PDB-6myg: Mouse Gamma S Crystallin L16 Octamer

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6myg

タイトル

Mouse Gamma S Crystallin L16 Octamer

要素

Gamma-crystallin S

キーワード

PROTEIN BINDING / Octamer Domain-swap Oxidation Disorder

機能・相同性

機能・相同性情報

structural constituent of eye lens / lens development in camera-type eye / morphogenesis of an epithelium
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.919 Å

データ登録者

Sagar, V. / Wistow, G.J.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Disulfides, domain swaps and disorder in a gamma-crystallin: A model for mechanisms of aggregation in globular proteins.
著者: Sagar, V. / Wistow, G.J.

履歴

登録	2018年11月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年11月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6myg.cif.gz	287.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6myg.ent.gz	236.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6myg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6myg_validation.pdf.gz	457.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6myg_full_validation.pdf.gz	490 KB	表示
XML形式データ	6myg_validation.xml.gz	30.2 KB	表示
CIF形式データ	6myg_validation.cif.gz	40.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/6myg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/6myg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6myh-1 4tlz-d 7byx-d 7a7b-1 5mk1-d 5axn-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (5)

登録構造単位

B: Gamma-crystallin S

A: Gamma-crystallin S

C: Gamma-crystallin S

D: Gamma-crystallin S

83.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Gamma-crystallin S

A: Gamma-crystallin S

C: Gamma-crystallin S

D: Gamma-crystallin S

B: Gamma-crystallin S

A: Gamma-crystallin S

C: Gamma-crystallin S

D: Gamma-crystallin S

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
167 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.095, 77.591, 154.052
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-207- HOH
2	1	A-208- HOH
3	1	D-208- HOH
4	1	D-209- HOH
5	1	D-210- HOH

#1: タンパク質	Gamma-crystallin S / Beta-crystallin S / Gamma-S-crystallin 分子量: 20863.498 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Crygs / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O35486
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.21 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.15 M Sodium acetate pH 5.0, 22% PEG MME 550, 8% PEG 300

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 16343 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 10 % / R_sym value: 0.158 / Net I/σ(I): 25
反射シェル	解像度: 2.9→2.95 Å / Num. unique all: 800 / R_sym value: 0.55

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

解像度: 2.919→48.001 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 31.72

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2836	850	5.21 %
R_work	0.2046	-	-
obs	0.209	16307	98.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.919→48.001 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5408	0	0	37	5445

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	5627
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.125	7638
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.235	3281
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	762
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1012

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9187-3.1016	0.3594	121	0.2673	2435	X-RAY DIFFRACTION	95
3.1016-3.341	0.3409	144	0.2154	2555	X-RAY DIFFRACTION	100
3.341-3.6771	0.2475	131	0.1846	2582	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6771-4.2089	0.2561	142	0.1811	2574	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2089-5.3017	0.234	148	0.1769	2590	X-RAY DIFFRACTION	98
5.3017-48.0073	0.3277	164	0.236	2721	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.4821	-3.0631	0.4861	5.9254	0.0425	7.854	0.3203	-0.4833	0.99	0.363	0.0936	-0.27	-0.2225	-0.0244	-0.417	0.6554	-0.1108	0.0953	0.5814	-0.0678	0.5445	16.7581	-21.4452	-37.1955
2	7.7946	-0.8721	-0.8926	8.9445	-3.1866	5.1613	-0.06	0.4484	0.3835	-0.8807	-0.0652	-0.3004	-0.6757	-0.1182	0.2045	1.0253	-0.1005	-0.0615	0.5759	0.0099	0.3522	-12.9181	-19.3116	-72.1077
3	6.6182	2.9375	-0.6455	5.295	-6.7653	7.3972	0.1544	0.1226	0.1169	-0.1226	-0.3313	-0.4984	-0.3621	0.1392	0.2047	1.0023	0.0202	0.0698	0.6356	-0.093	0.6257	18.7365	-6.9376	-57.4616
4	4.6173	1.5514	1.001	8.0775	-0.8631	6.3816	-0.2997	0.7726	0.0453	-0.8891	0.5861	0.1412	0.3704	0.1338	-0.2013	0.6607	-0.0798	-0.0119	0.6538	0.0659	0.3458	-15.4616	-39.0174	-56.9271
5	7.8653	2.6672	1.7896	8.5093	1.1013	7.8958	0.0996	0.0761	0.9106	0.2396	0.156	0.3663	-0.6922	-0.0899	-0.2553	0.6843	0.0595	0.1353	0.5065	0.0272	0.5345	-14.2964	-19.0637	-39.4262
6	8.0704	1.3113	-1.5769	5.0803	4.9982	9.0605	-0.025	-1.0256	0.6746	0.6272	-0.4898	0.5306	-1.1915	0.2259	0.5196	1.71	-0.0892	-0.0679	1.0393	-0.1762	0.8118	14.2626	-21.1038	-5.1115
7	7.2205	-0.5697	-2.0314	9.4218	2.4306	4.8192	-0.2169	-1.3902	-0.2412	1.6661	0.3422	-0.5263	0.2951	0.104	-0.1657	0.9875	0.0039	-0.1564	0.8464	0.0168	0.4057	15.2158	-40.8976	-19.9558
8	9.2414	-1.7402	-2.2321	9.3895	5.7584	6.0598	0.2074	-0.3006	1.144	1.9341	0.6446	-0.6266	-0.5908	0.2446	-0.9228	1.852	0.0659	0.157	0.8704	-0.0714	0.9765	-14.5018	-5.7984	-18.9512

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and ((resseq 4:85))
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and ((resseq 93:177))
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and ((resseq 93:177))
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and ((resseq 4:85))
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and ((resseq 4:85))
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and ((resseq 93:177))
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'D' and ((resseq 4:85))
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and ((resseq 93:177))

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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