+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6mq0 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | B. pseudomallei KatG crystallized in the presence of furoyl hydrazide | ||||||
要素 | Catalase-peroxidase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / catalase-peroxidase / heme (ヘム) / furoyl hydrazide | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 catalase-peroxidase / catalase activity / hydrogen peroxide catabolic process / response to oxidative stress / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Loewen, P.C. | ||||||
資金援助 | カナダ, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: B. pseudomallei KatG crystallized in the presence of furoyl hydrazide 著者: Loewen, P.C. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6mq0.cif.gz | 573.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6mq0.ent.gz | 464.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6mq0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/6mq0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/6mq0 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 1mwv S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 79536.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌) 遺伝子: katG, BOC42_10690, CXQ84_04250, DP46_2227, DP49_6664 プラスミド: pKS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): UM262 参照: UniProt: A0A095KYK6, UniProt: Q939D2*PLUS, catalase-peroxidase |
---|
-非ポリマー , 7種, 1570分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CL / | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.15 % / Mosaicity: 0.52 ° |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1 / 詳細: MPD, 0.1 M sodium citrate, 50 mM furoyl hydrazide |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.98 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月27日 / 詳細: mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.9→35.209 Å / Num. all: 159840 / Num. obs: 159840 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.2 % / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.109 / Rsym value: 0.098 / Net I/av σ(I): 5.9 / Net I/σ(I): 11 / Num. measured all: 838108 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
|
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDBID 1MWV 1mwv 解像度: 1.9→35.209 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 4.354 / SU ML: 0.067 / SU R Cruickshank DPI: 0.0992 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.097 / 詳細: MOLECULAR REPLACEMENT
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 116.42 Å2 / Biso mean: 22.059 Å2 / Biso min: 11.83 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.9→35.209 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.949 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|