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- PDB-6n36: Beta-lactamase from Chitinophaga pinensis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n36
タイトルBeta-lactamase from Chitinophaga pinensis
要素Beta-lactamase
キーワードLIGASE / beta-lactamase / structural genomics / IDP97256 / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactamase activity / beta-lactamase
類似検索 - 分子機能
Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Chitinophaga pinensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Osipiuk, J. / Tesar, C. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201200026C 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Beta-lactamase from Chitinophaga pinensis
著者: Osipiuk, J. / Tesar, C. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2018年11月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5014
ポリマ－30,3081
非ポリマー1933
水4,071226
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.137, 79.849, 85.488
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase


分子量: 30307.807 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chitinophaga pinensis (バクテリア)
株: ATCC 43595 / DSM 2588 / NCIB 11800 / UQM 2034 / 遺伝子: Cpin_4572 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C7PJE6, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.57 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris:HCl buffer, 0.1 M Tris:HCl pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→42.78 Å / Num. obs: 44676 / % possible obs: 90.5 % / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.086 / Χ2: 1.172 / Net I/av σ(I): 30.2 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.45-1.483.80.4061.919420.9280.1620.4410.54838.8
1.48-1.54.10.41311780.9330.1640.4480.58548.6
1.5-1.534.50.40914640.9420.1620.4440.58960.5
1.53-1.5650.36518270.9490.1410.3940.57874.8
1.56-1.66.20.39621850.9420.1490.4250.57389.1
1.6-1.637.70.38323480.9620.1360.4080.57697.9
1.63-1.678.30.34824480.970.1220.3690.60399.8
1.67-1.7290.30324410.9790.1040.3210.6599.9
1.72-1.779.20.25624270.9830.0870.270.70199.9
1.77-1.838.60.21224550.9890.0740.2250.80499.6
1.83-1.899.90.18124390.9920.0590.190.938100
1.89-1.979.80.15224390.9920.050.161.098100
1.97-2.069.60.13624650.9930.0450.1431.24499.9
2.06-2.179.10.12224510.9940.0410.1291.49999.7
2.17-2.39.60.10724650.9950.0350.1131.59899.8
2.3-2.489.90.09724920.9960.0320.1021.641100
2.48-2.739.60.08824800.9960.0290.0931.677100
2.73-3.129.50.07725030.9970.0250.0811.74199.6
3.12-3.949.60.06725490.9970.0220.0711.652100
3.94-42.788.80.06126780.9970.0220.0651.62799.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データスケーリング
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5aeb

5aeb


解像度: 1.45→42.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 2.886 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.064 / ESU R Free: 0.067
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1852 2238 5 %RANDOM
Rwork0.1561 ---
obs0.1576 42378 90.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 77.47 Å2 / Biso mean: 26.109 Å2 / Biso min: 16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.66 Å20 Å20 Å2
2---0.56 Å20 Å2
3----2.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.45→42.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2086 0 6 226 2318
Biso mean--42.36 38.12 -
残基数----265
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0132227
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172107
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7311.6413025
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4881.5884915
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5575288
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.48423.364107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.63415403
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.566158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2283
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.022491
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02453
LS精密化 シェル解像度: 1.452→1.489 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 68 -
Rwork0.252 1393 -
all-1461 -
obs--40.56 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 12.5762 Å / Origin y: 6.6402 Å / Origin z: 15.9479 Å
111213212223313233
T0.0052 Å20.0001 Å2-0.0038 Å2-0.0569 Å2-0.0005 Å2--0.0449 Å2
L0.2971 °2-0.2447 °20.5071 °2-1.0179 °2-0.9371 °2--2.2687 °2
S-0.0294 Å °0.0002 Å °0.0036 Å °0.0139 Å °0.0249 Å °-0.0733 Å °0.0007 Å °-0.0984 Å °0.0045 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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