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万見
- PDB-6myl: The Prp8 intein-cisplatin complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6myl
タイトルThe Prp8 intein-cisplatin complex
要素Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
キーワードhydrolase/hydrolase inhibitor / Prp8 / intein / cisplatin / HYDROLASE / hydrolase-hydrolase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / U5 snRNA binding / U6 snRNA binding / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / metallopeptidase activity
類似検索 - 分子機能
Hint domain superfamily / PROCT domain / Prp8 RNase domain IV, fingers region / PROCT (NUC072) domain / PRO8NT domain / PROCN domain / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U6-snRNA-binding / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U5-snRNA-binding / RNA recognition motif, spliceosomal PrP8 / PRP8 domain IV core ...Hint domain superfamily / PROCT domain / Prp8 RNase domain IV, fingers region / PROCT (NUC072) domain / PRO8NT domain / PROCN domain / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U6-snRNA-binding / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U5-snRNA-binding / RNA recognition motif, spliceosomal PrP8 / PRP8 domain IV core / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U5-snRNA-binding domain superfamily / Prp8 RNase domain IV, palm region / PRO8NT (NUC069), PrP8 N-terminal domain / PROCN (NUC071) domain / U6-snRNA interacting domain of PrP8 / U5-snRNA binding site 2 of PrP8 / RNA recognition motif of the spliceosomal PrP8 / PRP8 domain IV core / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
類似検索 - 構成要素
生物種Cryptococcus gattii serotype B (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 3.06 Å
データ登録者Li, Z. / Li, H.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM39422 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM44844 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI140726-01A1 米国
引用ジャーナル: Emerg Microbes Infect / 年: 2019
タイトル: Cisplatin protects mice from challenge ofCryptococcus neoformansby targeting the Prp8 intein.
著者: Li, Z. / Fu, B. / Green, C.M. / Liu, B. / Zhang, J. / Lang, Y. / Chaturvedi, S. / Belfort, M. / Liao, G. / Li, H.
履歴
登録2018年11月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年5月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
B: Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
C: Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,09812
ポリマ－73,3423
非ポリマー1,7569
水00
1
A: Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0334
ポリマ－24,4471
非ポリマー5853
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0334
ポリマ－24,4471
非ポリマー5853
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0334
ポリマ－24,4471
非ポリマー5853
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.853, 74.853, 191.886
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 through 22 or resid 24...
21(chain B and (resid 1 through 22 or resid 24...
31(chain C and (resid 1 through 22 or resid 24...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11CYSCYSGLNGLN(chain A and (resid 1 through 22 or resid 24...AA1 - 2244 - 65
12GLYGLYASPASP(chain A and (resid 1 through 22 or resid 24...AA24 - 5367 - 96
13LEULEUGLUGLU(chain A and (resid 1 through 22 or resid 24...AA55 - 7198 - 114
14GLUGLUGLUGLU(chain A and (resid 1 through 22 or resid 24...AA108 - 144151 - 187
15PROPROASNASN(chain A and (resid 1 through 22 or resid 24...AA146 - 170189 - 213
21CYSCYSGLNGLN(chain B and (resid 1 through 22 or resid 24...BB1 - 2244 - 65
22GLYGLYASPASP(chain B and (resid 1 through 22 or resid 24...BB24 - 5367 - 96
23LEULEUGLUGLU(chain B and (resid 1 through 22 or resid 24...BB55 - 7198 - 114
24GLUGLUGLUGLU(chain B and (resid 1 through 22 or resid 24...BB108 - 144151 - 187
25PROPROASNASN(chain B and (resid 1 through 22 or resid 24...BB146 - 170189 - 213
31CYSCYSGLNGLN(chain C and (resid 1 through 22 or resid 24...CC1 - 2244 - 65
32GLYGLYASPASP(chain C and (resid 1 through 22 or resid 24...CC24 - 5367 - 96
33LEULEUGLUGLU(chain C and (resid 1 through 22 or resid 24...CC55 - 7198 - 114
34GLUGLUGLUGLU(chain C and (resid 1 through 22 or resid 24...CC108 - 144151 - 187
35PROPROASNASN(chain C and (resid 1 through 22 or resid 24...CC146 - 170189 - 213

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要素

#1: タンパク質 Pre-mRNA-processing-splicing factor 8


分子量: 24447.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cryptococcus gattii serotype B (菌類)
株: R265 / 遺伝子: CNBG_0411 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A095EAP2
#2: 化合物
ChemComp-PT / PLATINUM (II) ION


分子量: 195.078 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pt / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.87 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.5 M SODIUM CITRATE, 0.1M HEPES, PH 7.5, 10 MM DTT, 2% ISOPROPANOL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.07147 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07147 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.05→100 Å / Num. obs: 18509 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.11 / Χ2: 4.229 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.05-3.125.60.9546020.7020.4251.0481.39593.8
3.12-3.25.60.6886380.7810.3060.7561.44494.7
3.2-3.295.60.5476170.8760.2440.6011.51193.3
3.29-3.385.50.4556280.9070.2020.51.72795.3
3.38-3.495.50.3486450.930.1560.3831.66594.3
3.49-3.625.50.2786350.9590.1260.3061.94196.8
3.62-3.765.40.1986460.970.090.2182.48796.9
3.76-3.935.30.1626720.9820.0750.1792.57798.4
3.93-4.145.40.1236810.9890.0570.1363.03599.9
4.14-4.45.80.0996740.9910.0440.1083.20399.9
4.4-4.746.20.0816960.9950.0350.0893.359100
4.74-5.226.60.0776880.9960.0320.0843.809100
5.22-5.976.70.0867000.9950.0350.0934.839100
5.97-7.526.70.0867200.9960.0350.0938.5199.6
7.52-35.56.10.0757650.9970.0310.08115.94995.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 6MWY

6mwy


解像度: 3.06→35.545 Å / SU ML: 0.55 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.28
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2975 1874 10.12 %
Rwork0.2426 --
obs0.2481 18509 94.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 314.69 Å2 / Biso mean: 97.4695 Å2 / Biso min: 54.69 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.06→35.545 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3444 0 9 0 3453
Biso mean--237.32 --
残基数----420
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1167X-RAY DIFFRACTION8.615TORSIONAL
12B1167X-RAY DIFFRACTION8.615TORSIONAL
13C1167X-RAY DIFFRACTION8.615TORSIONAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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