[日本語] English
万見
- PDB-6nah: Crystal structure of Neisseria meningitidis ClpP protease in comp... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nah
タイトルCrystal structure of Neisseria meningitidis ClpP protease in complex with Acyldepsipeptide-14 (ADEP-14)
要素
  • ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
  • Acyldepsipeptide-14
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Serine protease / antibiotic / anticancer / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


endopeptidase Clp / endopeptidase Clp complex / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / ATP-dependent peptidase activity / ATPase binding / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ClpP, Ser active site / Endopeptidase Clp serine active site. / ClpP, histidine active site / Endopeptidase Clp histidine active site. / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Clp protease proteolytic subunit /Translocation-enhancing protein TepA / Clp protease / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily ...ClpP, Ser active site / Endopeptidase Clp serine active site. / ClpP, histidine active site / Endopeptidase Clp histidine active site. / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Clp protease proteolytic subunit /Translocation-enhancing protein TepA / Clp protease / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
OCTANOIC ACID (CAPRYLIC ACID) / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Mabanglo, M.F. / Houry, W.A.
資金援助 カナダ, 2件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)XNE-86945 カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT-148564 カナダ
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2019
タイトル: ClpP protease activation results from the reorganization of the electrostatic interaction networks at the entrance pores.
著者: Mabanglo, M.F. / Leung, E. / Vahidi, S. / Seraphim, T.V. / Eger, B.T. / Bryson, S. / Bhandari, V. / Zhou, J.L. / Mao, Y.Q. / Rizzolo, K. / Barghash, M.M. / Goodreid, J.D. / Phanse, S. / Babu, ...著者: Mabanglo, M.F. / Leung, E. / Vahidi, S. / Seraphim, T.V. / Eger, B.T. / Bryson, S. / Bhandari, V. / Zhou, J.L. / Mao, Y.Q. / Rizzolo, K. / Barghash, M.M. / Goodreid, J.D. / Phanse, S. / Babu, M. / Barbosa, L.R.S. / Ramos, C.H.I. / Batey, R.A. / Kay, L.E. / Pai, E.F. / Houry, W.A.
履歴
登録2018年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.02023年2月22日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / entity / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ref_seq
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end
改定 2.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
H: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
I: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
J: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
K: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
L: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
M: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
N: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
O: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
P: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
Q: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
R: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
S: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
T: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
U: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
V: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
W: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
X: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
Y: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
Z: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
a: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
b: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
c: Acyldepsipeptide-14
e: Acyldepsipeptide-14
f: Acyldepsipeptide-14
g: Acyldepsipeptide-14
h: Acyldepsipeptide-14
i: Acyldepsipeptide-14
j: Acyldepsipeptide-14
k: Acyldepsipeptide-14
l: Acyldepsipeptide-14
m: Acyldepsipeptide-14
n: Acyldepsipeptide-14
o: Acyldepsipeptide-14
p: Acyldepsipeptide-14
q: Acyldepsipeptide-14
r: Acyldepsipeptide-14
s: Acyldepsipeptide-14
t: Acyldepsipeptide-14
u: Acyldepsipeptide-14
v: Acyldepsipeptide-14
w: Acyldepsipeptide-14
x: Acyldepsipeptide-14
y: Acyldepsipeptide-14
z: Acyldepsipeptide-14
0: Acyldepsipeptide-14
1: Acyldepsipeptide-14
2: Acyldepsipeptide-14
3: Acyldepsipeptide-14
4: Acyldepsipeptide-14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)706,93684
ポリマ－702,89856
非ポリマー4,03828
水12,719706
1
A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
c: Acyldepsipeptide-14
e: Acyldepsipeptide-14
f: Acyldepsipeptide-14
g: Acyldepsipeptide-14
h: Acyldepsipeptide-14
i: Acyldepsipeptide-14
j: Acyldepsipeptide-14
ヘテロ分子

V: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
W: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
X: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
Y: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
Z: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
a: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
b: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
y: Acyldepsipeptide-14
z: Acyldepsipeptide-14
0: Acyldepsipeptide-14
1: Acyldepsipeptide-14
2: Acyldepsipeptide-14
3: Acyldepsipeptide-14
4: Acyldepsipeptide-14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)353,46842
ポリマ－351,44928
非ポリマー2,01914
水27015
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y+1/2,-z1
2
H: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
I: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
J: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
K: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
L: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
M: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
N: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
O: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
P: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
Q: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
R: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
S: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
T: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
U: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
k: Acyldepsipeptide-14
l: Acyldepsipeptide-14
m: Acyldepsipeptide-14
n: Acyldepsipeptide-14
o: Acyldepsipeptide-14
p: Acyldepsipeptide-14
q: Acyldepsipeptide-14
r: Acyldepsipeptide-14
s: Acyldepsipeptide-14
t: Acyldepsipeptide-14
u: Acyldepsipeptide-14
v: Acyldepsipeptide-14
w: Acyldepsipeptide-14
x: Acyldepsipeptide-14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)353,46842
ポリマ－351,44928
非ポリマー2,01914
水25214
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)117.238, 195.976, 139.894
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.42, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 ...
ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Endopeptidase Clp


分子量: 24410.754 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
遺伝子: clpP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: I4E574, UniProt: Q9JZ38*PLUS, endopeptidase Clp
#2: タンパク質・ペプチド ...
Acyldepsipeptide-14


分子量: 692.750 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物...
ChemComp-OCA / OCTANOIC ACID (CAPRYLIC ACID) / オクタン酸


分子量: 144.211 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H16O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 706 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.48 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2 M potassium thiocyanate 40% MPD

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→50 Å / Num. obs: 168533 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.8 % / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / Rmerge(I) obs: 0.92 / Num. unique obs: 8280 / CC1/2: 0.559 / Rpim(I) all: 0.543 / Rrim(I) all: 1.07

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5DKP

5dkp


解像度: 2.7→49.631 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2479 1999 1.19 %
Rwork0.1922 --
obs0.1928 168440 98.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→49.631 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数37775 0 1596 706 40077
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0140017
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.44453945
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.70424015
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0696084
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0087003
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7022-2.76970.30211380.231511475X-RAY DIFFRACTION96
2.7697-2.84460.31661420.220211799X-RAY DIFFRACTION98
2.8446-2.92830.26181410.204411802X-RAY DIFFRACTION98
2.9283-3.02280.27791420.207511787X-RAY DIFFRACTION98
3.0228-3.13080.27211420.200311836X-RAY DIFFRACTION98
3.1308-3.25620.28111420.19111872X-RAY DIFFRACTION98
3.2562-3.40430.24461430.184811875X-RAY DIFFRACTION99
3.4043-3.58380.24611430.189711899X-RAY DIFFRACTION99
3.5838-3.80820.26851440.183411935X-RAY DIFFRACTION99
3.8082-4.10210.19821420.168811931X-RAY DIFFRACTION99
4.1021-4.51470.22821460.170112044X-RAY DIFFRACTION99
4.5147-5.16740.2251440.183712021X-RAY DIFFRACTION100
5.1674-6.50810.27811450.237512088X-RAY DIFFRACTION100
6.5081-49.63930.22831450.191512077X-RAY DIFFRACTION99

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る