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万見
- PDB-6n2m: NMR solution structure of the homodimeric, autoinhibited state of... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n2m
タイトルNMR solution structure of the homodimeric, autoinhibited state of the CARD9 CARD and first coiled-coil
要素Caspase recruitment domain-containing protein 9
キーワードSIGNALING PROTEIN / innate immunity / coiled-coil / autoinhibition
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of interleukin-2 production / host-mediated modulation of intestinal microbiota composition / CBM complex / response to peptidoglycan / antifungal innate immune response / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / CARD domain binding / positive regulation of T-helper 17 type immune response / neutrophil mediated immunity / positive regulation of innate immune response ...regulation of interleukin-2 production / host-mediated modulation of intestinal microbiota composition / CBM complex / response to peptidoglycan / antifungal innate immune response / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / CARD domain binding / positive regulation of T-helper 17 type immune response / neutrophil mediated immunity / positive regulation of innate immune response / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / positive regulation of macrophage cytokine production / response to aldosterone / positive regulation of interleukin-17 production / response to exogenous dsRNA / response to muramyl dipeptide / immunoglobulin mediated immune response / regulation of immune response / stress-activated MAPK cascade / positive regulation of chemokine production / JNK cascade / signaling adaptor activity / positive regulation of cytokine production / positive regulation of JNK cascade / apoptotic signaling pathway / NOD1/2 Signaling Pathway / protein homooligomerization / positive regulation of interleukin-6 production / CLEC7A (Dectin-1) signaling / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of tumor necrosis factor production / regulation of apoptotic process / defense response to virus / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / defense response to Gram-positive bacterium / response to xenobiotic stimulus / protein homodimerization activity / protein-containing complex / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CARD9, CARD domain / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Death-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Caspase recruitment domain-containing protein 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Holliday, M.J. / Fairbrother, W.J. / Dueber, E.C.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structures of autoinhibited and polymerized forms of CARD9 reveal mechanisms of CARD9 and CARD11 activation.
著者: Michael J Holliday / Axel Witt / Alejandro Rodríguez Gama / Benjamin T Walters / Christopher P Arthur / Randal Halfmann / Alexis Rohou / Erin C Dueber / Wayne J Fairbrother /
要旨: CARD9 and CARD11 drive immune cell activation by nucleating Bcl10 polymerization, but are held in an autoinhibited state prior to stimulation. Here, we elucidate the structural basis for this ...CARD9 and CARD11 drive immune cell activation by nucleating Bcl10 polymerization, but are held in an autoinhibited state prior to stimulation. Here, we elucidate the structural basis for this autoinhibition by determining the structure of a region of CARD9 that includes an extensive interface between its caspase recruitment domain (CARD) and coiled-coil domain. We demonstrate, for both CARD9 and CARD11, that disruption of this interface leads to hyperactivation in cells and to the formation of Bcl10-templating filaments in vitro, illuminating the mechanism of action of numerous oncogenic mutations of CARD11. These structural insights enable us to characterize two similar, yet distinct, mechanisms by which autoinhibition is relieved in the course of canonical CARD9 or CARD11 activation. We also dissect the molecular determinants of helical template assembly by solving the structure of the CARD9 filament. Taken together, these findings delineate the structural mechanisms of inhibition and activation within this protein family.
履歴
登録2018年11月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Caspase recruitment domain-containing protein 9
B: Caspase recruitment domain-containing protein 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3644
ポリマ－32,2332
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area2360 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area15320 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Caspase recruitment domain-containing protein 9 / hCARD9


分子量: 16116.458 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 2-142 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CARD9 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9H257
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
113isotropic12D 1H-15N TROSY
122isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
132isotropic12D 1H-13C TROSY aromatic
143isotropic13D HNCA
1121isotropic13D HNCA
153isotropic13D HNCB
1113isotropic13D CBCA(CO)NH
1133isotropic23D CBCA(CO)NH
1103isotropic13D HNCO
193isotropic13D HN(CA)CO
181isotropic13D 1H-15N NOESY
171isotropic13D (H)CC(CO)NH
1142isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1152isotropic13D (H)CCH-COSY
1161isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1172isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1182isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
1191isotropic13D HNCO
1204isotropic13D 1H-13C interNOESY aliphatic
2215anisotropic12D IPAP 1H-15N TROSY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution11 mM [U-13C; U-15N] CARD9_2-142, 1 mM Zinc, 95% H2O/5% D2O13C15N CARD9 2-142 in H2O13C15N_H2O_Sample95% H2O/5% D2O
solution21 mM [U-13C; U-15N] CARD9_2-142, 1 mM Zinc, 100% D2O13C15N CARD9 2-142 in D2O13C15N_D2O_Sample100% D2O
solution31 mM [U-13C; U-15N; U-2H] CARD9_2-142, 1 mM Zinc, 95% H2O/5% D2O2H13C15N CARD9 2-142 in H2O2H13C15N_H2O_Sample95% H2O/5% D2O
solution41 mM [U-13C; U-15N] CARD9_2-142, unlabeled 1 mM CARD9_2-142, 2 mM Zinc, 95% H2O/5% D2O50:50 12C14N:13C15N CARD9 2-142 in H2O50:50_13C15N_Sample95% H2O/5% D2O
filamentous virus51 mM [U-13C; U-15N] CARD9_2-142, 1 mM Zinc, 14 mg/mL filamentous Pf1 bacteriophage, 95% H2O/5% D2O13C15N_RDC_Sample95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMCARD9_2-142[U-13C; U-15N]1
1 mMZincnatural abundance1
1 mMCARD9_2-142[U-13C; U-15N]2
1 mMZincnatural abundance2
1 mMCARD9_2-142[U-13C; U-15N; U-2H]3
1 mMZincnatural abundance3
1 mMCARD9_2-142[U-13C; U-15N]4
1 mMunlabeled CARD9_2-142natural abundance4
2 mMZincnatural abundance4
1 mMCARD9_2-142[U-13C; U-15N]5
1 mMZincnatural abundance5
14 mg/mLfilamentous Pf1 bacteriophagenatural abundance5
試料状態
Conditions-ID詳細イオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
150 mM HEPES, 300 mM NaCl, 0.5 mM TCEP, pH 7.0300 mMCondition_171 atm310 K
250 mM HEPES, 900 mM NaCl, 0.5 mM TCEP, pH 7.0900 mMCondition_271 atm310 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.2Brunger A. T. et.al.精密化
CYANA3.97Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
Analysis2.42CCPNchemical shift assignment
Analysis2.42CCPNpeak picking
CYANA3.97Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
精密化
手法ソフトェア番号
simulated annealing2
simulated annealing1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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