PDB-6mtz: Crystal structure of an uncharacterized protein from Helicobacter...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6mtz

タイトル

Crystal structure of an uncharacterized protein from Helicobacter pylori G27

要素

HepC.19480.a.B1

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / SSGCID / Structural Genomics / Helicobacter pylori / uncharacterized protein / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

DHH phosphoesterase superfamily / IODIDE ION / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Helicobacter pylori (ピロリ菌)

手法

X線回折 /

単波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of an uncharacterized protein from Helicobacter pylori G27
著者: Abendroth, J. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2018年10月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年12月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6mtz.cif.gz	293.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6mtz.ent.gz	235.4 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	6mtz_full_validation.pdf.gz	453.1 KB	表示
XML形式データ	6mtz_validation.xml.gz	29.4 KB	表示
CIF形式データ	6mtz_validation.cif.gz	42.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mt/6mtz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mt/6mtz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3js6-d 4n0l-1 6tn0-d 4v25-d 4lu1-d 5q1k-d 2z5t-d 5q6p-d 5q60-d 2aq1-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-HepyC.19480.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: HepC.19480.a.B1

B: HepC.19480.a.B1

ヘテロ分子

86.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: HepC.19480.a.B1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
43.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: HepC.19480.a.B1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.730, 66.740, 200.470
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	HepC.19480.a.B1 分子量: 41183.301 Da / 分子数: 2 / 断片: HepyC.19480.a.B11 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Helicobacter pylori (strain G27) (ピロリ菌) 株: G27 / 遺伝子: HPG27_386 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B5Z6F2
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	... ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 313 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.2 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Microlytic MCSG1 screen, F3: 200mM Ammonium citrate dibasic pH 5, 20% PEG3350: HepyC.18480.a.B11.PW38477 at 31.62mg/ml. For phasing, a crysta was incubated for 10sec each in reservoir 10% 2. ...詳細: Microlytic MCSG1 screen, F3: 200mM Ammonium citrate dibasic pH 5, 20% PEG3350: HepyC.18480.a.B11.PW38477 at 31.62mg/ml. For phasing, a crysta was incubated for 10sec each in reservoir 10% 2.5M NaI in EG and 20% 2.5M NaI in EG (500mM final NaI concentration), and directly vitrified. Tray 301766f3, puck OVZ1-5

結晶

マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.2 %

結晶化

温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Microlytic MCSG1 screen, F3: 200mM Ammonium citrate dibasic pH 5, 20% PEG3350: HepyC.18480.a.B11.PW38477 at 31.62mg/ml. For phasing, a crysta was incubated for 10sec each in reservoir 10% 2. ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2018年9月14日

放射

モノクロメーター: RIGAKU VARIMAX / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.15→44.943 Å / Num. obs: 45317 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.491 % / B_iso Wilson estimate: 39.517 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.097 / R_rim(I) all: 0.101 / Χ²: 1.002 / Net I/σ(I): 17.92

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.15-2.21	8.285	0.606	3.49	3281	0.846	0.647	100
2.21-2.27	10.805	0.521	4.71	3204	0.903	0.547	100
2.27-2.33	13.98	0.437	6.4	3142	0.955	0.453	100
2.33-2.4	14.407	0.377	7.42	3039	0.968	0.39	100
2.4-2.48	14.418	0.351	7.93	2948	0.971	0.364	100
2.48-2.57	14.445	0.289	9.45	2882	0.981	0.299	100
2.57-2.67	14.439	0.241	11.24	2763	0.985	0.25	100
2.67-2.78	14.467	0.189	14.07	2653	0.992	0.196	100
2.78-2.9	14.43	0.16	16.3	2572	0.994	0.166	100
2.9-3.04	14.388	0.135	18.83	2440	0.995	0.14	100
3.04-3.21	14.362	0.104	23.61	2342	0.997	0.108	100
3.21-3.4	14.249	0.089	27.41	2216	0.998	0.092	100
3.4-3.63	14.16	0.074	31.66	2081	0.998	0.077	100
3.63-3.93	14.015	0.066	34.59	1979	0.999	0.069	100
3.93-4.3	13.955	0.06	37.63	1800	0.999	0.062	99.9
4.3-4.81	13.847	0.058	38.26	1646	0.999	0.06	100
4.81-5.55	13.775	0.062	35.61	1479	0.999	0.064	99.9
5.55-6.8	13.321	0.069	33.09	1254	0.998	0.072	100
6.8-9.62	12.834	0.053	37.21	1002	0.999	0.055	99.8
9.62-44.943	11.719	0.049	39.48	594	0.999	0.051	97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
PHASER		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.15→44.943 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.53

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2279	2002	4.42 %	0
R_work	0.1754	-	-	-
obs	0.1777	45246	99.98 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 218.14 Å² / B_iso mean: 43.7096 Å² / B_iso min: 14.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.15→44.943 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5387	0	62	316	5765
B_iso mean	-	-	56.81	41.99	-
残基数	-	-	-	-	691

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	5540
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.753	7509
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.941	3259
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	827
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	986

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
2.1501-2.2038	0.307	144	0.2111	3015	3159
2.2038-2.2634	0.2881	128	0.2023	3056	3184
2.2634-2.33	0.2783	124	0.1914	3050	3174
2.33-2.4052	0.232	156	0.1827	3035	3191
2.4052-2.4912	0.2702	142	0.1914	3047	3189
2.4912-2.5909	0.2624	131	0.1918	3073	3204
2.5909-2.7088	0.2622	128	0.1863	3050	3178
2.7088-2.8516	0.2351	129	0.188	3093	3222
2.8516-3.0302	0.2446	130	0.1987	3120	3250
3.0302-3.2641	0.2252	163	0.184	3030	3193
3.2641-3.5925	0.2125	172	0.1717	3102	3274
3.5925-4.112	0.2135	138	0.1448	3121	3259
4.112-5.1795	0.1768	166	0.1417	3132	3298
5.1795-44.9525	0.2376	151	0.193	3320	3471

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8593	-0.4882	0.3805	2.8108	0.1994	2.1369	0.0909	0.1542	0.2213	-0.4094	-0.2296	0.4563	-0.5576	-0.547	0.0986	0.3305	0.0971	-0.0626	0.3459	-0.0565	0.2849	48.8129	26.3539	37.5442
2	0.8095	0.0203	-0.3537	2.1136	0.716	1.7105	0.0017	-0.0543	0.0902	-0.0259	0.0543	-0.018	-0.1432	0.0541	-0.0442	0.1702	-0.0108	0.0061	0.1723	0.0133	0.144	62.3624	14.6537	40.5219
3	2.8125	1.1551	0.4382	4.6409	1.3725	4.5918	0.0404	0.1566	-0.3621	-0.4165	-0.0174	0.198	0.2898	-0.2562	-0.004	0.3263	0.0188	-0.0938	0.3582	0.0359	0.35	46.3704	3.6012	13.8881
4	2.7619	0.2268	-1.0967	3.4315	-0.9674	3.7316	-0.1077	0.5015	0.1541	-0.1035	-0.1055	-0.1751	-0.2344	0.2839	0.1791	0.2916	-0.0552	-0.0278	0.3142	0.0579	0.186	81.2525	2.4794	5.8605
5	2.9307	0.6442	-0.5574	3.0301	-0.8354	2.7998	-0.1795	1.0898	0.0263	-0.6043	0.1556	0.0628	0.1515	0.0658	0.1039	0.4085	-0.0732	-0.0109	0.5568	-0.009	0.2747	78.3701	-3.0677	-2.6405
6	2.1116	0.826	0.2588	2.1992	1.0066	2.4693	-0.1333	0.0146	-0.0477	-0.1975	0.043	-0.0368	0.1359	0.0988	0.0687	0.1979	0.0308	0.0262	0.1676	0.0435	0.2211	76.3721	-2.1584	23.4614
7	2.1333	0.2473	-0.9241	7.7993	-0.3642	6.529	0.0049	0.0026	0.9407	0.0332	0.1294	-0.1297	-0.5868	0.1016	-0.0791	0.3335	-0.023	-0.0619	0.3059	0.0549	0.5889	86.1482	25.7734	20.9134
8	2.7651	0.2688	0.1706	4.4008	0.5742	3.8134	0.0033	0.2163	1.0909	-0.0343	0.1026	0.7251	-0.8821	-0.3931	-0.1587	0.7301	0.1157	0.0379	0.4867	0.1477	0.8534	81.0424	31.7966	15.414

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 96 )	A	0 - 96
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 97 through 245 )	A	97 - 245
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 246 through 347 )	A	246 - 347
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 0 through 51 )	B	0 - 51
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 52 through 133 )	B	52 - 133
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 134 through 245 )	B	134 - 245
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 246 through 291 )	B	246 - 291
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 292 through 346 )	B	292 - 346

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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