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万見
- PDB-6nbj: Qri7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nbj
タイトルQri7
要素
  • RNA (5'-R(P*CP*CP*CP*C)-3')
  • tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase, mitochondrial
キーワードRNA BINDING PROTEIN / DIMER
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial tRNA threonylcarbamoyladenosine modification / N6-L-threonylcarbamoyladenine synthase / N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase activity / tRNA threonylcarbamoyladenosine modification / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase, TsaD / Peptidase M22, conserved site / Glycoprotease family signature. / Kae1/TsaD family / Gcp-like domain / tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase / ATPase, nucleotide binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / TRIETHYLENE GLYCOL / RNA / tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.94 Å
データ登録者Stec, B.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2014
タイトル: Structure of Saccharomyces cerevisiae mitochondrial Qri7 in complex with AMP.
著者: Tominaga, T. / Kobayashi, K. / Ishii, R. / Ishitani, R. / Nureki, O.
履歴
登録2018年12月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 0THIS ENTRY 6NBJ REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL DATA IN 3WUH, DETERMINED BY T. ...THIS ENTRY 6NBJ REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL DATA IN 3WUH, DETERMINED BY T.TOMINAGA,K.KOBAYASHI,R.ISHII,R.ISHITANI,O.NUREKI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase, mitochondrial
B: tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase, mitochondrial
C: RNA (5'-R(P*CP*CP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,98511
ポリマ－86,3483
非ポリマー1,6388
水43224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)180.315, 180.315, 180.315
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number212
Space group name H-MP4332

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要素

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タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase, mitochondrial / N6-L-threonylcarbamoyladenine synthase / t(6)A synthase / t(6)A37 threonylcarbamoyladenosine ...N6-L-threonylcarbamoyladenine synthase / t(6)A synthase / t(6)A37 threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein QRI7 / tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein QRI7


分子量: 42585.898 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: QRI7, YDL104C, D2366 / プラスミド: modified pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3)
参照: UniProt: P43122, N6-L-threonylcarbamoyladenine synthase
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*CP*CP*CP*C)-3')


分子量: 1175.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)

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非ポリマー , 7種, 32分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25% PEG 400, 3% w/v dextran sulfate sodium salt (Mr 5000), 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年1月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.94→50.1 Å / Num. obs: 22014 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge F all: 0.089 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.94→3.07 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.94→50.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 16.988 / SU ML: 0.323 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.439 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26996 1121 5.1 %RANDOM
Rwork0.19633 ---
obs0.20009 20688 99.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 99.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.94→50.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5898 64 98 24 6084
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0146188
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175608
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6071.6678382
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9071.65313169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.6265754
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.9622.267300
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.578151084
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8511540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2825
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026782
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021098
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it9.08410.1453023
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other9.04210.1443021
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it13.57615.2023774
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other13.57715.2053775
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it9.93210.6713164
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other9.88710.6673160
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other14.52215.8294605
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined18.781337277
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other18.78307278
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.937→3.013 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.361 83 -
Rwork0.257 1507 -
obs--99.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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