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- PDB-6n5u: Crystal structure of Arabidopsis thaliana ScoI with copper bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n5u
タイトルCrystal structure of Arabidopsis thaliana ScoI with copper bound
要素Protein SCO1 homolog 1, mitochondrial
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / thioredoxin fold / metal ion / reduced form / metallochaperone / HCC1
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial cytochrome c oxidase assembly / embryo development ending in seed dormancy / mitochondrial inner membrane / copper ion binding / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Copper chaperone SCO1/SenC / SCO1/SenC / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (I) ION / Protein SCO1 homolog 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.66 Å
データ登録者Lisa, M.N. / Giannini, E. / Llases, M.E. / Alzari, P.M. / Vila, A.J.
資金援助 アルゼンチン, 1件
組織認可番号国
National Research Council (NRC, Argentina)PICT-2012-1285 アルゼンチン
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2020
タイトル: Arabidopsis thaliana Hcc1 is a Sco-like metallochaperone for CuAassembly in Cytochrome c Oxidase.
著者: Llases, M.E. / Lisa, M.N. / Morgada, M.N. / Giannini, E. / Alzari, P.M. / Vila, A.J.
履歴
登録2018年11月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年3月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein SCO1 homolog 1, mitochondrial
B: Protein SCO1 homolog 1, mitochondrial
C: Protein SCO1 homolog 1, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4576
ポリマ－58,2673
非ポリマー1913
水1,62190
1
A: Protein SCO1 homolog 1, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4862
ポリマ－19,4221
非ポリマー641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Protein SCO1 homolog 1, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4862
ポリマ－19,4221
非ポリマー641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Protein SCO1 homolog 1, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4862
ポリマ－19,4221
非ポリマー641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.650, 80.440, 72.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.75, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Protein SCO1 homolog 1, mitochondrial / Homolog of the copper chaperone SCO1 member 1 / HCC1


分子量: 19422.207 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: HCC1, SCO1-1, At3g08950, T16O11.9 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Star / 参照: UniProt: Q8VYP0
#2: 化合物 ChemComp-CU1 / COPPER (I) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 100 mM Hepes pH 7.5, 23 % w/v PEG 3350, 10 % v/v Tacsimate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.66→44.75 Å / Num. obs: 17555 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 49.62 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.085 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 2.66→2.79 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.327 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 2355 / CC1/2: 0.932 / Rpim(I) all: 0.24 / Rrim(I) all: 0.408 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GGT

2ggt


解像度: 2.66→44.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.913 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.872 / SU R Cruickshank DPI: 0.753 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.682 / SU Rfree Blow DPI: 0.287 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.295
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 866 4.94 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.19 17534 98.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 54.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--24.8352 Å20 Å213.2413 Å2
2--14.3536 Å20 Å2
3---10.4816 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.38 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.66→44.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3859 0 3 90 3952
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013948HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.145339HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1381SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes658HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3948HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.04
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.12
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion506SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance9HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4492SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.66→2.82 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2884 136 4.78 %
Rwork0.2259 2712 -
all0.229 2848 -
obs--99.58 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.94-1.17831.65545.1872-0.66223.59780.06070.16890.10480.5232-0.2577-0.4905-0.20370.32430.19710.1777-0.0357-0.2045-0.32320.0335-0.139113.78849.824114.1764
21.6872-0.2088-0.1162.7230.1462.7617-0.04350.0168-0.0990.341-0.0267-0.29130.00840.02360.07020.20570.0261-0.214-0.3135-0.0255-0.101410.1865-16.997325.9665
31.6788-0.42950.55272.3764-0.17353.49630.2106-0.03510.0322-0.5152-0.05040.07040.5101-0.0522-0.16020.2974-0.0117-0.1595-0.31990.0066-0.1177-2.3154-3.6359-17.1037
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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