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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6n21 | ||||||
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タイトル | Structure of wild-type CAO1 | ||||||
要素 | Carotenoid oxygenase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / dioxygenase / non-heme iron protein / beta-propeller | ||||||
機能・相同性 | Carotenoid oxygenase / Retinal pigment epithelial membrane protein / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / metal ion binding / : / Carotenoid oxygenase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Neurospora crassa (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.04 Å | ||||||
データ登録者 | Khadka, N. / Kiser, P.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019 タイトル: Evidence for distinct rate-limiting steps in the cleavage of alkenes by carotenoid cleavage dioxygenases. 著者: Khadka, N. / Farquhar, E.R. / Hill, H.E. / Shi, W. / von Lintig, J. / Kiser, P.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6n21.cif.gz | 421.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6n21.ent.gz | 339.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6n21.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/6n21 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/6n21 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 30 - 526 / Label seq-ID: 30 - 526
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 59497.934 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neurospora crassa (菌類) / 遺伝子: GE21DRAFT_6499 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0B0DIC8 #2: 化合物 | ChemComp-FE2 / #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.01 % |
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結晶化 | 温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 28 % sodium polyacrylate 0.1 M HEPES pH 6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.04→50 Å / Num. obs: 168673 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 10.4 % / CC1/2: 0.998 / Rsym value: 0.139 / Net I/σ(I): 13.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.04→2.16 Å / Num. unique obs: 24186 / CC1/2: 0.492 / Rsym value: 1.681 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 5U8X 解像度: 2.04→49.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 5.057 / SU ML: 0.124 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.162 / ESU R Free: 0.143 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.772 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.04→49.41 Å
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拘束条件 |
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