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- PDB-6nbo: Crystal structure of N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6nbo | ||||||
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Title | Crystal structure of N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase from Burkholderia multivorans ATCC 17616 | ||||||
![]() | N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase | ||||||
![]() | HYDROLASE / SSGCID / Burkholderia multivorans / N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase / N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase activity / Amidohydrolase 3 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Metal-dependent hydrolase / N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase from Burkholderia multivorans ATCC 17616 Authors: Conrady, D.G. / Mayclin, S.J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 171.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 132.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 433.6 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 433.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 19.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 29.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4cqbS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 42750.840 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 17616 / 249 / Gene: atzC, BMULJ_05300 / Plasmid: BumuA.00109.b.B1 / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: A0A0H3KPJ4, N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase | ||||||
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#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.82 Å3/Da / Density % sol: 67.84 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: BumuA.00109.b.B1.PS37886 at 23.1mg/ml, mixed 1:1 with JCSG+g12: 3M NacL, 0.1M Bis-Tris pH5.5, cryo protected with 20% EG. Crystal id 272543g12, nmv9-9. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Jun 8, 2016 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.95→42.899 Å / Num. obs: 46373 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 7.369 % / Biso Wilson estimate: 35.063 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rrim(I) all: 0.062 / Χ2: 1.006 / Net I/σ(I): 21.42 / Num. measured all: 341726 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4CQB Resolution: 1.95→42.899 Å / SU ML: 0.14 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 16.82 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.95→42.899 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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