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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6n61 | ||||||
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タイトル | Escherichia coli RNA polymerase sigma70-holoenzyme bound to upstream fork promoter DNA and Capistruin | ||||||
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![]() | TRANSFERASE/DNA / Capistruin / Complex / Inhibitor / Lasso peptide / RNA polymerase / TRANSFERASE-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation ...RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription initiation / cell motility / ribonucleoside binding / : / : / : / : / : / : / DNA-directed RNA polymerase / response to heat / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / response to antibiotic / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Braffman, N. / Hauver, J. / Campbell, E.A. / Darst, S.A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural mechanism of transcription inhibition by lasso peptides microcin J25 and capistruin. 著者: Braffman, N.R. / Piscotta, F.J. / Hauver, J. / Campbell, E.A. / Link, A.J. / Darst, S.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 744 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 585 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 557.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 693.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 133.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 176.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 ABCDE
#1: タンパク質 | 分子量: 26459.125 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain (UNP residues 1-234) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | | 分子量: 150820.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rpoB, groN, nitB, rif, ron, stl, stv, tabD, b3987, JW3950 発現宿主: ![]() ![]() #3: タンパク質 | | 分子量: 155576.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #4: タンパク質 | | 分子量: 10092.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 NT
#6: DNA鎖 | 分子量: 8924.757 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
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#7: DNA鎖 | 分子量: 7363.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 FI
#5: タンパク質 | 分子量: 70351.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#8: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2069.280 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 29-47 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 700388 / DSM 13276 / CIP 106301 / E264 / 遺伝子: DR63_3338 / 発現宿主: ![]() ![]() |
-非ポリマー , 5種, 31分子 








#9: 化合物 | ChemComp-EDO / | ||||
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#10: 化合物 | ChemComp-MG / | ||||
#11: 化合物 | #12: 化合物 | ChemComp-EPE / | #13: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.83 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: 0.1 M HEPES, pH 6.8, 0.2 M magnesium chloride, 7% w/v PEG3350, 4% v/v glycerol, 4% v/v ethylene glycol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月13日 |
放射 | モノクロメーター: Cryogenically-cooled single crystal Si(220) side bounce プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97919 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.25→50 Å / Num. obs: 92082 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 20.5 % / CC1/2: 0.996 / Rpim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 15.16 |
反射 シェル | 解像度: 3.25→3.37 Å / 冗長度: 8.3 % / Mean I/σ(I) obs: 0.76 / Num. unique obs: 8850 / CC1/2: 0.102 / Rpim(I) all: 1.385 / % possible all: 98 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 4LJZ 解像度: 3.253→49.445 Å / SU ML: 0.72 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 38.01
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.253→49.445 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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