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- PDB-6nab: Crystal structure of prolyl-tRNA synthetase from Naegleria fowler... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nab
タイトルCrystal structure of prolyl-tRNA synthetase from Naegleria fowleri in complex with proline and adenosine monophophsphate (AMP)
要素Prolyl-tRNA synthetase
キーワードLIGASE / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


proline-tRNA ligase / proline-tRNA ligase activity / prolyl-tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA synthetase multienzyme complex / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
C-terminal domain of ProRS / Proline-tRNA ligase, class IIa / Proline-tRNA ligase, class II, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Proline-tRNA ligase, class IIa, archaeal-type / Prolyl-tRNA synthetase, class II / Translation Initiation Factor IF3 / Anticodon-binding domain / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) ...C-terminal domain of ProRS / Proline-tRNA ligase, class IIa / Proline-tRNA ligase, class II, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Proline-tRNA ligase, class IIa, archaeal-type / Prolyl-tRNA synthetase, class II / Translation Initiation Factor IF3 / Anticodon-binding domain / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / PROLINE / proline--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Naegleria fowleri (フォーラーネグレリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of prolyl-tRNA synthetase from Naegleria fowleri in complex with proline and adenosine monophophsphate (AMP)
著者: Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2018年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月15日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prolyl-tRNA synthetase
B: Prolyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,85521
ポリマ－119,0752
非ポリマー1,78019
水14,268792
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8490 Å2
ΔGint6 kcal/mol
Surface area37770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)156.930, 66.100, 112.980
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.030, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 4 through 6 or resid 8...
21(chain B and (resid 4 through 6 or resid 8...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUILEILE(chain A and (resid 4 through 6 or resid 8...AA4 - 612 - 14
12VALVALVALVAL(chain A and (resid 4 through 6 or resid 8...AA8 - 5016 - 58
13LYSLYSPHEPHE(chain A and (resid 4 through 6 or resid 8...AA52 - 5460 - 62
14ASNASNASNASN(chain A and (resid 4 through 6 or resid 8...AA99107
15GLUGLUTYRTYR(chain A and (resid 4 through 6 or resid 8...AA4 - 50512 - 513
16GLUGLUTYRTYR(chain A and (resid 4 through 6 or resid 8...AA4 - 50512 - 513
17GLUGLUTYRTYR(chain A and (resid 4 through 6 or resid 8...AA4 - 50512 - 513
18GLUGLUTYRTYR(chain A and (resid 4 through 6 or resid 8...AA4 - 50512 - 513
19GLUGLUTYRTYR(chain A and (resid 4 through 6 or resid 8...AA4 - 50512 - 513
21GLUGLUILEILE(chain B and (resid 4 through 6 or resid 8...BB4 - 612 - 14
22VALVALVALVAL(chain B and (resid 4 through 6 or resid 8...BB8 - 5016 - 58
23LYSLYSLYSLYS(chain B and (resid 4 through 6 or resid 8...BB5260
24GLUGLUTYRTYR(chain B and (resid 4 through 6 or resid 8...BB4 - 50512 - 513
25GLUGLUTYRTYR(chain B and (resid 4 through 6 or resid 8...BB4 - 50512 - 513
26GLUGLUTYRTYR(chain B and (resid 4 through 6 or resid 8...BB4 - 50512 - 513
27GLUGLUTYRTYR(chain B and (resid 4 through 6 or resid 8...BB4 - 50512 - 513

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Prolyl-tRNA synthetase


分子量: 59537.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Naegleria fowleri (フォーラーネグレリア)
株: ATCC 30863 / プラスミド: NafoA.18681.a.B2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A4V8H034*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 811分子

#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#3: 化合物 ChemComp-PRO / PROLINE / プロリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 115.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO2
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 792 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.99 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Anatrace TOP86 screen, condition D7: 200mM Ammonium sulfate, 30% PEG 8000: NAFOA.18681.a.B2.PW37988 at 22.6mg/ml + 5mM CaCl2: cryo 15% EG: tray 287001 d7: puck XFD3-8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年7月14日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→38.372 Å / Num. obs: 76263 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.671 % / Biso Wilson estimate: 29.581 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rrim(I) all: 0.094 / Χ2: 0.992 / Net I/σ(I): 12.78 / Num. measured all: 279947 / Scaling rejects: 2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2-2.052.8230.4952.2415053565253330.7390.60694.4
2.05-2.113.1870.4153.0517404546754610.8220.49799.9
2.11-2.173.5780.3623.8319209537453680.8790.42699.9
2.17-2.243.8140.2964.9219760518951810.9330.34599.8
2.24-2.313.8160.2575.7419225504850380.9460.29999.8
2.31-2.393.8190.2226.4718436482848270.9580.258100
2.39-2.483.8270.1867.5918192476447540.970.21699.8
2.48-2.583.8220.1519.0417277452745200.9780.17699.8
2.58-2.73.8230.13210.1616553432943300.9830.154100
2.7-2.833.8260.11111.9515962418541720.9870.1399.7
2.83-2.983.8250.09214.1715140396439580.9910.10799.8
2.98-3.163.8130.07316.8214371378237690.9930.08699.7
3.16-3.383.8120.05820.3313328349434960.9960.068100
3.38-3.653.7970.04524.5712487330232890.9970.05399.6
3.65-43.780.03927.9311394302430140.9980.04599.7
4-4.473.7580.03531.2210328276127480.9980.04199.5
4.47-5.163.7550.03233.279103243224240.9980.03899.7
5.16-6.323.7490.03430.777768208120720.9980.0499.6
6.32-8.943.6710.03331.735906161716090.9980.03999.5
8.94-38.3723.390.03135.6830519329000.9980.03696.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_3339)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
SIMBAD位相決定
PHASER位相決定
ARP/wARPモデル構築
Cootモデル構築
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4hvcAB as per MoRDa

解像度: 2→38.372 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1916 1991 2.61 %0
Rwork0.1512 74262 --
obs0.1522 76253 99.4 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 93.63 Å2 / Biso mean: 29.5298 Å2 / Biso min: 9.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→38.372 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7919 0 116 802 8837
Biso mean--30.47 37.01 -
残基数----993
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0078347
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.84311336
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3634991
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0541225
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061473
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4532X-RAY DIFFRACTION4.638TORSIONAL
12B4532X-RAY DIFFRACTION4.638TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.050.26531430.22674973511694
2.05-2.10540.23811340.191853015435100
2.1054-2.16740.24821430.181952785421100
2.1674-2.23730.18991320.167453325464100
2.2373-2.31730.21551420.161252825424100
2.3173-2.41010.21851370.159453315468100
2.4101-2.51970.21181380.159553295467100
2.5197-2.65250.23321370.153653215458100
2.6525-2.81870.21111380.161453185456100
2.8187-3.03620.22431490.155653185467100
3.0362-3.34160.19591450.150453265471100
3.3416-3.82480.15941460.131353415487100
3.8248-4.81740.13851530.116853495502100
4.8174-38.37870.17451540.15255463561799
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.478-0.0674-0.30370.55120.08391.45660.00380.02980.2083-0.0129-0.0369-0.0145-0.0983-0.11150.01740.1336-0.0145-0.0270.0788-0.01440.158257.87610.46121.691
20.7080.02250.00760.637-0.04260.85310.0128-0.08660.05610.0111-0.0239-0.08990.04330.0245-0.00360.14970.0037-0.02910.1141-0.02060.162869.9069.41130.629
32.00761.99952.01142.0092.01222.03240.4239-1.3081.58080.4771-0.56830.5637-0.5704-0.02640.14460.16680.0201-0.02260.2608-0.04680.248956.44616.26533.66
41.51110.4231-0.1511.21370.13521.17140.02670.05650.0951-0.042-0.0660.0373-0.0319-0.15810.03930.0981-0.014-0.02140.1601-0.01230.124142.8640.35718.486
51.36530.21260.17931.16060.16541.46030.0123-0.161-0.0740.1517-0.0636-0.03140.1145-0.13920.05960.133-0.0388-0.00680.1634-0.02280.146640.441-9.32725.692
60.82950.16470.36930.87040.58241.09480.0836-0.3549-0.06370.2051-0.18310.14270.1477-0.28690.09270.2114-0.10120.03590.3029-0.01280.196325.512-14.24425.829
75.25231.1294-0.20768.57333.51732.1356-0.92931.8225-0.1643-0.56740.56120.17730.0350.1050.38380.1721-0.04890.08610.10080.03230.163341.87-2.02811.796
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 4:105 )A4 - 105
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 106:505 )A106 - 505
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 602:602 )A602
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 4:189 )B4 - 189
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 190:334 )B190 - 334
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 335:505 )B335 - 505
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 602:602 )B602

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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