8p-d 5tq3-2 5anj-d 3qwj-d 3r83-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP50842

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #243 - 2020年3月電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels) 類似性 (1) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (1)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (1)
#243 - 2020年3月
電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels)
類似性 (1)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Bacterial extracellular solute-binding family protein

B: Bacterial extracellular solute-binding family protein

ヘテロ分子

81.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Bacterial extracellular solute-binding family protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Bacterial extracellular solute-binding family protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	161.895, 42.896, 122.771
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 121.96, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Bacterial extracellular solute-binding family protein 分子量: 40570.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli 1-392-07_S4_C3 (大腸菌) 遺伝子: AD40_1746 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: A0A080FXI0
#2: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 392 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.53 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2M NaCl, 0.1M HEPES, 25% PEG3350, 1% Trehalose

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97943 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月26日 / 詳細: mirror
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97943 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→40.908 Å / Num. obs: 56396 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 18.16 Å² / R_merge(I) obs: 0.108 / R_pim(I) all: 0.055 / R_rim(I) all: 0.105 / Χ²: 0.759 / Net I/σ(I): 11.4
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.773 / Mean I/σ(I) obs: 1.47 / Num. unique obs: 2719 / CC_1/2: 0.487 / R_pim(I) all: 0.516 / R_rim(I) all: 0.935 / Χ²: 0.801 / % possible all: 95.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→40.908 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.16

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.227	2572	4.91 %
R_work	0.1806	-	-
obs	0.1829	52408	91.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→40.908 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5531	0	26	393	5950

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	5891
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.926	8047
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.594	4684
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	842
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1045

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.9366	0.3068	58	0.2287	1323	X-RAY DIFFRACTION	44
1.9366-1.9761	0.2858	92	0.2219	1776	X-RAY DIFFRACTION	60
1.9761-2.0191	0.2828	122	0.2167	2415	X-RAY DIFFRACTION	81
2.0191-2.066	0.2644	148	0.2133	2807	X-RAY DIFFRACTION	93
2.066-2.1177	0.2812	162	0.2002	2869	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1177-2.175	0.2327	152	0.1882	2901	X-RAY DIFFRACTION	98
2.175-2.239	0.2275	143	0.1849	2990	X-RAY DIFFRACTION	98
2.239-2.3112	0.2709	147	0.1915	2898	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3112-2.3938	0.2563	154	0.1842	2957	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3938-2.4896	0.2209	171	0.1871	2913	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4896-2.6029	0.2264	163	0.1851	2973	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6029-2.7401	0.26	160	0.1893	3003	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7401-2.9118	0.254	141	0.1859	2960	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9118-3.1365	0.2321	162	0.192	2910	X-RAY DIFFRACTION	97
3.1365-3.452	0.2258	152	0.1869	3014	X-RAY DIFFRACTION	99
3.452-3.9512	0.2057	143	0.1635	3042	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9512-4.9767	0.1716	139	0.1442	2981	X-RAY DIFFRACTION	97
4.9767-40.917	0.1956	163	0.1733	3104	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9418	0.0979	-0.6722	2.4601	-0.0833	1.9951	-0.072	-0.1851	-0.2649	0.1608	0.068	0.2069	0.2928	-0.193	0.0235	0.199	-0.0893	-0.0224	0.1995	0.0736	0.1869	67.7847	6.0886	55.6802
2	1.3167	-0.4919	-0.8868	1.691	0.0315	2.1665	0.1258	-0.0756	0.012	0.1646	-0.0323	0.1689	-0.0829	-0.149	-0.0697	0.1041	-0.0386	-0.0158	0.1297	0.0424	0.109	68.8594	21.5383	54.2272
3	1.7018	-0.5017	-0.138	2.246	-0.7223	2.1218	0.0638	0.1773	0.0978	-0.3893	-0.0755	-0.1346	0.0171	0.0596	0.0236	0.1894	0.0094	-0.0505	0.126	0.0497	0.0833	78.042	24.2758	29.8121
4	0.5951	-0.1967	-0.9055	1.336	-0.0995	2.2494	0.0084	0.0066	-0.2095	-0.0406	-0.0316	0.0022	0.2869	-0.0164	0.0243	0.1445	-0.0129	-0.0719	0.1516	0.0354	0.1397	77.424	12.7502	43.1836
5	0.9063	0.0261	-0.1662	1.4284	-0.0134	1.3085	0.066	-0.0752	0.0104	0.0834	-0.0339	0.0223	-0.0389	0.0296	-0.0148	0.0843	-0.0527	-0.0624	0.1365	0.0234	0.0835	74.1552	20.4051	50.2553
6	2.0701	-0.6537	-1.1077	2.1225	0.1306	3.1474	-0.0016	-0.2578	0.3103	0.2407	-0.1662	0.3192	-0.6224	0.0857	0.0954	0.1926	-0.0064	-0.0253	0.1952	-0.1072	0.1939	46.1024	19.8853	21.7934
7	1.4533	-0.2255	-0.2169	2.4337	0.2467	2.2374	-0.0736	-0.159	0.2049	0.2184	-0.0204	0.0385	-0.4035	-0.1751	0.1067	0.1846	0.023	-0.0496	0.1566	-0.0497	0.1718	45.9528	18.4488	19.1542
8	1.679	-0.3318	-0.5078	2.196	-0.133	2.0682	-0.1109	-0.219	-0.0225	0.466	-0.0277	0.0715	0.0261	-0.0393	0.0923	0.1562	0.0001	0.0084	0.1866	-0.0289	0.0919	46.0295	3.5824	24.8988
9	1.5303	-0.1912	-0.8668	1.8421	-0.545	3.7198	0.0706	0.0416	0.0552	-0.0371	-0.1693	0.0306	0.1933	0.0205	0.0915	0.0512	0.0406	-0.0127	0.1069	-0.0287	0.1105	48.6263	3.1318	11.4221
10	2.1467	-0.6446	-0.0323	1.7214	0.1248	1.337	0.0186	0.1612	0.0798	-0.3319	-0.1425	-0.3743	0.0304	0.0899	0.0272	0.1136	0.0729	0.0816	0.1669	0.0521	0.2535	62.6805	5.264	0.537
11	1.3298	-0.0598	-0.2495	1.528	0.0011	1.3446	-0.1159	0.0355	0.0844	0.0249	-0.1415	-0.0726	-0.0332	-0.0967	-0.0051	0.0395	0.0562	-0.0573	0.1128	-0.0036	0.1163	50.6818	6.9124	11.6522
12	0.9767	0.0876	-0.3579	1.5401	-0.1722	1.7876	0.0298	0.0587	0.1548	0.0281	-0.0625	0.3633	-0.0693	-0.461	0.1805	0.0909	0.0119	0.0005	0.2099	-0.0977	0.1918	36.9037	10.7086	13.645
13	2.6516	-0.0693	0.3565	1.5785	0.2184	1.7688	-0.0551	-0.1661	0.0095	-0.0121	-0.0346	-0.3439	0.212	0.066	0.0308	0.104	0.0196	-0.0008	0.1103	0.0262	0.1604	58.8308	-1.6889	11.1953

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 30 through 85 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 86 through 156 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 157 through 236 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 237 through 295 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 296 through 381 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 30 through 50 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 51 through 85 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 86 through 126 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 127 through 156 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 157 through 267 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 268 through 295 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 296 through 338 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 339 through 381 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見について

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)