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- PDB-6nae: Crystal Structure of Ebola zaire GP protein with bound ARN0074898 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nae
タイトルCrystal Structure of Ebola zaire GP protein with bound ARN0074898
要素
  • Envelope glycoprotein
  • Envelope glycoprotein,Envelope glycoprotein,Envelope glycoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / SSGCID / Ebola zaire / glycoprotein / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated killing of host cell / host cell endoplasmic reticulum / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / membrane raft / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...symbiont-mediated killing of host cell / host cell endoplasmic reticulum / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / membrane raft / fusion of virus membrane with host endosome membrane / lipid binding / viral envelope / symbiont entry into host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Filoviruses glycoprotein, extracellular domain / Filoviruses glycoprotein / Filovirus glycoprotein / Envelope glycoprotein GP2-like, HR1-HR2
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KHG / Envelope glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Zaire ebolavirus (エボラウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2020
タイトル: Discovery of Adamantane Carboxamides as Ebola Virus Cell Entry and Glycoprotein Inhibitors.
著者: Plewe, M.B. / Sokolova, N.V. / Gantla, V.R. / Brown, E.R. / Naik, S. / Fetsko, A. / Lorimer, D.D. / Dranow, D.M. / Smutney, H. / Bullen, J. / Sidhu, R. / Master, A. / Wang, J. / Kallel, E.A. ...著者: Plewe, M.B. / Sokolova, N.V. / Gantla, V.R. / Brown, E.R. / Naik, S. / Fetsko, A. / Lorimer, D.D. / Dranow, D.M. / Smutney, H. / Bullen, J. / Sidhu, R. / Master, A. / Wang, J. / Kallel, E.A. / Zhang, L. / Kalveram, B. / Freiberg, A.N. / Henkel, G. / McCormack, K.
履歴
登録2018年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.journal_abbrev / _citation.title
改定 1.22020年7月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author
Item: _chem_comp.type / _citation.country ..._chem_comp.type / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope glycoprotein,Envelope glycoprotein,Envelope glycoprotein
B: Envelope glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,84813
ポリマ－55,2252
非ポリマー2,62311
水1,58588
1
A: Envelope glycoprotein,Envelope glycoprotein,Envelope glycoprotein
B: Envelope glycoprotein
ヘテロ分子

A: Envelope glycoprotein,Envelope glycoprotein,Envelope glycoprotein
B: Envelope glycoprotein
ヘテロ分子

A: Envelope glycoprotein,Envelope glycoprotein,Envelope glycoprotein
B: Envelope glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,54339
ポリマ－165,6756
非ポリマー7,86833
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area38220 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area46430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.250, 113.250, 307.210
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Envelope glycoprotein,Envelope glycoprotein,Envelope glycoprotein / GP1 / 2 / GP


分子量: 36302.719 Da / 分子数: 1
断片: EbzaA.19907.a.HE11,EbzaA.19907.a.HE11,EbzaA.19907.a.HE11,EbzaA.19907.a.HE11,EbzaA.19907.a.HE11,EbzaA.19907.a.HE11,EbzaA.19907.a.HE11,EbzaA.19907.a.HE11,EbzaA.19907.a.HE11
変異: T42A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Zaire ebolavirus (strain Mayinga-76) (エボラウイルス)
株: Mayinga-76 / 遺伝子: GP / プラスミド: EbzaA.19907.a.HE11 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): HEK-293 / 参照: UniProt: Q05320
#2: タンパク質 Envelope glycoprotein / GP1 / 2 / GP


分子量: 18922.320 Da / 分子数: 1 / 変異: H613A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Zaire ebolavirus (strain Mayinga-76) (エボラウイルス)
株: Mayinga-76 / 遺伝子: GP / プラスミド: EbzaA.19907.a.HE11 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): HEK-293 / 参照: UniProt: Q05320

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糖 , 2種, 5分子

#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 94分子

#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-KHG / (1S,3R,5R,7S)-N-(trans-4-aminocyclohexyl)-3-methyl-5-phenyltricyclo[3.3.1.1~3,7~]decane-1-carboxamide


分子量: 366.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C24H34N2O
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.55 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: EbzaA.19907.a.HE11.PD38326 at 6.01 mg /ml and mixed 1:1 with an opt screen based on JCSG+(b8): 11 % (w/v) PEG-8000, 0.1 M Tris base/ HCl, pH = 7.1, 200 mM MgCl2, Crystals were soaked with 1 ...詳細: EbzaA.19907.a.HE11.PD38326 at 6.01 mg /ml and mixed 1:1 with an opt screen based on JCSG+(b8): 11 % (w/v) PEG-8000, 0.1 M Tris base/ HCl, pH = 7.1, 200 mM MgCl2, Crystals were soaked with 1 mM ARN0074898 for 4 hours and cryoprotected with 20% glyerol. Tray: 303411b4, puck: jvo4-3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月5日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→49.554 Å / Num. obs: 20154 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.409 % / Biso Wilson estimate: 57.765 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rrim(I) all: 0.07 / Χ2: 1.038 / Net I/σ(I): 23.09 / Num. measured all: 149327
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.75-2.827.5370.5284.1514910.9470.567100
2.82-2.97.540.4175.2314220.9620.448100
2.9-2.987.5430.336.4713960.9790.355100
2.98-3.077.5360.2538.0413350.9870.27299.9
3.07-3.187.5320.2159.5213140.9860.231100
3.18-3.297.5330.1711.6912800.9930.183100
3.29-3.417.5310.12714.912270.9960.137100
3.41-3.557.4540.09619.2611840.9970.103100
3.55-3.717.4420.07624.1611350.9970.082100
3.71-3.897.4710.06627.2610990.9980.07100
3.89-4.17.4250.0513210330.9990.054100
4.1-4.357.3970.04337.189880.9990.046100
4.35-4.657.4210.03743.029220.9990.04100
4.65-5.027.330.03941.948730.9990.042100
5.02-5.57.2920.03941.178040.9990.042100
5.5-6.157.230.03741.197360.9990.04100
6.15-7.17.1760.03443.556550.9990.037100
7.1-8.77.0290.02951.885580.9990.031100
8.7-12.36.7150.02456.784420.9990.026100
12.3-49.5545.8460.02553.462600.9990.02896.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6f5u

6f5u


解像度: 2.75→49.554 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.98
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2398 2076 10.31 %
Rwork0.1927 --
obs0.1974 20139 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 168.95 Å2 / Biso mean: 65.2952 Å2 / Biso min: 26.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.75→49.554 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2647 0 209 88 2944
Biso mean--100.14 55.22 -
残基数----348
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.75-2.8140.27691370.216411841321
2.814-2.88440.3441280.216712021330
2.8844-2.96230.25841270.199811931320
2.9623-3.04950.29341460.219311711317
3.0495-3.14790.30671520.220611761328
3.1479-3.26040.3161470.216911751322
3.2604-3.39090.25471560.205911711327
3.3909-3.54520.2441240.191412071331
3.5452-3.7320.20851430.182611901333
3.732-3.96580.21221410.176311941335
3.9658-4.27180.21511370.158112121349
4.2718-4.70140.17481470.152612031350
4.7014-5.3810.22831360.182212271363
5.381-6.77670.29181280.204212411369
6.7767-49.56170.2391270.226213171444

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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