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- PDB-6mtv: Crystal structure of human Scribble PDZ1:MCC complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mtv
タイトルCrystal structure of human Scribble PDZ1:MCC complex
要素
  • Colorectal mutant cancer protein
  • Protein scribble homolog
キーワードCELL ADHESION (細胞接着) / Cell Polarity / MCC / PDZ domain (PDZドメイン)
機能・相同性
機能・相同性情報


extrinsic component of postsynaptic density membrane / neurotransmitter receptor transport postsynaptic membrane to endosome / establishment of T cell polarity / apoptotic process involved in morphogenesis / establishment of apical/basal cell polarity / cochlear nucleus development / synaptic vesicle targeting / Scrib-APC-beta-catenin complex / astrocyte cell migration / polarized epithelial cell differentiation ...extrinsic component of postsynaptic density membrane / neurotransmitter receptor transport postsynaptic membrane to endosome / establishment of T cell polarity / apoptotic process involved in morphogenesis / establishment of apical/basal cell polarity / cochlear nucleus development / synaptic vesicle targeting / Scrib-APC-beta-catenin complex / astrocyte cell migration / polarized epithelial cell differentiation / negative regulation of epithelial cell migration / myelin sheath abaxonal region / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / protein localization to adherens junction / cell-cell contact zone / mammary gland duct morphogenesis / post-anal tail morphogenesis / activation of GTPase activity / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / auditory receptor cell stereocilium organization / RND2 GTPase cycle / RND3 GTPase cycle / positive regulation of receptor recycling / positive chemotaxis / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / receptor clustering / negative regulation of activated T cell proliferation / CDC42 GTPase cycle / synaptic vesicle endocytosis / 免疫シナプス / negative regulation of mitotic cell cycle / signaling adaptor activity / Asymmetric localization of PCP proteins / neural tube closure / 接着結合 / wound healing / establishment of protein localization / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / Wntシグナル経路 / 細胞接着 / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / negative regulation of epithelial cell proliferation / positive regulation of type II interferon production / cell-cell junction / 遊走 / presynapse / 細胞結合 / lamellipodium / signaling receptor activity / basolateral plasma membrane / cell population proliferation / postsynaptic density / cadherin binding / positive regulation of apoptotic process / glutamatergic synapse / シグナル伝達 / extracellular exosome / 核質 / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Harmonin-binding protein USHBP1, PDZ-binding domain / Harmonin-binding protein USHBP1-like / Harmonin-binding protein USHBP1, PDZ-binding domain / Leucine-rich repeats, bacterial type / ロイシンリッチリピート / ロイシンリッチリピート / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / PDZドメイン ...Harmonin-binding protein USHBP1, PDZ-binding domain / Harmonin-binding protein USHBP1-like / Harmonin-binding protein USHBP1, PDZ-binding domain / Leucine-rich repeats, bacterial type / ロイシンリッチリピート / ロイシンリッチリピート / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / PDZドメイン / ロイシンリッチリピート / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZドメイン / PDZ superfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Colorectal mutant cancer protein / Protein scribble homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.597 Å
データ登録者Caria, S. / Stewart, B.Z. / Humbert, P.O. / Kvansakul, M.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1103871 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)FT130101349 オーストラリア
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2019
タイトル: Structural analysis of phosphorylation-associated interactions of human MCC with Scribble PDZ domains.
著者: Caria, S. / Stewart, B.Z. / Jin, R. / Smith, B.J. / Humbert, P.O. / Kvansakul, M.
履歴
登録2018年10月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_audit_support
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月29日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein scribble homolog
B: Protein scribble homolog
D: Colorectal mutant cancer protein
E: Colorectal mutant cancer protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1649
ポリマ－26,6744
非ポリマー4905
水23413
1
A: Protein scribble homolog
D: Colorectal mutant cancer protein
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
  • 13.6 kDa, 2 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6355
ポリマ－13,3372
非ポリマー2983
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Protein scribble homolog
E: Colorectal mutant cancer protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5294
ポリマ－13,3372
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.403, 55.559, 61.775
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.12, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121

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要素

#1: タンパク質 Protein scribble homolog / hScrib / Protein LAP4


分子量: 12437.953 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 700-816 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SCRIB, CRIB1, KIAA0147, LAP4, SCRB1, VARTUL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14160
#2: タンパク質・ペプチド Colorectal mutant cancer protein


分子量: 898.937 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 822-829 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P23508*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.51 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: polyethylene glycol 1000, lithium sulfate monohydrate, phosphate/citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月2日
放射モノクロメーター: Double-crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→39.253 Å / Num. obs: 5477 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 23.59 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 2.59→2.71 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.976 / Mean I/σ(I) obs: 0.553 / Num. unique obs: 617 / CC1/2: 0.553 / Rpim(I) all: 0.975 / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260)精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5VWI

5vwi


解像度: 2.597→39.253 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2657 296 5.57 %
Rwork0.2484 --
obs0.2494 5314 97.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.597→39.253 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1535 0 27 13 1575
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031567
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5262105
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.57933
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047237
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002278
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5969-3.27160.31661480.28582478X-RAY DIFFRACTION97
3.2716-39.25770.25271480.23752540X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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