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- PDB-6njs: Stat3 Core in complex with compound SD36 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6njs
タイトルStat3 Core in complex with compound SD36
要素Signal transducer and activator of transcription 3
キーワードtranscription/transcription inhibitor / Stat3 / Activator / TRANSCRIPTION / transcription-transcription inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA sequestering activity / positive regulation of metalloendopeptidase activity / PTK6 Activates STAT3 / eye photoreceptor cell differentiation / radial glial cell differentiation / retinal rod cell differentiation / negative regulation of primary miRNA processing / leptin-mediated signaling pathway / T-helper 17 type immune response / Signalling to STAT3 ...RNA sequestering activity / positive regulation of metalloendopeptidase activity / PTK6 Activates STAT3 / eye photoreceptor cell differentiation / radial glial cell differentiation / retinal rod cell differentiation / negative regulation of primary miRNA processing / leptin-mediated signaling pathway / T-helper 17 type immune response / Signalling to STAT3 / negative regulation of neuron migration / POU5F1 (OCT4), SOX2, NANOG activate genes related to proliferation / response to leptin / negative regulation of inflammatory response to wounding / interleukin-10-mediated signaling pathway / primary miRNA binding / interleukin-11-mediated signaling pathway / cellular response to interleukin-17 / T-helper 17 cell lineage commitment / sexual reproduction / Interleukin-9 signaling / Interleukin-21 signaling / regulation of feeding behavior / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / interleukin-9-mediated signaling pathway / MET activates STAT3 / interleukin-2-mediated signaling pathway / interleukin-23-mediated signaling pathway / Interleukin-23 signaling / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / cellular response to leptin stimulus / interleukin-15-mediated signaling pathway / astrocyte differentiation / negative regulation of stem cell differentiation / Interleukin-27 signaling / Interleukin-35 Signalling / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / Interleukin-15 signaling / Interleukin-37 signaling / Signaling by Leptin / cell surface receptor signaling pathway via STAT / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / negative regulation of glycolytic process / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / Interleukin-20 family signaling / growth hormone receptor signaling pathway / Interleukin-6 signaling / Signaling by ALK / phosphorylation / temperature homeostasis / interleukin-6-mediated signaling pathway / eating behavior / lncRNA binding / positive regulation of Notch signaling pathway / Interleukin-10 signaling / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / positive regulation of interleukin-10 production / somatic stem cell population maintenance / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / regulation of multicellular organism growth / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / Growth hormone receptor signaling / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / Signaling by CSF3 (G-CSF) / cellular response to hormone stimulus / positive regulation of phagocytosis / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / energy homeostasis / intracellular receptor signaling pathway / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / signaling adaptor activity / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / Interleukin-7 signaling / Downstream signal transduction / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / negative regulation of autophagy / protein sequestering activity / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / positive regulation of erythrocyte differentiation / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of interleukin-8 production / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / mRNA transcription by RNA polymerase II / defense response / Signaling by SCF-KIT / cytokine-mediated signaling pathway / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Cytoprotection by HMOX1 / PKR-mediated signaling / chromatin DNA binding / positive regulation of miRNA transcription / response to peptide hormone / positive regulation of interleukin-6 production / negative regulation of inflammatory response / RNA polymerase II transcription regulator complex / Transcriptional regulation of granulopoiesis / nuclear receptor activity
類似検索 - 分子機能
STAT3, SH2 domain / STAT transcription factor, DNA-binding domain / STAT transcription factor, all-alpha domain / STAT transcription factor, DNA-binding, N-terminal / STAT transcription factor, protein interaction / STAT transcription factor, all-alpha domain / STAT transcription factor, DNA-binding / : / STAT transcription factor, coiled-coil domain / STAT protein, DNA binding domain ...STAT3, SH2 domain / STAT transcription factor, DNA-binding domain / STAT transcription factor, all-alpha domain / STAT transcription factor, DNA-binding, N-terminal / STAT transcription factor, protein interaction / STAT transcription factor, all-alpha domain / STAT transcription factor, DNA-binding / : / STAT transcription factor, coiled-coil domain / STAT protein, DNA binding domain / STAT protein, protein interaction domain / Signal transducer and activator of transcription, linker domain / STAT protein, protein interaction domain / STAT transcription factor, N-terminal domain superfamily / Transcription factor STAT / STAT transcription factor, coiled coil / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / p53-like transcription factor, DNA-binding / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / EF-hand / Recoverin; domain 1 / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KQV / Signal transducer and activator of transcription 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Meagher, J.L. / Stuckey, J.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI) 米国
引用ジャーナル: Cancer Cell / 年: 2019
タイトル: A Potent and Selective Small-Molecule Degrader of STAT3 Achieves Complete Tumor Regression In Vivo.
著者: Bai, L. / Zhou, H. / Xu, R. / Zhao, Y. / Chinnaswamy, K. / McEachern, D. / Chen, J. / Yang, C.Y. / Liu, Z. / Wang, M. / Liu, L. / Jiang, H. / Wen, B. / Kumar, P. / Meagher, J.L. / Sun, D. / ...著者: Bai, L. / Zhou, H. / Xu, R. / Zhao, Y. / Chinnaswamy, K. / McEachern, D. / Chen, J. / Yang, C.Y. / Liu, Z. / Wang, M. / Liu, L. / Jiang, H. / Wen, B. / Kumar, P. / Meagher, J.L. / Sun, D. / Stuckey, J.A. / Wang, S.
履歴
登録2019年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Signal transducer and activator of transcription 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,2542
ポリマ－64,4181
非ポリマー8361
水6,125340
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.000, 84.000, 206.310
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Signal transducer and activator of transcription 3 / Acute-phase response factor


分子量: 64417.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STAT3, APRF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40763
#2: 化合物 ChemComp-KQV / [(2-{[(5S,8S,10aR)-3-acetyl-8-({(2S)-5-amino-1-[(diphenylmethyl)amino]-1,5-dioxopentan-2-yl}carbamoyl)-6-oxodecahydropyrrolo[1,2-a][1,5]diazocin-5-yl]carbamoyl}-1H-indol-5-yl)(difluoro)methyl]phosphonic acid (non-preferred name)


分子量: 835.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H44F2N7O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 340 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.48 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 10% peg 3350, 100-150 mM ammonium nitrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.07812 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07812 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 21068 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.1 % / Biso Wilson estimate: 57.03 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.06 / Χ2: 0.926 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.7-2.758.30.48410100.9370.1750.5160.812100
2.75-2.89.90.51310430.9320.170.5420.834100
2.8-2.8511.30.43610130.9640.1340.4560.83100
2.85-2.91120.40510360.9750.1210.4230.874100
2.91-2.9712.60.32310330.9830.0940.3370.864100
2.97-3.0412.40.28310150.9830.0830.2950.886100
3.04-3.1211.80.2210560.990.0660.230.896100
3.12-3.210.50.18210190.9890.0580.1920.899100
3.2-3.311.90.14610380.9950.0440.1530.952100
3.3-3.413.70.11210370.9980.0310.1160.969100
3.4-3.5213.50.09710340.9980.0270.1011.02100
3.52-3.6613.50.0810510.9980.0220.0831.041100
3.66-3.8313.30.06310590.9980.0180.0651.006100
3.83-4.0313.30.05310380.9980.0150.0551.03299.8
4.03-4.2913.30.04210570.9970.0120.0440.97199.8
4.29-4.6213.10.03610520.9990.010.0380.953100
4.62-5.0812.70.03110810.9990.0090.0320.878100
5.08-5.8111.70.03210790.9990.010.0340.86899.9
5.81-7.3211.30.03111090.9990.0090.0320.882100
7.32-5012.10.02212080.9990.0060.0230.91899.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3CWG

3cwg


解像度: 2.7→30.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.874 / SU R Cruickshank DPI: 0.75 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 2.065 / SU Rfree Blow DPI: 0.338 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.326
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 1026 4.96 %RANDOM
Rwork0.2 ---
obs0.203 20668 98.3 %-
原子変位パラメータBiso max: 120.18 Å2 / Biso mean: 39.38 Å2 / Biso min: 8.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.188 Å20 Å20 Å2
2--0.188 Å20 Å2
3----0.376 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.35 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→30.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4166 0 59 340 4565
Biso mean--36.98 40.79 -
残基数----523
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1546SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes747HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4318HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion569SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5041SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4318HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg5852HARMONIC20.98
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.22
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.41
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.73 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2466 19 4.59 %
Rwork0.2364 395 -
all0.2369 414 -
obs--67.15 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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