PDB-6n68: NMR solution structure of Protonectin (Agelaia pallipes pallipes)...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6n68

タイトル

NMR solution structure of Protonectin (Agelaia pallipes pallipes) interacting with SDS micelles: an antimicrobial peptide with anticancer activity on breast cancer cells

要素

Protonectin

キーワード

ANTITUMOR PROTEIN / Anticancer activity / Peptide membrane interaction / Protonectin aggregation surface interaction

機能・相同性

機能・相同性情報

other organism cell membrane / mast cell degranulation / defense response to fungus / chemotaxis / toxin activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / innate immune response / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Agelaia pallipes pallipes (昆虫)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Fadel, V. / Martins, D.B. / Dos Santos Cabrera, M.P.

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: J Colloid Interface Sci / 年: 2021
タイトル: Protonectin peptides target lipids, act at the interface and selectively kill metastatic breast cancer cells while preserving morphological integrity.
著者: Batista Martins, D. / Fadel, V. / Oliveira, F.D. / Gaspar, D. / Alvares, D.S. / Castanho, M.A.R.B. / Dos Santos Cabrera, M.P.

履歴

登録	2018年11月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年6月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年6月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6n68.cif.gz	69.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6n68.ent.gz	48.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6n68.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6n68_validation.pdf.gz	413.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6n68_full_validation.pdf.gz	512.9 KB	表示
XML形式データ	6n68_validation.xml.gz	14.7 KB	表示
CIF形式データ	6n68_validation.cif.gz	15.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n6/6n68 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n6/6n68	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1n6t-d 7jgy-d 1qvk-1 1qvk-d 1ski-d 1ski-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 30544NMR solution structure of Protonectin (Agelaia pallipes pallipes) interacting with SDS micelles: an antimicrobial peptide with anticancer activity on breast cancer cells.

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protonectin

1.21 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 40	target function
代表モデル	モデル #1	target function

#1: タンパク質・ペプチド	Protonectin / Agelaia-chemotactic peptide / Agelaia-CP 分子量: 1209.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Agelaia pallipes pallipes (昆虫) / 参照: UniProt: P69437

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D 1H-1H TOCSY
1	2	1	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY
1	3	1	isotropic	1	2D DQF-COSY

-
試料調製

詳細

タイプ: solution
内容: 1 mM Protonectin, 100 mM Perdeuterated SDS, 90% H2O/10% D2O
Label: PTN-SDS / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
1 mM	Protonectin	natural abundance	1
100 mM	SDS	Perdeuterated	1

試料状態

Ionic strength units: Not defined / Label: condition_1 / pH: 5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian UNITY / 製造業者: Varian / モデル: UNITY / 磁場強度: 600 MHz / 詳細: cryoprobe

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CARA	1.9.1.7	Keller and Wuthrich	データ解析
CANDID		Herrmann, Guntert and Wuthrich	データ解析
CNS		Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	structure calculation
GROMACS		Berendsen, Herman	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 3

代表構造

選択基準: target function

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 20

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-NMR測定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)