PDB-6muk: 1.93 Angstrom Resolution Crystal Structure of Peptidase M23 from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6muk

タイトル

1.93 Angstrom Resolution Crystal Structure of Peptidase M23 from Neisseria gonorrhoeae.

要素

Peptidase M23

キーワード

HYDROLASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Peptidase M23

機能・相同性

Peptidase M23 / Peptidase family M23 / Duplicated hybrid motif / Peptidase M23

機能・相同性情報

生物種

Neisseria gonorrhoeae (淋菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.93 Å

データ登録者

Minasov, G. / Shuvalova, L. / Pshenychnyi, S. / Satchell, K.J.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: 1.93 Angstrom Resolution Crystal Structure of Peptidase M23 from Neisseria gonorrhoeae.
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Pshenychnyi, S. / Satchell, K.J.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2018年10月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2018年10月31日	ID: 6MOC
改定 1.0	2018年10月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6muk.cif.gz	165.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6muk.ent.gz	129.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6muk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6muk_validation.pdf.gz	425.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6muk_full_validation.pdf.gz	429.1 KB	表示
XML形式データ	6muk_validation.xml.gz	17.2 KB	表示
CIF形式データ	6muk_validation.cif.gz	25.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mu/6muk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mu/6muk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3sluS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1ni2-1 2gr2-d 4h4t-d 4h4r-d 4h4q-d 3ahs-d 3p6w-d 2gqw-d 2d10-1 6tuk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SCGID-IDP95460

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Peptidase M23

ヘテロ分子

43.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.964, 66.964, 181.584
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Peptidase M23 分子量: 43199.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / 株: ATCC 700825 / FA 1090 / 遺伝子: NGO_1686 / プラスミド: pET28a 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 株 (発現宿主): BL21.Gold / 参照: UniProt: Q5F676
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.7 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: Protein: 13.0 mg/ml, 0.5M Sodium chloride, 0.01M Tris-HCl pH 8.3; Screen: Classics II (C2), 1.1M Ammonium tartrate pH 7.0; Cryo: 4M Sodium formate.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年8月16日 / 詳細: C(111)
放射	モノクロメーター: Be / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.93→30 Å / Num. obs: 32097 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 36.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.049 / R_pim(I) all: 0.02 / R_rim(I) all: 0.053 / R_sym value: 0.049 / Χ²: 1.01 / Net I/σ(I): 38.7
反射シェル	解像度: 1.93→1.96 Å / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.841 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 1574 / CC_1/2: 0.864 / R_pim(I) all: 0.33 / R_rim(I) all: 0.904 / R_sym value: 0.841 / Χ²: 1.001 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3SLU

3slu

解像度: 1.93→29.95 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 7.967 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.148 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23554	1606	5 %	RANDOM
R_work	0.18849	-	-	-
obs	0.19079	30417	99.95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.127 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.52 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.52 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.93→29.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2760	0	1	222	2983

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	2931
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2720
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.388	1.638	3971
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.408	1.579	6266
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.78	5	381
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	26.818	20.366	164
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.056	15	464
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.608	15	29
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.056	0.2	365
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.053	0.02	3417
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.047	0.02	678
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.863	2.928	1515
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.859	2.927	1514
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.887	4.372	1899
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.887	4.373	1900
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.239	3.166	1416
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.235	3.166	1416
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.566	4.627	2073
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.113	34.611	3211
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.098	34.165	3172
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.93→1.98 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.285	121	-
R_work	0.28	2190	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.9757	0.9061	-0.2765	5.0595	1.0735	6.9125	-0.0182	0.2409	-0.0988	0.2992	-0.0837	0.6775	-0.0385	-0.7436	0.1019	0.069	-0.0324	0.1091	0.1222	-0.08	0.2271	-19.084	-39.9194	17.4308
2	1.7178	0.2595	-0.3182	1.5281	-0.3265	1.9074	-0.1412	0.1992	0.0351	0.0479	0.0205	0.08	0.0447	-0.0549	0.1207	0.0563	-0.0508	-0.0328	0.0919	0.0046	0.0644	-1.7592	-24.8434	13.6195
3	0.7445	0.4314	-1.1601	2.0202	-3.4313	6.4747	-0.1454	0.0288	0.0289	0.2002	-0.1303	-0.2008	-0.1567	0.4733	0.2757	0.1359	-0.0263	-0.0544	0.2663	0.0263	0.1489	16.8428	-21.7489	23.4979
4	5.4606	3.0881	4.5374	2.0221	3.0802	4.7312	0.1045	0.2215	-0.973	0.3343	0.281	-0.3122	0.6136	0.4985	-0.3855	0.5619	0.0797	0.0773	0.3736	0.0245	0.4983	5.4083	-40.3259	19.6691
5	0.5109	-0.0268	0.4873	0.8603	-1.4501	3.6974	-0.125	0.1203	-0.0572	0.1137	0.0193	-0.0511	-0.0604	0.1334	0.1056	0.1212	-0.0137	0.0027	0.0418	0.0033	0.0601	8.7643	-25.7965	28.3032

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	61 - 121
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	122 - 241
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	242 - 274
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	275 - 295
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	296 - 427

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