PDB-6n1f: Crystal structure of Oxidoreductase, 2OG-Fe(II) oxygenase family,...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6n1f

タイトル

Crystal structure of Oxidoreductase, 2OG-Fe(II) oxygenase family, from Burkholderia pseudomallei

要素

Oxidoreductase, 2OG-Fe(II) oxygenase family

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile. / dioxygenase activity / metal ion binding / : / Oxidoreductase, 2OG-Fe(II) oxygenase family

機能・相同性情報

生物種

Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of Oxidoreductase, 2OG-Fe(II) oxygenase family, from Burkholderia pseudomallei
著者: Abendroth, J. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2018年11月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年12月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb6n1f.ent.gz	294.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	6n1f_full_validation.pdf.gz	468.1 KB	表示
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CIF形式データ	6n1f_validation.cif.gz	49.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n1/6n1f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n1/6n1f	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	5w8c-d 4u9w-4 4kdc-d 5w8e-d 4d1w-d 2p6w-d 2cxx-1 6avy-2 2i62-3 2p73-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
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TargetTrack: SSGCID-BupsA.17629.a

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Oxidoreductase, 2OG-Fe(II) oxygenase family

B: Oxidoreductase, 2OG-Fe(II) oxygenase family

C: Oxidoreductase, 2OG-Fe(II) oxygenase family

D: Oxidoreductase, 2OG-Fe(II) oxygenase family

ヘテロ分子

109 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Oxidoreductase, 2OG-Fe(II) oxygenase family

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
27.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Oxidoreductase, 2OG-Fe(II) oxygenase family

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
27.1 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Oxidoreductase, 2OG-Fe(II) oxygenase family

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
27.1 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Oxidoreductase, 2OG-Fe(II) oxygenase family

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
27.1 kDa, 1 ポリマー
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5

A: Oxidoreductase, 2OG-Fe(II) oxygenase family

B: Oxidoreductase, 2OG-Fe(II) oxygenase family

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
54.3 kDa, 2 ポリマー
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6

C: Oxidoreductase, 2OG-Fe(II) oxygenase family

ヘテロ分子

D: Oxidoreductase, 2OG-Fe(II) oxygenase family

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
54.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	47.030, 54.990, 112.100
Angle α, β, γ (deg.)	77.660, 87.030, 64.730
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Oxidoreductase, 2OG-Fe(II) oxygenase family 分子量: 27057.086 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌) 株: 1710b / 遺伝子: BURPS1710b_A2398 / プラスミド: BupsA.17629.a.A1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q3JFV4
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 442 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.9 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Hampton Research PACT screen F12: 200mM sodium malonate dibasic, 20% PEG 3350, 100mM BisTris propane/HCl pH 6.5: BupsA.17629.a.A1.PD38303 at 10.9mg/ml: cryo: 20% EG: tray 299888F12: puck WTM5-3

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年11月1日

放射

モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97856 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.05→27.351 Å / Num. obs: 59902 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 3.814 % / B_iso Wilson estimate: 34.439 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.07 / R_rim(I) all: 0.081 / Χ²: 1 / Net I/σ(I): 11.64 / Num. measured all: 228439 / Scaling rejects: 59

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.05-2.1	3.339	0.345	3.17	4015	0.912	0.413	87.5
2.1-2.16	3.533	0.304	3.76	4345	0.927	0.36	96.9
2.16-2.22	3.93	0.252	4.96	4250	0.955	0.292	97.2
2.22-2.29	3.957	0.209	5.92	4112	0.967	0.242	96.8
2.29-2.37	3.951	0.182	6.54	4025	0.978	0.21	98.1
2.37-2.45	3.939	0.155	7.59	3821	0.982	0.18	97.6
2.45-2.54	3.928	0.138	8.36	3781	0.985	0.16	97.1
2.54-2.65	3.918	0.118	9.6	3593	0.987	0.137	97.5
2.65-2.76	3.906	0.096	11.27	3479	0.991	0.112	97.7
2.76-2.9	3.894	0.088	12.16	3289	0.993	0.102	97.5
2.9-3.06	3.882	0.071	14.6	3134	0.995	0.083	97.5
3.06-3.24	3.834	0.062	17.1	2979	0.995	0.072	97.6
3.24-3.47	3.863	0.054	19.37	2762	0.995	0.063	97.3
3.47-3.74	3.853	0.049	20.62	2598	0.997	0.057	97.9
3.74-4.1	3.808	0.049	21.82	2360	0.996	0.057	96.6
4.1-4.58	3.801	0.047	23.15	2167	0.996	0.054	96.7
4.58-5.29	3.736	0.047	22.97	1862	0.996	0.055	96.6
5.29-6.48	3.682	0.052	21.88	1543	0.995	0.06	94.4
6.48-9.17	3.577	0.051	22.23	1193	0.995	0.06	92.2
9.17-27.351	3.419	0.051	22.66	594	0.996	0.06	86.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	(dev_3304)	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
PHASER		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.05→27.351 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 27.51

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2416	2024	3.38 %	0
R_work	0.2078	-	-	-
obs	0.209	59870	96.31 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 100.83 Å² / B_iso mean: 36.0431 Å² / B_iso min: 5.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.05→27.351 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6467	0	6	445	6918
B_iso mean	-	-	39.82	37.47	-
残基数	-	-	-	-	832

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	6626
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.859	8993
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.274	3935
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	978
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1206

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.05-2.1013	0.2981	126	0.2632	3718	3844	87
2.1013-2.1581	0.28	146	0.2576	4179	4325	97
2.1581-2.2215	0.2949	134	0.2473	4174	4308	97
2.2215-2.2932	0.3101	149	0.2382	4166	4315	97
2.2932-2.3751	0.3051	161	0.2446	4185	4346	98
2.3751-2.4702	0.2913	130	0.2373	4208	4338	98
2.4702-2.5825	0.2819	149	0.242	4153	4302	98
2.5825-2.7185	0.2888	164	0.2395	4182	4346	98
2.7185-2.8887	0.2886	154	0.2424	4189	4343	98
2.8887-3.1114	0.272	127	0.2211	4202	4329	97
3.1114-3.424	0.2489	129	0.2055	4202	4331	97
3.424-3.9183	0.2171	192	0.1858	4142	4334	97
3.9183-4.9319	0.1692	124	0.1541	4143	4267	97
4.9319-27.353	0.176	139	0.1904	4003	4142	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.9399	2.1422	0.5748	8.3683	1.9192	4.2165	-0.1726	-0.2562	0.2533	0.1112	0.0795	0.4452	-0.1093	0.2293	0.1167	0.2111	0.0055	0.0107	0.2351	-0.0289	0.229	-1.6259	10.353	41.9165
2	2.4969	1.0271	-0.2504	3.2267	0.9242	3.2399	-0.0451	0.1607	-0.0291	0.3896	-0.0847	0.2917	0.1241	-0.0921	0.1035	0.2249	-0.0067	-0.0082	0.1041	-0.0185	0.2541	-14.2922	3.4171	43.9761
3	2.436	1.0018	-0.0054	5.7106	-2.0327	2.4991	-0.0717	-0.1504	0.2487	1.3852	0.0053	1.0528	-0.066	-0.3038	0.0245	0.4756	-0.0233	0.2338	0.3048	-0.0907	0.6345	-27.0527	14.3226	55.8109
4	1.1816	-0.6389	-0.0738	3.9207	0.4142	1.6884	-0.017	-0.1599	0.0883	0.8068	-0.1156	0.2242	0.279	-0.1115	0.1347	0.4539	-0.0723	0.0422	0.2332	-0.0179	0.2597	-17.5211	5.4981	55.5291
5	6.7435	1.9177	0.4244	5.0869	2.3967	2.9023	-0.2794	0.6216	0.5922	-0.3646	-0.0385	0.0021	-0.1671	-0.2268	0.167	0.2622	-0.0157	-0.0652	0.2541	-0.0367	0.2399	-15.5714	13.0715	44.3902
6	2.115	0.8156	-1.9102	4.0285	0.9479	2.4769	0.1983	-0.4728	-0.2358	0.4206	-0.096	-0.5399	-0.0383	0.2532	0.0268	0.2162	-0.0314	-0.1361	0.2104	0.023	0.2423	-5.7079	15.3311	46.9608
7	3.3824	0.4212	-0.4155	3.9259	0.5656	2.0871	0.002	-0.6717	0.2203	1.2221	-0.1749	0.0446	0.0374	0.3912	0.0827	0.3615	-0.0745	-0.0943	0.2989	0.0053	0.2191	-7.7245	13.052	53.3925
8	3.3513	-1.2825	1.2801	4.9849	-0.6321	3.2469	-0.0519	-0.2637	0.0096	0.7539	0.0223	0.0673	0.1829	-0.4911	0.0613	0.3021	-0.0437	0.0315	0.2017	-0.0492	0.2706	-16.392	11.2744	55.7205
9	1.7671	0.6182	0.0684	6.3716	-1.2417	3.4296	0.0896	0.0388	-0.4198	-0.0894	0.1683	-0.0251	-0.0172	-0.1415	-0.1242	0.1872	-0.0156	-0.0064	0.1453	-0.0046	0.2788	-16.8916	-21.9106	41.8178
10	1.707	-1.1049	0.5488	2.6609	-2.05	2.4596	-0.08	0.0339	-0.0001	0.0014	0.0222	0.0176	-0.0358	-0.1051	0.0313	0.1738	-0.0145	-0.0337	0.1732	-0.0348	0.1985	-12.921	-11.4797	33.522
11	2.1532	-0.5126	-0.0498	2.7929	0.0438	2.9364	0.0968	0.4967	-0.0786	-0.3709	-0.1312	-0.208	0.3045	0.1956	-0.0137	0.2014	0.0076	0.0069	0.3209	-0.034	0.2407	-5.4755	-13.0532	21.3362
12	3.4735	1.4912	-0.6679	3.3697	-0.7915	2.0022	-0.0898	-0.0191	-0.362	-0.3005	-0.0459	-0.3721	0.3623	0.0818	0.1311	0.2627	0.0624	0.0284	0.3363	-0.095	0.2509	-6.7897	-22.0734	24.7419
13	3.8119	0.6868	-0.2966	4.3926	-0.6531	3.4629	0.0265	0.34	-0.3586	-0.2624	-0.1048	0.1416	0.4523	-0.1781	0.0312	0.187	-0.0234	-0.0043	0.2172	-0.0723	0.2249	-15.1358	-23.7106	31.2582
14	2.203	-0.0861	-0.0303	2.1241	-0.5831	3.5126	-0.0872	0.0806	0.2455	-0.267	-0.1054	-0.2016	0.3634	0.1884	0.1426	0.2337	0.0357	0.0251	0.2537	-0.0097	0.2103	-6.7353	-19.5085	24.4347
15	2.0652	-0.8028	0.4152	3.1062	0.503	1.6879	-0.0287	0.2	0.0944	-0.1989	0.0169	-0.3365	-0.0224	0.0589	0.0091	0.2078	0.0085	0.0683	0.1806	0.0106	0.2907	18.8826	-4.4766	87.2359
16	6.304	-1.03	1.8631	0.1936	-0.4027	0.9129	0.2084	-0.1677	-0.1066	-0.5729	-0.2249	0.5094	-0.3839	-0.6682	0.0498	0.2212	0.0167	-0.0408	0.3151	-0.0929	0.4243	-4.0157	-1.3564	87.3809
17	2.6794	-1.3827	1.3356	8.1633	-1.4642	3.1103	0.2113	-0.1021	-0.3634	-0.9406	-0.4721	1.1476	0.4066	-0.39	0.167	0.4434	-0.0321	-0.079	0.4077	-0.0969	0.5415	-4.8339	-15.6314	77.4441
18	1.551	0.4738	0.2294	3.8151	0.2816	1.3257	0.0327	0.177	-0.0761	-0.8119	-0.1374	-0.0162	-0.1995	-0.138	0.1501	0.444	0.0609	0.0072	0.225	-0.0097	0.2322	5.4625	-3.7715	74.5521
19	2.2148	-0.5495	1.6116	7.4119	-0.1739	1.3435	-0.0643	-0.2627	-0.2828	0.4022	-0.0704	0.1438	0.1696	-0.2995	0.0765	0.2615	-0.0315	0.0897	0.2372	-0.0408	0.2391	7.9231	-10.9677	85.9288
20	2.3543	-0.7492	2.3006	5.3687	0.9024	2.8536	-0.1113	0.444	0.1808	-0.3692	0.1891	-0.3824	0.2848	0.453	0.0232	0.2125	-0.0156	0.0977	0.2144	0.0165	0.2108	18.0628	-13.709	83.3557
21	5.8821	0.1043	1.1931	6.9786	0.8729	3.695	0.1309	0.0904	-0.2709	-0.4189	-0.1779	-0.1704	0.161	-0.0257	0.0489	0.2063	0.0131	0.0316	0.1385	-0.0188	0.1999	11.198	-15.1936	82.0941
22	4.9358	1.9045	-0.9399	4.8877	0.1926	4.3661	-0.0964	0.7401	-0.0551	-1.288	-0.1236	0.0844	-0.5932	-0.1426	0.1297	0.5196	0.076	-0.0177	0.2543	-0.0436	0.2892	8.3031	-3.0949	68.545
23	3.4222	-3.8779	-2.2092	5.5102	2.9922	4.0738	0.1701	0.027	0.61	-0.0114	0.0976	-0.5644	-0.1039	0.007	-0.2632	0.2798	0.0519	0.0387	0.1876	0.0408	0.3895	-17.0033	-25.6558	88.9104
24	1.3926	1.211	-0.5246	2.0651	-0.9773	2.6953	-0.096	-0.0237	0.0668	-0.0875	0.0697	-0.0787	0.1665	-0.059	0.0718	0.1651	0.0356	0.0515	0.1805	-0.0212	0.263	-13.0441	-36.726	97.5713
25	1.6891	0.1861	-0.7907	2.0894	-0.1366	3.4277	-0.1017	-0.5226	0.0777	0.3358	-0.0373	-0.2487	-0.1789	0.4951	0.1593	0.1973	0.009	-0.0501	0.3134	-0.0366	0.2852	-6.4076	-33.7404	109.7281
26	1.4987	0.2997	-0.0482	2.0554	-0.6187	1.8036	0.2238	0.2409	0.2883	0.2548	-0.102	-0.5515	-0.2436	0.4306	-0.0106	0.1257	-0.044	-0.0087	0.4071	-0.0225	0.3323	-2.6698	-32.2969	104.1102
27	5.0444	1.1192	-1.52	4.3182	-0.5781	4.2038	-0.1835	-0.0722	0.1331	-0.056	0.2264	-0.0673	-0.3163	0.2279	-0.0117	0.2857	-0.0237	-0.019	0.3496	-0.1187	0.3125	-17.4004	-20.1712	109.3374
28	1.3774	0.5909	1.6446	2.3908	0.4482	2.0012	-0.1668	-0.6574	1.0929	0.2266	-0.0338	0.0033	-0.4975	0.533	-0.0181	0.2114	-0.0831	-0.0269	0.391	-0.0751	0.4851	-3.7538	-26.1894	102.9782
29	1.5527	-1.8642	1.1979	3.4441	-0.036	2.5937	0.0104	-0.3115	0.186	0.1041	-0.0241	0.2355	-0.1651	-0.0832	0.0156	0.1375	0.0073	0.0218	0.2324	-0.0363	0.3009	-18.648	-24.3736	98.866
30	4.2555	-0.0721	-1.6535	3.6029	-0.1095	3.606	0.0256	-0.3383	0.15	0.3516	-0.085	0.2797	-0.3764	-0.4312	0.045	0.1982	0.0498	0.0115	0.2626	-0.0223	0.1986	-16.4484	-24.0131	103.0844
31	4.9177	0.5399	1.3994	1.8731	0.3143	1.4475	0.2147	-0.3002	0.4956	0.2073	-0.2859	-0.4977	-0.5165	0.7075	0.0674	0.2382	-0.1579	-0.0403	0.4391	0.005	0.5128	0.976	-28.7742	105.6471

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 16 )	A	3 - 16
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 17 through 50 )	A	17 - 50
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 51 through 76 )	A	51 - 76
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 77 through 144 )	A	77 - 144
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 145 through 159 )	A	145 - 159
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 160 through 178 )	A	160 - 178
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 179 through 190 )	A	179 - 190
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 191 through 216 )	A	191 - 216
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 3 through 16 )	B	3 - 16
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 17 through 50 )	B	17 - 50
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 51 through 109 )	B	51 - 109
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 110 through 144 )	B	110 - 144
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 145 through 192 )	B	145 - 192
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 193 through 214 )	B	193 - 214
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 3 through 37 )	C	3 - 37
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 38 through 50 )	C	38 - 50
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 51 through 71 )	C	51 - 71
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 72 through 144 )	C	72 - 144
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 145 through 159 )	C	145 - 159
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 160 through 178 )	C	160 - 178
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 179 through 199 )	C	179 - 199
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 200 through 215 )	C	200 - 215
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 3 through 16 )	D	3 - 16
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 17 through 50 )	D	17 - 50
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 51 through 109 )	D	51 - 109
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 110 through 124 )	D	110 - 124
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 125 through 135 )	D	125 - 135
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 136 through 150 )	D	136 - 150
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 151 through 178 )	D	151 - 178
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 179 through 199 )	D	179 - 199
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 200 through 215 )	D	200 - 215

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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