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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6mvz | ||||||
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タイトル | Mle-Phe-Mle-Phe. Linear precursor of pseudoxylallemycin A. | ||||||
要素 | Linear precursor of pseudoxylallemycin A | ||||||
キーワード | ANTIBIOTIC (抗生物質) / tetrapeptide (テトラペプチド) / N-methyl leucine / linear precursor of pseudoxylallemycin A | ||||||
機能・相同性 | Linear precursor of pseudoxylallemycin A / トリフルオロ酢酸 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Xylaria (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 0.83 Å | ||||||
データ登録者 | Cameron, A.J. / Harris, P.W.R. / Brimble, M.A. / Squire, C.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Org.Biomol.Chem. / 年: 2019 タイトル: Investigations of the key macrolactamisation step in the synthesis of cyclic tetrapeptide pseudoxylallemycin A. 著者: Cameron, A.J. / Squire, C.J. / Gerenton, A. / Stubbing, L.A. / Harris, P.W.R. / Brimble, M.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6mvz.cif.gz | 9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6mvz.ent.gz | 5.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6mvz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mv/6mvz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mv/6mvz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6mw0C 6mw1C 6mw2C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | |
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#2: 化合物 | ChemComp-TFA / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 24.86 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: ethanol, water |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.71075 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.71075 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 0.83→23.44 Å / Num. obs: 4332 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 14.3 % / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rpim(I) all: 0.033 / Net I/σ(I): 22.9 |
反射 シェル | 解像度: 0.83→0.85 Å / 冗長度: 11.9 % / Rmerge(I) obs: 0.127 / Mean I/σ(I) obs: 16.5 / Num. unique obs: 253 / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.038 / % possible all: 83.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 0.83→23.44 Å / 交差検証法: NONE 詳細: full least squares refinement using SHELXL, anisotropic atoms, riding hydrogens.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 0.83→23.44 Å
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