PDB-6nbo: Crystal structure of N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6nbo

タイトル

Crystal structure of N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase from Burkholderia multivorans ATCC 17616

要素

N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase

キーワード

HYDROLASE / SSGCID / Burkholderia multivorans / N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase / N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase activity / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in cyclic amidines / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia multivorans ATCC 17616 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase from Burkholderia multivorans ATCC 17616
著者: Conrady, D.G. / Mayclin, S.J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2018年12月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年12月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6nbo.cif.gz	171.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6nbo.ent.gz	132.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6nbo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6nbo_validation.pdf.gz	433.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6nbo_full_validation.pdf.gz	433.4 KB	表示
XML形式データ	6nbo_validation.xml.gz	19.3 KB	表示
CIF形式データ	6nbo_validation.cif.gz	29.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nb/6nbo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nb/6nbo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4cqbS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6l5q-d 5bul-d 6sbj-1 4rop-d 2a3a-2 1w9v-1 2ph6-d 6eo5-1 2qt3-1 6uvp-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (2) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (2)

登録構造単位

A: N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase

ヘテロ分子

43.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.260, 100.350, 142.360
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-577- HOH
2	1	A-630- HOH
3	1	A-844- HOH

#1: タンパク質	N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase 分子量: 42750.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia multivorans ATCC 17616 (バクテリア) 株: ATCC 17616 / 249 / 遺伝子: atzC, BMULJ_05300 / プラスミド: BumuA.00109.b.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A0A0H3KPJ4, N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 376 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.84 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: BumuA.00109.b.B1.PS37886 at 23.1mg/ml, mixed 1:1 with JCSG+g12: 3M NacL, 0.1M Bis-Tris pH5.5, cryo protected with 20% EG. Crystal id 272543g12, nmv9-9.

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.95→42.899 Å / Num. obs: 46373 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.369 % / B_iso Wilson estimate: 35.063 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.057 / R_rim(I) all: 0.062 / Χ²: 1.006 / Net I/σ(I): 21.42 / Num. measured all: 341726

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.95-2	7.507	0.518	3.81	3396	0.907	0.556	100
2-2.06	7.503	0.385	5.15	3299	0.944	0.413	100
2.06-2.12	7.523	0.295	6.63	3225	0.97	0.317	100
2.12-2.18	7.515	0.236	8.17	3111	0.979	0.253	100
2.18-2.25	7.513	0.194	9.98	3020	0.983	0.208	100
2.25-2.33	7.522	0.161	11.87	2969	0.989	0.173	100
2.33-2.42	7.5	0.132	14.3	2826	0.992	0.142	100
2.42-2.52	7.507	0.108	17.07	2730	0.995	0.116	100
2.52-2.63	7.479	0.089	20.29	2618	0.997	0.096	100
2.63-2.76	7.452	0.076	23.34	2516	0.997	0.081	100
2.76-2.91	7.364	0.066	26.5	2391	0.998	0.071	100
2.91-3.08	7.327	0.056	31.01	2264	0.998	0.06	100
3.08-3.3	7.213	0.048	35.45	2141	0.998	0.052	100
3.3-3.56	7.13	0.041	40.44	1992	0.999	0.044	100
3.56-3.9	7.071	0.038	43.11	1855	0.999	0.041	100
3.9-4.36	6.999	0.034	45.89	1666	0.999	0.037	100
4.36-5.03	7.06	0.031	47.56	1489	0.999	0.034	100
5.03-6.17	7.089	0.031	46.73	1277	0.999	0.033	100
6.17-8.72	6.939	0.026	47.53	1001	0.999	0.029	100
8.72-42.899	6.254	0.025	47.21	587	0.999	0.027	98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_3339	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減
MoRDa		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4CQB

4cqb

解像度: 1.95→42.899 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.82 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1783	2000	4.31 %
R_work	0.1573	-	-
obs	0.1582	46367	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→42.899 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2857	0	24	376	3257

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2987
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.808	4068
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.49	1811
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	477
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	540

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-1.9988	0.219	141	0.2025	3132	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9988-2.0528	0.202	144	0.1757	3131	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0528-2.1132	0.2057	128	0.1602	3133	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1132-2.1814	0.1784	142	0.1589	3142	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1814-2.2594	0.1892	161	0.1532	3143	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2594-2.3499	0.1784	123	0.1604	3111	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3499-2.4568	0.1992	131	0.1569	3174	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4568-2.5863	0.2027	144	0.1662	3154	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5863-2.7483	0.1978	146	0.1789	3139	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7483-2.9605	0.2258	148	0.1853	3187	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9605-3.2583	0.1786	150	0.1719	3174	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2583-3.7296	0.1613	141	0.1463	3187	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7296-4.6979	0.1394	139	0.1219	3220	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6979-42.9091	0.1683	162	0.1607	3340	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.0068	0.6297	-3.3794	1.9268	-0.1882	3.5278	0.1365	0.238	0.0934	-0.0634	-0.0332	0.143	0.0026	-0.2787	-0.0765	0.2289	0.0722	-0.0486	0.1363	0.0059	0.1618	-37.5938	-13.9187	-37.9757
2	1.1283	0.6173	-0.3148	1.4579	-0.6679	2.4559	0.0812	-0.0659	-0.0553	0.1452	-0.0564	-0.0922	0.0506	-0.011	-0.0295	0.1692	0.0402	-0.0499	0.1774	-0.0032	0.1752	-39.8884	-23.7729	-17.0389
3	0.9739	-0.2729	-0.2624	1.4995	-0.0182	1.7511	0.0142	0.0351	0.0766	-0.007	-0.0385	-0.1557	-0.0893	0.0336	0.0157	0.2099	0.033	-0.0092	0.2051	0.014	0.2363	-33.885	-8.1211	-30.8114

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 109 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 110 through 280 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 281 through 394 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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