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- PDB-6ndn: Crystal Structure of Selenocysteine Lyase from Escherichia coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ndn
タイトルCrystal Structure of Selenocysteine Lyase from Escherichia coli
要素Cysteine desulfurase
キーワードLYASE / Selenocysteine Lyase / enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


selenocysteine lyase / selenocysteine lyase activity / cysteine desulfurase / cysteine desulfurase activity / cysteine metabolic process / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cysteine desulfurase, SufS / Aminotransferase class-V, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-V pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase ...Cysteine desulfurase, SufS / Aminotransferase class-V, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-V pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Cysteine desulfurase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli UMEA 3718-1 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.768 Å
データ登録者Scortecci, J.F. / Brandao-Neto, J. / Pereira, H.M. / Thiemann, O.H.
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2016/20977-7 ブラジル
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Selenocysteine Lyase from Escherichia coli
著者: Scortecci, J.F. / Brandao-Neto, J. / Pereira, H.M. / Thiemann, O.H.
履歴
登録2018年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cysteine desulfurase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7393
ポリマ－44,4691
非ポリマー2702
水7,314406
1
A: Cysteine desulfurase
ヘテロ分子

A: Cysteine desulfurase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,4776
ポリマ－88,9372
非ポリマー5404
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area7530 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area27170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.520, 126.520, 134.091
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-502-

NA

21A-822-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Cysteine desulfurase / Selenocysteine beta-lyase / SCL / Selenocysteine lyase / Selenocysteine reductase


分子量: 44468.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli UMEA 3718-1 (大腸菌)
遺伝子: sufS, G994_01747 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: T9SRD8, cysteine desulfurase, selenocysteine lyase
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 406 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.61 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 4M Sodium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96863 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96863 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.768→92.05 Å / Num. obs: 106193 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.8 % / Biso Wilson estimate: 30.38 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Rpim(I) all: 0.032 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) all
1.77-1.8224.72.354177210.7610.482
7.92-92.0523.40.0533.713740.9990.01

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1jf9

1jf9


解像度: 1.768→57.213 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 16.08
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1727 5074 4.79 %Random selection
Rwork0.1599 ---
obs0.1605 106039 99.8 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 94.88 Å2 / Biso mean: 35.1865 Å2 / Biso min: 20.99 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.768→57.213 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3120 0 16 406 3542
Biso mean--26.13 47.64 -
残基数----406
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0193264
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.414462
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.11503
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009581
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2371939
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7682-1.78830.27831630.27343194335795
1.7883-1.80930.25461570.269833163473100
1.8093-1.83140.25521650.239633413506100
1.8314-1.85460.22561460.221932983444100
1.8546-1.8790.22211500.206833473497100
1.879-1.90470.19591420.194733673509100
1.9047-1.93190.17741750.186733113486100
1.9319-1.96070.22411860.182733283514100
1.9607-1.99140.19911780.175533313509100
1.9914-2.0240.19331760.174132983474100
2.024-2.05890.18911900.176933433533100
2.0589-2.09640.20071650.17333533518100
2.0964-2.13670.17241490.158533343483100
2.1367-2.18030.17371870.154233473534100
2.1803-2.22770.16321710.15433333504100
2.2277-2.27960.15111870.155233483535100
2.2796-2.33660.19011880.154733173505100
2.3366-2.39970.16131620.157233423504100
2.3997-2.47040.19611550.163133883543100
2.4704-2.55010.17451610.168933643525100
2.5501-2.64120.2021440.168634013545100
2.6412-2.7470.23371760.180333913567100
2.747-2.8720.20561560.188133783534100
2.872-3.02340.17541470.184134203567100
3.0234-3.21280.18111680.180833853553100
3.2128-3.46090.17621940.16533823576100
3.4609-3.80910.15471830.136234293612100
3.8091-4.36010.1391860.124334393625100
4.3601-5.49260.12261720.121734913663100
5.4926-57.24270.17341950.157436493844100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4321-0.8129-0.74571.74671.13980.9432-0.003-0.15650.41630.06890.1116-0.2617-0.14070.1249-0.11020.2698-0.0657-0.03420.24960.0230.275245.461455.26775.357
21.0339-0.3279-0.25880.79330.21950.7666-0.0511-0.1128-0.11520.13890.01740.10710.0782-0.01430.03740.2475-0.0228-0.00710.24970.0410.222229.52437.020312.8014
31.8778-0.0972-0.01391.6405-0.03860.90060.0263-0.06270.23880.08080.03910.1585-0.2006-0.1685-0.05850.30030.02950.01180.24020.01230.277422.471962.58887.2854
44.286-0.37392.35112.652-0.45765.6765-0.1821-0.01030.74080.10520.00470.0476-0.7812-0.2660.1380.41980.04760.05690.2030.03010.40723.991774.3932.841
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 59 )A1 - 59
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 60 through 298 )A60 - 298
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 299 through 387 )A299 - 387
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 388 through 406 )A388 - 406

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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