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万見
- PDB-6mvd: Crystal structure of Lecithin:cholesterol acyltransferase (LCAT) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mvd
タイトルCrystal structure of Lecithin:cholesterol acyltransferase (LCAT) in complex with isopropyl dodec-11-enylfluorophosphonate (IDFP) and a small molecule activator
要素Phosphatidylcholine-sterol acyltransferase
キーワードtransferase/transferase inhibitor / LCAT / acyltransferase / cholesterol / activator / TRANSFERASE / transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidylcholine-sterol O-acyltransferase / phosphatidylcholine-sterol O-acyltransferase activity / regulation of high-density lipoprotein particle assembly / platelet-activating factor acetyltransferase activity / sterol ester esterase activity / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase activity / apolipoprotein A-I binding / phospholipase A2 activity / phosphatidylcholine metabolic process ...phosphatidylcholine-sterol O-acyltransferase / phosphatidylcholine-sterol O-acyltransferase activity / regulation of high-density lipoprotein particle assembly / platelet-activating factor acetyltransferase activity / sterol ester esterase activity / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase activity / apolipoprotein A-I binding / phospholipase A2 activity / phosphatidylcholine metabolic process / phosphatidylcholine biosynthetic process / aflatoxin metabolic process / very-low-density lipoprotein particle remodeling / high-density lipoprotein particle remodeling / reverse cholesterol transport / lipoprotein biosynthetic process / cholesterol transport / high-density lipoprotein particle / HDL remodeling / response to copper ion / cholesterol metabolic process / phospholipid metabolic process / response to glucocorticoid / cholesterol homeostasis / lipid metabolic process / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Lecithin:cholesterol/phospholipid:diacylglycerol acyltransferase / Lecithin:cholesterol acyltransferase / Lipases, serine active site. / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-H94 / propan-2-yl hydrogen (R)-ethylphosphonate / NICKEL (II) ION / Phosphatidylcholine-sterol acyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Manthei, K.A. / Chang, L. / Tesmer, J.J.G.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL122416 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL131288 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Molecular basis for activation of lecithin:cholesterol acyltransferase by a compound that increases HDL cholesterol.
著者: Manthei, K.A. / Yang, S.M. / Baljinnyam, B. / Chang, L. / Glukhova, A. / Yuan, W. / Freeman, L.A. / Maloney, D.J. / Schwendeman, A. / Remaley, A.T. / Jadhav, A. / Tesmer, J.J.
履歴
登録2018年10月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2018年12月5日ID: 6DTJ
改定 1.02018年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylcholine-sterol acyltransferase
B: Phosphatidylcholine-sterol acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,37618
ポリマ－87,3812
非ポリマー2,99416
水36020
1
A: Phosphatidylcholine-sterol acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,42411
ポリマ－43,6911
非ポリマー1,73310
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Phosphatidylcholine-sterol acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9527
ポリマ－43,6911
非ポリマー1,2616
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.697, 106.377, 117.823
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 125.45, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 7分子 AB

#1: タンパク質 Phosphatidylcholine-sterol acyltransferase / Lecithin-cholesterol acyltransferase / Phospholipid-cholesterol acyltransferase


分子量: 43690.727 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LCAT / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P04180, phosphatidylcholine-sterol O-acyltransferase
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 31分子

#3: 化合物 ChemComp-H9A / propan-2-yl hydrogen (R)-ethylphosphonate / エチルホスホン酸イソプロピル


分子量: 152.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H13O3P
#4: 化合物 ChemComp-H94 / 6-{4-[(4R)-4-hydroxy-6-oxo-4-(trifluoromethyl)-4,5,6,7-tetrahydro-2H-pyrazolo[3,4-b]pyridin-3-yl]piperidin-1-yl}-4-(trifluoromethyl)pyridine-3-carbonitrile


分子量: 474.360 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H16F6N6O2
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.25 M lithium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, and 16% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→30 Å / Num. obs: 24440 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 3.1→3.15 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.27 / Num. unique obs: 1235 / CC1/2: 0.55 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TXF

5txf


解像度: 3.1→28.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 43.267 / SU ML: 0.341 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.435 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23932 1145 5.3 %RANDOM
Rwork0.19252 ---
obs0.19508 20413 87.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 70.341 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.42 Å20 Å2-0.23 Å2
2--1.1 Å20 Å2
3----0.18 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.1→28.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5978 0 183 20 6181
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0146358
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175501
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3311.6928705
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8221.64912869
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2155740
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.73521.763329
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.68615948
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.0871538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0560.2786
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.027046
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021252
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2465.8952972
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2465.8952971
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.7848.8353708
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.7838.8353709
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1376.1463386
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.1316.1363376
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.6649.1214979
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.29470.9267334
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.29270.9397333
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.423 57 -
Rwork0.312 944 -
obs--55.21 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7527-0.2195-0.14830.34260.38240.47070.0256-0.0269-0.0697-0.0026-0.07220.054-0.0221-0.02270.04660.073-0.01570.04870.19590.0210.0543112.5353-2.4908114.6773
22.2058-1.0640.87580.6833-0.50830.46560.18020.0592-0.0109-0.0476-0.1340.00310.0056-0.0329-0.04620.05860.04720.01930.20070.04620.014277.961721.1487121.3825
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A21 - 505
2X-RAY DIFFRACTION2B21 - 501

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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