PDB-6ne5: Discovery of Potent Myeloid Cell Leukemia-1 (Mcl-1) Inhibitors th...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ne5

タイトル

Discovery of Potent Myeloid Cell Leukemia-1 (Mcl-1) Inhibitors that Demonstrate in vivo Activity in Mouse Xenograft Models of Human Cancer

要素

Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1

キーワード

APOPTOSIS / structure based drug discovery / cancer / Mcl-1 / drug discovery

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cell fate determination / cellular homeostasis / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis / protein transmembrane transporter activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Zhao, B.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Discovery of Potent Myeloid Cell Leukemia-1 (Mcl-1) Inhibitors That Demonstrate in Vivo Activity in Mouse Xenograft Models of Human Cancer.
著者: Lee, T. / Christov, P.P. / Shaw, S. / Tarr, J.C. / Zhao, B. / Veerasamy, N. / Jeon, K.O. / Mills, J.J. / Bian, Z. / Sensintaffar, J.L. / Arnold, A.L. / Fogarty, S.A. / Perry, E. / Ramsey, H.E. ...

履歴

登録	2018年12月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6ne5.ent.gz	216.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ne5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/6ne5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/6ne5	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5iezS 6bw2 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6u65-2 4zbi-3 4hw3-8 3wiy-4 5iez-1 4zbf-9 6udy-1 4zbi-1 5if4-1 4zbi-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1

B: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1

C: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1

D: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1

ヘテロ分子

75 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1

ヘテロ分子

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3

C: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1

ヘテロ分子

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4

D: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1

ヘテロ分子

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単位格子

Length a, b, c (Å)	39.332, 135.942, 60.051
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.95, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 / Bcl-2-like protein 3 / Bcl2-L-3 / Bcl-2-related protein EAT/mcl1 / mcl1/EAT 分子量: 18034.518 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCL1, BCL2L3 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07820
#2: 化合物	ChemComp-KJP / 3-[(4R)-7-chloro-10-[3-(4-chloro-3,5-dimethylphenoxy)propyl]-4-methyl-1-oxo-6-(1,3,5-trimethyl-1H-pyrazol-4-yl)-3,4-dihydropyrazino[1,2-a]indol-2(1H)-yl]-1-methyl-1H-indole-5-carboxylic acid 分子量: 712.664 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₉H₃₉Cl₂N₅O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 423 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.85 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7 / 詳細: PEG 3350, MgCl2, Bis-Tris6.5 / PH範囲: 6.5-8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→30 Å / Num. obs: 42920 / % possible obs: 80 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.052 / R_pim(I) all: 0.027 / R_rim(I) all: 0.059 / R_sym value: 0.044 / Χ²: 1.3 / Net I/σ(I): 24.5
反射シェル	解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1918 / CC_1/2: 0.708 / R_pim(I) all: 0.19 / R_rim(I) all: 0.36 / R_sym value: 0.34 / Χ²: 0.608 / % possible all: 70.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5IEZ

5iez

解像度: 1.85→29.612 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.58 / 位相誤差: 21.25 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2068	1990	4.66 %
R_work	0.1716	-	-
obs	0.1733	42686	79.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→29.612 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4763	0	200	423	5386

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	5075
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.79	6879
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.419	2943
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	740
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	861

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.8963	0.2964	128	0.2471	2620	X-RAY DIFFRACTION	72
1.8963-1.9475	0.2829	127	0.2276	2615	X-RAY DIFFRACTION	72
1.9475-2.0048	0.277	126	0.2132	2567	X-RAY DIFFRACTION	71
2.0048-2.0695	0.2598	128	0.2021	2632	X-RAY DIFFRACTION	72
2.0695-2.1435	0.2387	130	0.1868	2645	X-RAY DIFFRACTION	74
2.1435-2.2293	0.2297	129	0.1765	2648	X-RAY DIFFRACTION	73
2.2293-2.3307	0.1804	130	0.1669	2650	X-RAY DIFFRACTION	73
2.3307-2.4535	0.1936	132	0.1735	2696	X-RAY DIFFRACTION	74
2.4535-2.6071	0.2282	134	0.1852	2741	X-RAY DIFFRACTION	75
2.6071-2.8083	0.214	142	0.1919	2922	X-RAY DIFFRACTION	81
2.8083-3.0906	0.2087	157	0.1923	3186	X-RAY DIFFRACTION	88
3.0906-3.5372	0.2165	173	0.1689	3539	X-RAY DIFFRACTION	97
3.5372-4.4541	0.1762	175	0.1432	3587	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4541-29.6156	0.1735	179	0.1467	3648	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.466	-0.9338	-0.0038	5.0036	-0.9339	4.2237	0.1118	0.4251	0.2356	-0.5077	0.0403	-0.3777	-0.3166	0.0325	-0.0577	0.2334	0.0025	0.0269	0.1127	-0.0545	0.155	-0.1628	-1.4653	84.2386
2	4.0417	-3.2371	-1.0794	8.2967	-1.0535	4.6731	0.1911	0.3878	0.4503	-0.3982	-0.4919	-1.1612	-0.668	0.2698	-0.0167	0.2553	-0.0266	-0.0077	0.1972	0.0045	0.4043	5.6586	5.4584	82.8307
3	3.0642	-2.1958	-0.7437	4.3184	0.8412	3.3191	-0.3233	-0.1671	-0.0718	0.5395	0.3049	-0.6078	0.6028	0.2232	-0.0642	0.2951	0.0152	0.0161	0.2321	-0.0561	0.1724	4.1363	-10.7391	92.2673
4	0.923	0.7225	0.8225	2.5632	0.8866	0.7096	-0.433	0.3859	-0.7474	-0.4433	0.1262	0.4142	0.5365	-0.6605	0.3266	0.5039	-0.29	0.1369	0.1524	-0.289	0.3613	-9.0472	-16.1049	87.9646
5	3.7717	-2.5182	-1.896	3.9254	1.5347	4.3464	0.1584	0.2429	-0.1395	-0.2517	-0.1981	0.2446	0.0002	-0.1952	0.0051	0.1175	0.0059	-0.0231	0.0832	-0.0116	0.186	-2.8195	-9.3977	86.9921
6	7.9095	0.9499	3.7093	0.9218	0.7908	3.7383	-0.068	-0.9152	1.4615	0.1493	-0.0019	0.1676	-1.2495	-0.1672	0.005	0.3479	-0.041	0.1122	0.24	-0.0734	0.172	-3.276	4.3787	98.7411
7	5.3227	-0.3534	1.788	5.0227	-0.3687	4.7112	-0.0023	0.249	0.1063	-0.3224	-0.0202	0.2754	0.0303	0.007	-0.0944	0.1167	-0.0214	-0.0165	0.0901	0.008	0.1057	-17.5454	-42.5471	80.5165
8	3.841	-0.7668	2.1115	5.576	-0.5115	3.948	-0.0436	-0.0024	0.0669	-0.1955	0.2121	0.2279	0.2737	-0.0976	-0.2132	0.2161	-0.0321	-0.0489	0.2057	0.0209	0.2228	-21.9735	-49.2509	76.9805
9	2.4311	-1.7058	0.0638	7.1465	1.5832	2.7523	-0.1993	-0.3996	-0.4143	0.5888	0.1823	1.3542	0.2679	-0.1934	0.118	0.1689	-0.0134	0.0567	0.1812	0.0441	0.2335	-24.7297	-43.0953	89.9317
10	3.2678	-0.9507	-0.5944	5.2316	-0.3517	6.032	-0.2671	0.1542	0.3044	-0.3301	0.0431	0.2463	-0.432	-0.2194	0.107	0.265	0.0622	-0.0994	0.1819	-0.0378	0.2399	-21.7665	-22.2396	86.904
11	2.2148	-0.3582	0.7033	3.436	0.0502	2.9221	-0.0487	0.3644	0.1295	-0.1425	0.0648	-0.4594	-0.5869	0.7995	0.1443	0.2874	-0.1063	-0.0051	0.1921	-0.03	0.2603	-10.2837	-26.6872	83.5317
12	1.2719	-0.6736	0.7023	3.916	-0.7689	3.7732	-0.1609	-0.0231	0.0271	0.2186	0.0089	0.1434	-0.5583	-0.0785	0.0334	0.1056	-0.013	0.0049	0.0854	-0.015	0.1037	-19.2819	-32.1434	87.126
13	3.0398	-1.4026	2.0796	5.2342	-2.1864	6.4515	0.1536	0.1414	0.1054	-0.1463	-0.101	-0.357	0.0159	0.6231	0.0175	0.1525	-0.0056	0.0243	0.1226	-0.0304	0.1816	-10.3999	-37.6533	83.8385
14	8.366	3.1817	-2.75	3.2961	-0.4135	4.7327	-0.1108	-0.6003	-0.3703	0.4819	-0.0411	0.252	0.454	0.2537	0.1426	0.2862	0.0354	-0.0009	0.1402	0.0163	0.1946	-16.8442	-48.8392	94.7775
15	8.0555	1.3486	1.4409	5.243	0.2858	4.4134	0.1862	-0.4673	-0.4563	0.4708	-0.1377	0.0022	0.6228	0.0091	-0.0883	0.2207	0.0333	0.0211	0.1299	0.0109	0.1499	-3.4511	-0.9421	64.6667
16	3.7559	1.4025	0.1303	6.0278	-0.1373	2.8516	-0.0918	-0.5548	-0.1812	0.6123	-0.1471	-0.2225	1.0386	0.0745	-0.0747	0.5454	0.0242	-0.0778	0.5128	0.1846	0.4447	1.7539	-7.73	67.4426
17	5.7412	4.0894	-0.899	7.7391	-0.8375	3.1063	0.1151	0.1088	-0.4136	0.1299	0.0488	-0.5267	0.336	0.3063	-0.1545	0.2518	0.094	0.0279	0.2217	-0.0239	0.1625	3.2082	-1.4137	55.6377
18	7.3499	-1.8282	-3.994	4.6917	3.4056	3.7035	-0.32	-0.5039	0.084	-0.0409	0.1574	-0.072	-0.0769	0.6461	0.0754	0.2607	-0.0316	-0.0148	0.1692	0.0512	0.1386	2.8697	19.3258	57.8549
19	3.4618	0.7083	3.3804	5.8684	1.523	3.4715	0.2449	-0.428	0.3297	0.4595	-0.3797	0.6298	0.0318	-0.2431	0.2396	0.2707	-0.024	0.0234	0.2464	-0.0382	0.2333	-4.4331	17.2399	71.4411
20	4.8616	-1.1512	0.9614	5.471	1.985	8.0947	-0.0271	-0.1276	0.087	-0.3839	-0.211	0.5543	-0.4729	-0.7857	0.3143	0.1174	0.0224	-0.0441	0.2073	-0.0178	0.2558	-11.9056	14.8068	58.7317
21	1.2215	0.7267	0.0796	2.7561	1.3792	3.7892	0.0309	-0.0779	0.0182	0.0214	-0.1297	0.3101	-0.0538	-0.2507	0.0147	0.0575	0.0193	0.0314	0.1296	0.0024	0.1716	-5.4495	7.3222	60.5714
22	4.9182	-1.6432	-3.2378	1.1507	2.0585	3.705	-0.1686	0.0415	-0.4839	-0.2782	-0.1167	0.2571	0.6896	-0.0555	0.3246	0.244	0.0265	0.0169	0.1651	-0.0151	0.2398	-4.0499	-6.1057	49.5016
23	5.2149	-3.3163	0.593	6.3804	-1.5559	4.7944	0.0408	0.3816	0.5197	-0.3008	-0.1948	-0.1805	-0.4818	0.2273	0.1725	0.31	-0.0227	-0.0472	0.1385	0.0305	0.1829	8.1328	-28.3666	50.8786
24	2.7086	-1.1865	0.9399	2.4701	-1.9069	5.111	-0.0798	0.6475	0.515	0.2564	-0.4558	-0.6312	-0.9967	0.9647	0.4923	0.4151	-0.121	-0.1031	0.4005	0.0916	0.3592	14.2524	-25.8456	57.0848
25	1.6174	1.9374	2.2782	3.0082	3.3128	3.7518	0.2564	0.0075	-0.3752	0.3707	0.0531	-0.3855	0.323	0.0689	-0.1718	0.1578	0.0256	-0.0363	0.1654	0.0024	0.2462	10.9626	-46.6298	63.7182
26	6.0194	-2.3714	-1.2158	5.02	2.22	4.2694	0.2226	0.3146	-0.2779	-0.5459	-0.1785	0.4413	0.0099	0.2459	0.0808	0.1999	0.017	-0.0644	0.1786	0.0078	0.2024	2.5776	-45.366	53.1024
27	2.5496	-1.8856	-0.2717	4.7186	0.459	4.6315	0.0578	0.072	-0.0382	0.0094	-0.1393	0.1442	-0.2222	-0.223	0.0412	0.1289	0.0092	-0.0326	0.1324	0.0136	0.1417	4.361	-35.4192	56.2383
28	1.8124	1.1573	-1.0119	1.0929	0.0359	1.8969	0.2262	-0.2576	0.4843	0.7549	-0.1546	0.3586	-1.4194	-0.0175	0.1365	0.8302	0.0664	-0.0918	0.1675	0.0099	0.3286	4.0535	-20.1318	63.5106

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 172:191 )	A	172 - 191
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 192:202 )	A	192 - 202
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 203:239 )	A	203 - 239
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 240:260 )	A	240 - 260
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 261:308 )	A	261 - 308
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 309:322 )	A	309 - 322
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 172:191 )	B	172 - 191
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 192:202 )	B	192 - 202
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 203:223 )	B	203 - 223
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 224:239 )	B	224 - 239
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 240:255 )	B	240 - 255
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN B AND RESID 256:283 )	B	256 - 283
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN B AND RESID 284:308 )	B	284 - 308
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN B AND RESID 309:322 )	B	309 - 322
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN C AND RESID 172:191 )	C	172 - 191
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN C AND RESID 192:202 )	C	192 - 202
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN C AND RESID 203:223 )	C	203 - 223
18	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN C AND RESID 224:235 )	C	224 - 235
19	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN C AND RESID 236:246 )	C	236 - 246
20	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN C AND RESID 247:255 )	C	247 - 255
21	X-RAY DIFFRACTION	21	( CHAIN C AND RESID 256:308 )	C	256 - 308
22	X-RAY DIFFRACTION	22	( CHAIN C AND RESID 309:321 )	C	309 - 321
23	X-RAY DIFFRACTION	23	( CHAIN D AND RESID 172:191 )	D	172 - 191
24	X-RAY DIFFRACTION	24	( CHAIN D AND RESID 192:223 )	D	192 - 223
25	X-RAY DIFFRACTION	25	( CHAIN D AND RESID 224:235 )	D	224 - 235
26	X-RAY DIFFRACTION	26	( CHAIN D AND RESID 236:254 )	D	236 - 254
27	X-RAY DIFFRACTION	27	( CHAIN D AND RESID 255:308 )	D	255 - 308
28	X-RAY DIFFRACTION	28	( CHAIN D AND RESID 309:321 )	D	309 - 321

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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