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- PDB-6n2h: Structure of D-ornithine/D-lysine decarboxylase from Salmonella t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n2h
タイトルStructure of D-ornithine/D-lysine decarboxylase from Salmonella typhimurium
要素D-ornithine/D-lysine decarboxylase
キーワードLYASE / Pyridoxal-5'-phosphate / Fold III / decarboxylase / D-amino acid
機能・相同性
機能・相同性情報


D-ornithine/D-lysine decarboxylase / diaminopimelate decarboxylase / diaminopimelate decarboxylase activity / lysine biosynthetic process via diaminopimelate
類似検索 - 分子機能
Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, C-terminal / Pyridoxal-dependent decarboxylase, C-terminal sheet domain / Ornithine/DAP/Arg decarboxylase / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, N-terminal / Pyridoxal-dependent decarboxylase, pyridoxal binding domain / Alanine racemase/group IV decarboxylase, C-terminal / PLP-binding barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / Diaminopimelate decarboxylase / D-ornithine/D-lysine decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Phillips, R.S. / Hoover, T.R.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019
タイトル: Crystal Structure of d-Ornithine/d-Lysine Decarboxylase, a Stereoinverting Decarboxylase: Implications for Substrate Specificity and Stereospecificity of Fold III Decarboxylases.
著者: Phillips, R.S. / Poteh, P. / Krajcovic, D. / Miller, K.A. / Hoover, T.R.
履歴
登録2018年11月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-ornithine/D-lysine decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,9769
ポリマ－54,2911
非ポリマー6858
水8,053447
1
A: D-ornithine/D-lysine decarboxylase
ヘテロ分子

A: D-ornithine/D-lysine decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,95218
ポリマ－108,5822
非ポリマー1,37016
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area11750 Å2
ΔGint14 kcal/mol
Surface area32330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.740, 52.280, 86.700
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 127.600, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 D-ornithine/D-lysine decarboxylase


分子量: 54291.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: DD95_01965 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0D6FAR3, UniProt: Q8ZNC4*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-DIO / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / 1,4-ジオキサン


分子量: 88.105 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 447 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.05 M potassium phosphate, pH 7, 28-30% dioxane

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→46.88 Å / Num. obs: 50643 / % possible obs: 99.94 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 27.18 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.1628 / Rpim(I) all: 0.06693 / Rrim(I) all: 0.1763 / Net I/σ(I): 6.92
反射 シェル解像度: 1.72→1.782 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 2.555 / Mean I/σ(I) obs: 0.83 / Num. unique obs: 5022 / CC1/2: 0.247 / Rpim(I) all: 1.044 / Rrim(I) all: 2.764 / % possible all: 99.82

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QGH

2qgh


解像度: 1.72→46.88 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.38
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1926 2002 3.95 %
Rwork0.1636 --
obs0.1647 50623 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 128.95 Å2 / Biso mean: 35.7397 Å2 / Biso min: 16.91 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.72→46.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3674 0 104 447 4225
Biso mean--87.06 43.48 -
残基数----459
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.72-1.7630.43271380.368634233561
1.763-1.81060.34951390.336834973636
1.8106-1.86390.32031440.296834193563
1.8639-1.92410.2741360.244234593595
1.9241-1.99280.25271500.209634413591
1.9928-2.07260.22171390.193334633602
2.0726-2.1670.20511440.179734543598
2.167-2.28120.21141420.151834523594
2.2812-2.42410.19741430.149934803623
2.4241-2.61130.1881420.146834733615
2.6113-2.8740.20231510.152234813632
2.874-3.28980.17791410.144634843625
3.2898-4.14440.18231390.128635123651
4.1444-46.90140.1421540.151635833737
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1072-0.09930.34443.57510.41742.10240.0137-0.29710.070.2505-0.09220.1064-0.0931-0.31850.0650.24610.01470.02450.3083-0.01280.158922.06346.751555.1967
20.3580.00220.26120.3911-0.10871.36540.0233-0.009-0.0732-0.03310.01430.03490.084-0.1165-0.03150.2229-0.0152-0.00290.2346-0.00980.250420.034-3.510625.8561
32.8370.45080.88125.63630.58572.72490.13620.20170.2284-0.0578-0.2084-0.0722-0.15990.05450.05220.21070.03690.04470.28840.01350.189326.25355.41947.2121
42.0455-0.41940.75540.99030.2583.10650.0188-0.0370.1172-0.0651-0.02560.034-0.4472-0.22430.06370.24340.03770.02190.27320.01290.23716.690610.963813.1601
51.36540.06991.23530.90251.02395.4682-0.1287-0.08210.1627-0.0633-0.00150.0147-0.7117-0.17260.31450.32460.0531-0.00580.2481-0.00490.287718.49614.813931.1895
62.1846-0.3252.44680.2276-0.27244.0161-0.0575-0.01330.0650.00140.02310.0121-0.1787-0.11330.05940.20060.01080.03480.1997-0.00920.224920.17668.730233.8514
72.97170.5140.64751.27650.17021.8871-0.0183-0.10130.2530.0753-0.0152-0.1166-0.36620.11790.03040.2565-0.006-0.00820.1739-0.02050.220437.130112.794652.3731
80.8603-0.2087-0.01890.88180.38121.07780.0154-0.08670.00270.01430.0051-0.0331-0.0301-0.01-0.01830.2036-0.01230.00660.20050.01820.201736.19770.524245.753
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 47 )A1 - 47
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 48 through 146 )A48 - 146
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 147 through 206 )A147 - 206
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 207 through 247 )A207 - 247
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 248 through 283 )A248 - 283
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 284 through 331 )A284 - 331
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 332 through 377 )A332 - 377
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 378 through 466 )A378 - 466

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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