PDB-6nad: Identification and biological evaluation of tertiary ALCOHOL-base...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6nad

タイトル

Identification and biological evaluation of tertiary ALCOHOL-based inverse agonists of RORgt

要素

Nuclear receptor ROR-gamma

キーワード

NUCLEAR PROTEIN / Nuclear Receptor RORgt

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to sterol / T-helper 17 cell differentiation / regulation of steroid metabolic process / ligand-modulated transcription factor activity / Peyer's patch development / positive regulation of circadian rhythm / T-helper cell differentiation / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / oxysterol binding / negative regulation of thymocyte apoptotic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.90197076582 Å

データ登録者

Spurlino, J. / Milligan, C.

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2019
タイトル: 3-Substituted Quinolines as ROR gamma t Inverse Agonists.
著者: Tanis, V.M. / Venkatesan, H. / Cummings, M.D. / Albers, M. / Kent Barbay, J. / Herman, K. / Kummer, D.A. / Milligan, C. / Nelen, M.I. / Nishimura, R. / Schlueter, T. / Scott, B. / Spurlino, J. ...

履歴

登録	2018年12月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年5月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

類似構造データ	6o98-2 6xfv-2 6br3-1 6b33-1 4zjr-2 3b0w-2 4zjr-1 6j1l-3 6b30-2 6b33-2 6j1l-1 6j1l-2 4wqp-2 5ayg-2 4nb6-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nuclear receptor ROR-gamma

B: Nuclear receptor ROR-gamma

ヘテロ分子

57.9 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Nuclear receptor ROR-gamma

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Nuclear receptor ROR-gamma

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	96.742, 96.742, 127.711
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁
Space group name Hall	P6₁

#1: タンパク質	Nuclear receptor ROR-gamma / Nuclear receptor RZR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group F member 3 / RAR-related orphan ...Nuclear receptor RZR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group F member 3 / RAR-related orphan receptor C / Retinoid-related orphan receptor-gamma 分子量: 28307.824 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RORC, NR1F3, RORG, RZRG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P51449
#2: 化合物	ChemComp-KHY / (S)-(4-chloro-2-methoxy-3-{[4-(trifluoromethyl)piperidin-1-yl]methyl}quinolin-6-yl)(1,2-dimethyl-1H-imidazol-5-yl)[2-(trifluoromethyl)pyridin-4-yl]methanol 分子量: 628.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₉H₂₈ClF₆N₅O₂

#1: タンパク質

Nuclear receptor ROR-gamma / Nuclear receptor RZR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group F member 3 / RAR-related orphan ...

分子量: 28307.824 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RORC, NR1F3, RORG, RZRG / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P51449

#2: 化合物

ChemComp-KHY / (S)-(4-chloro-2-methoxy-3-{[4-(trifluoromethyl)piperidin-1-yl]methyl}quinolin-6-yl)(1,2-dimethyl-1H-imidazol-5-yl)[2-(trifluoromethyl)pyridin-4-yl]methanol

分子量: 628.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₉H₂₈ClF₆N₅O₂

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.64 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 1.35M NaFormate, 0.1M Hepes pH7, 3%MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→48.4 Å / Num. obs: 15028 / % possible obs: 99.93 % / 冗長度: 10.3 % / B_iso Wilson estimate: 94.7974713548 Å² / Χ²: 0.819 / Net I/σ(I): 30
反射シェル	解像度: 2.9→2.95 Å / 冗長度: 9.8 % / Num. unique obs: 745

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.90197076582→48.371 Å / SU ML: 0.442928517367 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36452552271 / 位相誤差: 25.614718559
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.234235386697	1512	10.0612190578 %
R_work	0.176010729668	13516	-
obs	0.181943265938	15028	99.9268568389 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 96.6036987379 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.90197076582→48.371 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3552	0	86	0	3638

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00222034817772	3714
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.505300024362	5012
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0338877088635	539
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00170689444614	627
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.7355168746	2254

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.902-2.9956	0.387432075646	140	0.295627569405	1218	X-RAY DIFFRACTION	99.9264164827
2.9956-3.1027	0.352667931511	133	0.256444414159	1231	X-RAY DIFFRACTION	99.8535871157
3.1027-3.2269	0.275839709407	136	0.218635538134	1225	X-RAY DIFFRACTION	99.8532648569
3.2269-3.3737	0.255570046532	134	0.210194858541	1213	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3737-3.5515	0.279281050903	139	0.186190812359	1237	X-RAY DIFFRACTION	99.9273783588
3.5515-3.774	0.265717134392	134	0.182685701472	1216	X-RAY DIFFRACTION	100
3.774-4.0652	0.1981138302	141	0.144482625246	1231	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0652-4.474	0.19619027833	137	0.14757168509	1236	X-RAY DIFFRACTION	100
4.474-5.1208	0.213049690971	135	0.152760498348	1232	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1208-6.4493	0.266933336393	139	0.203115195289	1234	X-RAY DIFFRACTION	100
6.4493-48.3777	0.211527288292	144	0.166775420964	1243	X-RAY DIFFRACTION	99.8560115191

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.50751145863	2.07553618786	2.60156649329	2.20411431239	5.6907893709	2.52986604227	0.13355899778	0.26421234126	0.484676032765	0.745933612154	-0.586189054884	1.58024878503	0.362734304	-0.682305675029	0.675102110987	0.798004087149	-0.148145441175	0.0952543294813	1.04837178339	-0.0589718709552	1.10297223763	101.342765578	-32.2720761592	-4.1050176992
2	3.44024417308	4.01457973557	2.27687934148	2.69267220191	2.1072391917	2.57025098874	0.621200586277	-0.416526685815	0.0736163493654	1.27651445272	-0.699238424907	-0.0435571994411	0.405999914623	-0.193956474348	0.0578855476627	0.84366845864	-0.0330116029182	0.194582362946	0.684566875771	-0.041927158199	0.988453158451	115.821885517	-23.6071674357	8.26039384816
3	8.14009144261	-3.38250613249	1.57314477733	6.7858836083	0.0519540708708	9.08919245363	0.247224885618	-0.85597086099	-0.559823527665	0.475142215446	-0.590316203865	-0.557478777013	1.69254957829	0.186865716311	0.108026362711	0.974611174218	-0.151250403458	0.0830252111532	0.710621091322	-0.039981274173	0.531466422204	111.758983058	-42.1077411592	3.67825558338
4	2.26045188164	1.75446330519	0.797822116275	3.86925577185	1.37702742114	1.28502827998	0.0464514596543	0.155361084725	-0.10169517591	0.0326877383152	-0.163993150462	-0.0703184695248	0.0839040443595	-0.00360978193186	0.0784609656556	0.739022262072	-0.0375689934898	0.120673558669	0.719502104251	0.0791246879437	0.663536712696	113.808792369	-34.83783773	-5.39777082834
5	4.59200942958	-2.32047080677	-6.50535405324	8.9516638527	1.18752105981	9.90728526505	-0.445643516256	0.272056477481	-0.479793572739	-0.0173005313933	-0.118037021369	0.111719395049	0.433976542099	0.774890783819	0.503903102058	0.783152455911	-0.0242357277495	0.0900068356517	0.901985641548	0.000391938316095	0.547425991009	111.548503007	-38.2974365584	-17.1658922105
6	4.78024461664	5.21311161758	5.76833064605	5.62349245364	6.2432969843	6.81468807419	1.06993719729	1.24684633615	-1.73622076231	0.871023737635	0.771871828515	-1.88447205186	0.945708775358	1.75040791125	-2.1825003488	1.16898849205	0.393494074357	0.042383005214	1.91253002859	0.0706486746637	1.3496992162	126.023889952	-34.7441372481	2.79408102994
7	7.73043488028	-7.38738882075	6.09530101322	7.02012968923	-5.88430409572	4.80666229891	-1.24182495096	1.20617291492	2.97304103402	0.014887091951	-0.251517844714	-1.26702122561	-1.6627070107	0.967932798607	1.39634809001	0.846273234713	-0.104745697301	-0.00891763057796	0.857928727488	0.187074119905	1.00139403651	131.717707839	-28.5250841112	37.0864437918
8	4.57171965915	-4.42927034424	-0.598692864014	4.38117411644	-0.089755676004	1.9066730935	0.173894947974	0.488339628903	1.06711177593	-0.191493758454	-0.301338002102	-0.0942533636049	-0.234256257793	0.0482916451165	0.10620128205	0.609090912268	-0.000867752751162	0.0192035427551	0.627100448522	0.0828081148188	0.655895448279	105.179233234	-25.9494900205	26.4118978994
9	9.50740378262	-5.48849991919	0.282666276676	4.98594199426	2.29218390175	4.34152506793	-0.217034178474	0.798531980749	0.571965152493	0.21518917945	0.20606678295	-0.205531599405	1.10908546188	0.915031758962	0.0359284990596	0.752703326483	0.0190103756445	0.0183118964673	1.03068968471	0.177262351409	0.734587012193	120.89569633	-37.3748892619	26.8814502615
10	6.49143769174	-1.49004840773	2.81399919275	0.180610943737	-1.31494583984	2.32240034134	0.0997515062238	-0.184301996919	-0.243290146856	-0.00919863569399	-0.0876129563202	0.286827415928	0.111875837505	-0.0950337438193	0.0101908166819	0.743800097413	0.00327528667476	-0.0227542472207	0.713882689963	0.00415977861182	0.780793048375	114.601975255	-34.8725221112	37.4538951113
11	1.30529089125	1.8510535775	2.64800017694	4.31527955757	5.08313696338	7.95312907541	1.36489080963	0.664066167162	-0.570120363336	-1.11964315067	-0.367999060083	1.38317939501	2.27543577275	2.06482025171	-1.02072887986	2.37301179656	0.251565244028	-0.332140677141	0.827913038937	-0.0649948322943	1.17388852425	109.970776278	-43.9055900785	34.8638781392

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 265 through 301 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 302 through 337 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 338 through 368 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 369 through 456 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 457 through 469 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 470 through 485 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 265 through 282 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 283 through 337 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 338 through 368 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 369 through 465 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 466 through 479 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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