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万見
- PDB-6ms8: Crystal Structure of Chalcone Isomerase from Medicago Truncatula ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ms8
タイトルCrystal Structure of Chalcone Isomerase from Medicago Truncatula Complexed with (2S) Naringenin
要素Chalcone-flavonone isomerase family protein
キーワードplant protein / isomerase / chalcone isomerase / naringenin / flavanone
機能・相同性
機能・相同性情報


chalcone isomerase activity / flavonoid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Chalcone--flavonone isomerase / Chalcone-flavanone isomerase / Chalcone isomerase, orthogonal bundle domain superfamily / Chalcone isomerase, 3-layer sandwich / 10k-s Protein, Hypothetical Protein A; Chain A - #20 / Chalcone isomerase - #10 / Chalcone isomerase / Chalcone isomerase superfamily / Chalcone isomerase / 10k-s Protein, Hypothetical Protein A; Chain A ...Chalcone--flavonone isomerase / Chalcone-flavanone isomerase / Chalcone isomerase, orthogonal bundle domain superfamily / Chalcone isomerase, 3-layer sandwich / 10k-s Protein, Hypothetical Protein A; Chain A - #20 / Chalcone isomerase - #10 / Chalcone isomerase / Chalcone isomerase superfamily / Chalcone isomerase / 10k-s Protein, Hypothetical Protein A; Chain A / 3-Layer(bba) Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NARINGENIN / Chalcone-flavonone isomerase family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Medicago truncatula (タルウマゴヤシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Burke, J.R. / La Clair, J.J. / Philippe, R.N. / Pabis, A. / Jez, J.M. / Cortina, G. / Kaltenbach, M. / Bowman, M.E. / Woods, K.B. / Nelson, A.T. ...Burke, J.R. / La Clair, J.J. / Philippe, R.N. / Pabis, A. / Jez, J.M. / Cortina, G. / Kaltenbach, M. / Bowman, M.E. / Woods, K.B. / Nelson, A.T. / Tawfik, D.S. / Kamerlin, S.C.L. / Noel, J.P.
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2019
タイトル: Bifunctional Substrate Activation via an Arginine Residue Drives Catalysis in Chalcone Isomerases
著者: Burke, J.R. / La Clair, J.J. / Philippe, R.N. / Pabis, A. / Jez, J.M. / Cortina, G. / Kaltenbach, M. / Bowman, M.E. / Woods, K.B. / Nelson, A.T. / Tawfik, D.S. / Kamerlin, S.C.L. / Noel, J.P.
履歴
登録2018年10月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chalcone-flavonone isomerase family protein
B: Chalcone-flavonone isomerase family protein
C: Chalcone-flavonone isomerase family protein
D: Chalcone-flavonone isomerase family protein
E: Chalcone-flavonone isomerase family protein
F: Chalcone-flavonone isomerase family protein
G: Chalcone-flavonone isomerase family protein
H: Chalcone-flavonone isomerase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,26413
ポリマ－194,9038
非ポリマー1,3615
水8,899494
1
A: Chalcone-flavonone isomerase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6352
ポリマ－24,3631
非ポリマー2721
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Chalcone-flavonone isomerase family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3631
ポリマ－24,3631
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Chalcone-flavonone isomerase family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3631
ポリマ－24,3631
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Chalcone-flavonone isomerase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6352
ポリマ－24,3631
非ポリマー2721
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Chalcone-flavonone isomerase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6352
ポリマ－24,3631
非ポリマー2721
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Chalcone-flavonone isomerase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6352
ポリマ－24,3631
非ポリマー2721
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: Chalcone-flavonone isomerase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6352
ポリマ－24,3631
非ポリマー2721
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: Chalcone-flavonone isomerase family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3631
ポリマ－24,3631
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.090, 85.090, 221.508
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

-
要素

#1: タンパク質
Chalcone-flavonone isomerase family protein


分子量: 24362.865 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Medicago truncatula (タルウマゴヤシ)
遺伝子: 11445536, MTR_1g115870 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B7FJK3
#2: 化合物
ChemComp-NAR / NARINGENIN / ナリンゲニン


分子量: 272.253 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H12O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 494 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.22 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 30% (v/v) PEG1K, 100 mM Tris (pH 8.5) and 50 mM sodium malonate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→73.69 Å / Num. obs: 139011 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Num. unique obs: 6378 / Rpim(I) all: 0.3 / % possible all: 90.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.9→61.351 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2407 2044 1.47 %
Rwork0.2281 --
obs0.2295 138849 98.21 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→61.351 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12858 0 100 495 13453

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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