PDB-6my1: Solution structure of gomesin at 278 K

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6my1

タイトル

Solution structure of gomesin at 278 K

要素

gomesin

キーワード

TOXIN / Peptides / Beta hairpin motif

機能・相同性

defense response to fungus / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / innate immune response / extracellular region / Gomesin

機能・相同性情報

生物種

Acanthoscurria gomesiana (クモ)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Chin, Y.K.-Y. / Deplazes, E.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2020
タイトル: The unusual conformation of cross-strand disulfide bonds is critical to the stability of beta-hairpin peptides.
著者: Deplazes, E. / Chin, Y.K. / King, G.F. / Mancera, R.L.

履歴

登録	2018年10月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 2.0	2020年2月5日	Group: Database references / Polymer sequence / カテゴリ: citation / citation_author / entity_poly Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can
改定 2.1	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6my1.cif.gz	104.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6my1.ent.gz	71.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6my1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6my1_validation.pdf.gz	424.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6my1_full_validation.pdf.gz	502.3 KB	表示
XML形式データ	6my1_validation.xml.gz	8.7 KB	表示
CIF形式データ	6my1_validation.cif.gz	12.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/6my1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/6my1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6my2C 6my3C 1kfp C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6cj8-d 6cop-d 6o8j-d 2m2g-d 6pi2-d 6pip-d 2m2y-d 2omq-d 2mdb-d 2mza-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 30534Solution structure of gomesin at 278 K

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: gomesin

2.28 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 200	structures with the lowest energy and best stereochemical properties as judged by Molprobity
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	gomesin 分子量: 2279.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Acanthoscurria gomesiana (クモ) / 参照: UniProt: P82358*PLUS

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	isotropic	1	2D 1H-13C HSQC
1	3	1	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY
1	4	1	isotropic	1	2D 1H-1H TOCSY

-
試料調製

詳細

タイプ: solution / 内容: 1.4 mM Gomesin, 5 % D2O, 95% H2O/5% D2O / Label: 1 / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
1.4 mM	Gomesin	natural abundance	1
5 %	D2O	natural abundance	1

試料状態

イオン強度: 0 Not defined / Label: Condition1 / pH: 3.5 / 圧: 1 atm / 温度: 278 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	精密化
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	structure calculation
CcpNMR	CCPN	chemical shift assignment
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	chemical shift assignment
CcpNMR	CCPN	peak picking
TopSpin	Bruker Biospin	解析
TopSpin	Bruker Biospin	collection
TALOS	Cornilescu, Delaglio and Bax (TALOSn)	geometry optimization

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy and best stereochemical properties as judged by Molprobity
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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