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- PDB-6nak: BACTERIAL PROTEIN COMPLEX TM BDE complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nak
タイトルBACTERIAL PROTEIN COMPLEX TM BDE complex
要素
  • TsaE
  • tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
  • tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaB
キーワードRNA BINDING PROTEIN / HETERO-HEXAMER COMPLEX / METAL ION BINDING PROTEINS
機能・相同性
機能・相同性情報


N6-L-threonylcarbamoyladenine synthase / N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase activity / tRNA threonylcarbamoyladenosine modification / iron ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
tRNA threonylcarbamoyl adenosine modification protein TsaE / Threonylcarbamoyl adenosine biosynthesis protein TsaE / tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase, TsaD / tRNA threonylcarbamoyl adenosine modification protein TsaB / Kae1/TsaD family / Gcp-like domain / tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase / ATPase, nucleotide binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / threonylcarbamoyladenylate / tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase / tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaB / t(6)A37 threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaE
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.14 Å
データ登録者Stec, B.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: The structure of the TsaB/TsaD/TsaE complex reveals an unexpected mechanism for the bacterial t6A tRNA-modification.
著者: Missoury, S. / Plancqueel, S. / Li de la Sierra-Gallay, I. / Zhang, W. / Liger, D. / Durand, D. / Dammak, R. / Collinet, B. / van Tilbeurgh, H.
履歴
登録2018年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 0THIS ENTRY 6NAK REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL DATA IN 6FPE, DETERMINED BY S. ...THIS ENTRY 6NAK REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL DATA IN 6FPE, DETERMINED BY S.MISSOURY,S.PLANCQUEEL,I.LI-DE-LA-SIERRA-GALLAY,W.ZHANG,D.LIGER, D.DURAND,R.DAMMAK,B.COLLINET,H.VAN TILBEURGH

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaB
B: tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
D: TsaE
C: tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaB
G: tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
E: TsaE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,58814
ポリマ－160,4136
非ポリマー2,1758
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16610 Å2
ΔGint-155 kcal/mol
Surface area55430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.310, 113.990, 177.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 3種, 6分子 ACBGDE

#1: タンパク質 tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaB / t(6)A37 threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaB


分子量: 23020.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: tsaB, TM_0874, Tmari_0876 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WZX7
#2: タンパク質 tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase / N6-L-threonylcarbamoyladenine synthase / t(6)A synthase / t(6)A37 threonylcarbamoyladenosine ...N6-L-threonylcarbamoyladenine synthase / t(6)A synthase / t(6)A37 threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaD / tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaD


分子量: 35672.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: tsaD, gcp, TM_0145 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9WXZ2, N6-L-threonylcarbamoyladenine synthase
#3: タンパク質 TsaE


分子量: 21513.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: TsaE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: R4NRX5

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非ポリマー , 5種, 12分子

#4: 化合物 ChemComp-TXA / threonylcarbamoyladenylate


分子量: 492.335 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H21N6O11P
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-APC / DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / ALPHA,BETA-METHYLENEADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / α,β-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-CPP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.75 % / 解説: Author used the sf data from the entry 6FPE
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 13 % PEG 8000, 1 mM Imidazole pH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.981 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.981 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.14→48.4 Å / Num. obs: 30297 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.56 % / Rmerge(I) obs: 0.169 / Net I/σ(I): 7.47
反射 シェル解像度: 3.14→3.3 Å / 冗長度: 4.7 % / Num. unique obs: 1505 / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6fpe

6fpe
PDB 未公開エントリ


解像度: 3.14→48.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.88 / SU B: 78.908 / SU ML: 0.567 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.598 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30166 1550 5.1 %RANDOM
Rwork0.1921 ---
obs0.19772 28747 99.05 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 87.322 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.11 Å20 Å20 Å2
2---2.03 Å20 Å2
3---0.92 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.14→48.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10847 0 132 4 10983
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01311176
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01710859
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6711.6515133
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1531.58425201
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.11351376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.2522.903534
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.863152035
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5331563
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.21427
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212228
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022163
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.386.825525
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.386.8195524
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.63810.226894
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.63710.226895
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0687.2095651
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.0687.2095651
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.36610.6918240
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.84379.92412205
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.84379.92312206
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.141→3.223 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.413 90 -
Rwork0.4 1932 -
obs--90.71 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.36320.10730.41451.37580.10210.5243-0.12170.0125-0.12550.17340.17720.0716-0.129-0.0556-0.05550.0784-0.01360.06320.31230.08220.3911-56.525845.8204-54.1641
20.7541-0.36940.36840.48270.17080.5992-0.11920.14030.0150.04780.03920.1016-0.06730.20660.080.0252-0.0743-0.01710.40320.1260.3253-19.656436.0283-48.479
31.587-0.0871-0.25830.25850.29440.6070.28730.2457-0.1203-0.0136-0.07260.0666-0.0171-0.0041-0.21470.08220.0368-0.07380.3114-0.07840.3945-35.934918.7785-67.1052
41.2415-0.2745-0.43740.4759-0.20320.385-0.0967-0.0249-0.13260.00750.06490.10610.0390.02750.03180.012-0.03570.01780.36530.04330.3854-66.796560.6789-75.7406
50.7063-0.71960.04770.91870.11710.2428-0.2020.0820.13840.20140.0071-0.1092-0.0282-0.01230.19490.0602-0.0257-0.08130.3091-0.00520.4577-63.171599.2358-79.7904
60.88150.2-0.74040.71820.14561.3317-0.0026-0.098-0.0863-0.05910.1069-0.0116-0.1086-0.1167-0.10430.02150.05180.00510.49590.08910.2388-87.249488.5846-64.7318
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 203
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 327
3X-RAY DIFFRACTION3D-3 - 161
4X-RAY DIFFRACTION3D200 - 201
5X-RAY DIFFRACTION4C1 - 206
6X-RAY DIFFRACTION5G1 - 327
7X-RAY DIFFRACTION6E0 - 160
8X-RAY DIFFRACTION6E200 - 201

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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