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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6n6x | ||||||
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タイトル | OXA-23 mutant F110A/M221A neutral pH form imipenem complex | ||||||
![]() | Beta-lactamase oxa23 | ||||||
![]() | HYDROLASE / carbapenemase / antibiotic resistance / mutant | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Smith, C.A. / Vakulenko, S.B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Role of the Hydrophobic Bridge in the Carbapenemase Activity of Class D beta-Lactamases. 著者: Stewart, N.K. / Smith, C.A. / Antunes, N.T. / Toth, M. / Vakulenko, S.B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 114.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 87.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 759.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 762.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27085.176 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 35-273 / 変異: F110A/M221A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: ari-1, bla(OXA-23), bla-OXA-23, bla-oxa-23, bla_1, bla_2, bla_3, blaOXA, blaOXA-23, blaOXA23, OXA-23, oxa-23, oxa23, A7M90_19440, AB719_18095, ABUW_0563, AZE33_05050, AZE33_05100, AZE33_ ...遺伝子: ari-1, bla(OXA-23), bla-OXA-23, bla-oxa-23, bla_1, bla_2, bla_3, blaOXA, blaOXA-23, blaOXA23, OXA-23, oxa-23, oxa23, A7M90_19440, AB719_18095, ABUW_0563, AZE33_05050, AZE33_05100, AZE33_05150, AZE33_05250, C7G90_19950, CAS83_19595, CBE85_20255, CBI29_04474, CEJ63_03230, DV997_16620, DVA79_19285, IX87_16825, IX87_21860, LV38_03424, NG19_0098, SAMEA104305208_04008, SAMEA104305242_04084, SAMEA104305271_04290, SAMEA104305299_06196, SAMEA104305318_04148, SAMEA104305341_03854, SAMEA104305343_03919, SAMEA104305351_03822, SAMEA104305385_00775 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-ID1 / |
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.55 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.2 M succinic acid, pH 7.0, 20% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月21日 |
放射 | モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→39.1 Å / Num. obs: 11718 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.8 % / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.189 / Net I/σ(I): 10.8 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.31 Å / Num. unique obs: 2056 / Rpim(I) all: 0.291 / Rrim(I) all: 1.152 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 4JF6 解像度: 3.1→39.098 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.25
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 198.73 Å2 / Biso mean: 95.3963 Å2 / Biso min: 56.67 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.1→39.098 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4 / % reflection obs: 100 %
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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