[日本語] English
万見
- PDB-6nk4: KVQIINKKL, crystal structure of a tau protein fragment -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nk4
タイトルKVQIINKKL, crystal structure of a tau protein fragment
要素Microtubule-associated protein tauタウタンパク質
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / Amyloid (アミロイド) / tau / Alzheimer's Disease (アルツハイマー病) / tauopathy (タウオパチー) / MAPT (タウタンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


plus-end-directed organelle transport along microtubule / 軸索輸送 / histone-dependent DNA binding / neurofibrillary tangle assembly / positive regulation of diacylglycerol kinase activity / negative regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / neurofibrillary tangle / positive regulation of protein localization to synapse / microtubule lateral binding / tubulin complex ...plus-end-directed organelle transport along microtubule / 軸索輸送 / histone-dependent DNA binding / neurofibrillary tangle assembly / positive regulation of diacylglycerol kinase activity / negative regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / neurofibrillary tangle / positive regulation of protein localization to synapse / microtubule lateral binding / tubulin complex / phosphatidylinositol bisphosphate binding / main axon / regulation of long-term synaptic depression / negative regulation of kinase activity / negative regulation of tubulin deacetylation / generation of neurons / regulation of chromosome organization / positive regulation of protein localization / rRNA metabolic process / internal protein amino acid acetylation / regulation of mitochondrial fission / intracellular distribution of mitochondria / axonal transport of mitochondrion / axon development / central nervous system neuron development / regulation of microtubule polymerization / 微小管 / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / lipoprotein particle binding / dynactin binding / glial cell projection / negative regulation of mitochondrial membrane potential / apolipoprotein binding / protein polymerization / negative regulation of mitochondrial fission / axolemma / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / positive regulation of axon extension / Activation of AMPK downstream of NMDARs / regulation of microtubule cytoskeleton organization / supramolecular fiber organization / stress granule assembly / regulation of cellular response to heat / cytoplasmic microtubule organization / regulation of calcium-mediated signaling / positive regulation of microtubule polymerization / axon cytoplasm / somatodendritic compartment / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / synapse assembly / phosphatidylinositol binding / nuclear periphery / cellular response to nerve growth factor stimulus / positive regulation of superoxide anion generation / protein phosphatase 2A binding / regulation of autophagy / astrocyte activation / response to lead ion / synapse organization / microglial cell activation / Hsp90 protein binding / regulation of synaptic plasticity / PKR-mediated signaling / protein homooligomerization / 記憶 / cellular response to reactive oxygen species / microtubule cytoskeleton organization / SH3 domain binding / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / neuron projection development / microtubule cytoskeleton / cell-cell signaling / protein-macromolecule adaptor activity / actin binding / single-stranded DNA binding / cellular response to heat / cell body / protein-folding chaperone binding / 成長円錐 / microtubule binding / double-stranded DNA binding / 微小管 / sequence-specific DNA binding / amyloid fibril formation / 樹状突起スパイン / learning or memory / nuclear speck / neuron projection / 脂質ラフト / 神経繊維 / negative regulation of gene expression / neuronal cell body / DNA damage response / 樹状突起 / protein kinase binding / enzyme binding / ミトコンドリア / DNA binding
類似検索 - 分子機能
: / Microtubule associated protein, tubulin-binding repeat / タウタンパク質 / Tau and MAP protein, tubulin-binding repeat / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat signature. / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
タウタンパク質
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子線結晶学 / 分子置換 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.994 Å
Model detailsCrystal structure KVQIINKL from the microtubule binding region of tau protein reveals a tightly ...Crystal structure KVQIINKL from the microtubule binding region of tau protein reveals a tightly packed steric zipper
データ登録者Eisenberg, D.S. / Boyer, D.R. / Sawaya, M.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)AG0543022 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021
タイトル: Intrinsic electronic conductivity of individual atomically resolved amyloid crystals reveals micrometer-long hole hopping via tyrosines.
著者: Catharine Shipps / H Ray Kelly / Peter J Dahl / Sophia M Yi / Dennis Vu / David Boyer / Calina Glynn / Michael R Sawaya / David Eisenberg / Victor S Batista / Nikhil S Malvankar /
要旨: Proteins are commonly known to transfer electrons over distances limited to a few nanometers. However, many biological processes require electron transport over far longer distances. For example, ...Proteins are commonly known to transfer electrons over distances limited to a few nanometers. However, many biological processes require electron transport over far longer distances. For example, soil and sediment bacteria transport electrons, over hundreds of micrometers to even centimeters, via putative filamentous proteins rich in aromatic residues. However, measurements of true protein conductivity have been hampered by artifacts due to large contact resistances between proteins and electrodes. Using individual amyloid protein crystals with atomic-resolution structures as a model system, we perform contact-free measurements of intrinsic electronic conductivity using a four-electrode approach. We find hole transport through micrometer-long stacked tyrosines at physiologically relevant potentials. Notably, the transport rate through tyrosines (10 s) is comparable to cytochromes. Our studies therefore show that amyloid proteins can efficiently transport charges, under ordinary thermal conditions, without any need for redox-active metal cofactors, large driving force, or photosensitizers to generate a high oxidation state for charge injection. By measuring conductivity as a function of molecular length, voltage, and temperature, while eliminating the dominant contribution of contact resistances, we show that a multistep hopping mechanism (composed of multiple tunneling steps), not single-step tunneling, explains the measured conductivity. Combined experimental and computational studies reveal that proton-coupled electron transfer confers conductivity; both the energetics of the proton acceptor, a neighboring glutamine, and its proximity to tyrosine influence the hole transport rate through a proton rocking mechanism. Surprisingly, conductivity increases 200-fold upon cooling due to higher availability of the proton acceptor by increased hydrogen bonding.
履歴
登録2019年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年6月30日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - author_defined_assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Microtubule-associated protein tau


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,0861
ポリマ－1,0861
非ポリマー00
水543
1
A: Microtubule-associated protein tau

A: Microtubule-associated protein tau

A: Microtubule-associated protein tau

A: Microtubule-associated protein tau

A: Microtubule-associated protein tau

A: Microtubule-associated protein tau

A: Microtubule-associated protein tau

A: Microtubule-associated protein tau

A: Microtubule-associated protein tau

A: Microtubule-associated protein tau


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,86410
ポリマ－10,86410
非ポリマー00
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_556x,y,z+11
crystal symmetry operation1_557x,y,z+21
crystal symmetry operation1_558x,y,z+31
crystal symmetry operation1_559x,y,z+41
crystal symmetry operation4_545-x,-y-1,z+1/21
crystal symmetry operation4_546-x,-y-1,z+3/21
crystal symmetry operation4_547-x,-y-1,z+5/21
crystal symmetry operation4_548-x,-y-1,z+7/21
crystal symmetry operation4_549-x,-y-1,z+9/21
単位格子
Length a, b, c (Å)62.906, 62.906, 4.832
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド Microtubule-associated protein tau / タウタンパク質 / Neurofibrillary tangle protein / Paired helical filament-tau / PHF-tau


分子量: 1086.390 Da / 分子数: 1 / 断片: repeat 2 peptide (UNP residues 591-599) / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P10636
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子線結晶学 / 使用した結晶の数: 1
EM実験試料の集合状態: 3D ARRAY / ３次元再構成法: 電子線結晶学

-
試料調製

構成要素名称: KVQIINKKL Tau peptide / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
EM crystal formation装置: hanging drop vapor diffusion / Atmosphere: air / 詳細: 0.2 M lithium citrate, 20% PEG3350 / Lipid mixture: none / 温度: 291 K
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: unspecified
急速凍結凍結剤: ETHANE
結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.58 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M lithium citrate, 20% PEG3350

-
データ収集

顕微鏡モデル: FEI TECNAI 20
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DIFFRACTION回折
撮影電子線照射量: 0.1 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
EM回折カメラ長: 1850 mm
EM回折 シェル解像度: 2→2.15 Å / フーリエ空間範囲: 95.7 % / 多重度: 4.9 / 構造因子数: 174 / 位相残差: 0.1 °
EM回折 統計フーリエ空間範囲: 97.1 % / 再高解像度: 2 Å / 測定した強度の数: 943 / 構造因子数: 943 / 位相誤差: 0 ° / 位相残差: 0.1 ° / 位相誤差の除外基準: 0 / Rmerge: 0.244 / Rsym: 0.244
回折平均測定温度: 88 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: ELECTRON MICROSCOPE / タイプ: TECNAI F20 TEM / 波長: 0.0251 Å
検出器タイプ: TVIPS F416 CMOS CAMERA / 検出器: CMOS / 日付: 2017年1月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: electron
放射波長波長: 0.0251 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.994→90 Å / Num. obs: 943 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 22.14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.244 / Χ2: 1.394 / Net I/σ(I): 2.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2-2.154.90.6811741.038196.7
2.15-2.377.30.641961.162196.1
2.37-2.716.40.3661661.193198.8
2.71-3.425.50.3271851.362199.5
3.42-27.245.60.1442222.11195.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
DENZOデータ削減
PHASER位相決定
EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.11.1_2575 / カテゴリ: モデル精密化
EM 3D crystal entity∠α: 90 ° / ∠β: 90 ° / ∠γ: 90 ° / A: 62.906 Å / B: 62.906 Å / C: 4.832 Å / 空間群名: P61 / 空間群番号: 169
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / 対称性のタイプ: 3D CRYSTAL
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5V5B

5v5b


解像度: 1.994→27.24 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2991 84 8.99 %
Rwork0.2601 --
obs0.2638 934 96.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 51.32 Å2 / Biso mean: 18.6573 Å2 / Biso min: 3.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.994→54.478 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数76 0 0 3 79
Biso mean---17.98 -
残基数----9
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_bond_d0.0175
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_angle_d1.39998
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_chiral_restr0.11413
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_plane_restr0.00511
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_dihedral_angle_d17.50333
LS精密化 シェル解像度: 1.9944→27.24 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2991 84 -
Rwork0.2601 850 -
obs--96 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る