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- PDB-6mpz: Crystal structure of a double glycine motif protease from AMS/PCA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mpz
タイトルCrystal structure of a double glycine motif protease from AMS/PCAT transporter in complex with the leader peptide
要素
  • Double Glycine Motif Protease domain from AMS/PCAT Transporter
  • peptide aldehyde inhibitor 1 based on the ProcA2.8 leader peptide
キーワードTRANSPORT PROTEIN / peptide secretion / peptidase C39 domain / leader peptide / lantibiotic
機能・相同性3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE
機能・相同性情報
生物種Lachnospiraceae bacterium C6A11 (バクテリア)
Prochlorococcus marinus str. MIT 9313 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Dong, S.-H. / Nair, S.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM079038 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Insights into AMS/PCAT transporters from biochemical and structural characterization of a double Glycine motif protease.
著者: Bobeica, S.C. / Dong, S. / Huo, L. / Mazo, N. / McLaughlin, M.I.H. / Jimenez-Oses, G. / Nair, S.K. / van der Donk, W.A.
履歴
登録2018年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Double Glycine Motif Protease domain from AMS/PCAT Transporter
B: Double Glycine Motif Protease domain from AMS/PCAT Transporter
C: Double Glycine Motif Protease domain from AMS/PCAT Transporter
D: Double Glycine Motif Protease domain from AMS/PCAT Transporter
M: peptide aldehyde inhibitor 1 based on the ProcA2.8 leader peptide
N: peptide aldehyde inhibitor 1 based on the ProcA2.8 leader peptide
O: peptide aldehyde inhibitor 1 based on the ProcA2.8 leader peptide
P: peptide aldehyde inhibitor 1 based on the ProcA2.8 leader peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,86510
ポリマ－72,2768
非ポリマー5892
水2,216123
1
A: Double Glycine Motif Protease domain from AMS/PCAT Transporter
M: peptide aldehyde inhibitor 1 based on the ProcA2.8 leader peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3633
ポリマ－18,0692
非ポリマー2941
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1360 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area7910 Å2
手法PISA
2
B: Double Glycine Motif Protease domain from AMS/PCAT Transporter
N: peptide aldehyde inhibitor 1 based on the ProcA2.8 leader peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3633
ポリマ－18,0692
非ポリマー2941
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1370 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area7680 Å2
手法PISA
3
C: Double Glycine Motif Protease domain from AMS/PCAT Transporter
O: peptide aldehyde inhibitor 1 based on the ProcA2.8 leader peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0692
ポリマ－18,0692
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1990 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area7600 Å2
手法PISA
4
D: Double Glycine Motif Protease domain from AMS/PCAT Transporter
P: peptide aldehyde inhibitor 1 based on the ProcA2.8 leader peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0692
ポリマ－18,0692
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1990 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area7770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.888, 119.426, 76.522
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.84, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D
17M
27N
18M
28O
19M
29P
110N
210O
111N
211P
112O
212P

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A5 - 143
2010B5 - 143
1020A5 - 143
2020C5 - 143
1030A5 - 144
2030D5 - 144
1040B5 - 144
2040C5 - 144
1050B5 - 143
2050D5 - 143
1060C5 - 143
2060D5 - 143
1070M1 - 13
2070N1 - 13
1080M1 - 13
2080O1 - 13
1090M1 - 13
2090P1 - 13
10100N1 - 13
20100O1 - 13
10110N1 - 13
20110P1 - 13
10120O1 - 13
20120P1 - 13

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12

-
要素

#1: タンパク質
Double Glycine Motif Protease domain from AMS/PCAT Transporter


分子量: 16752.646 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lachnospiraceae bacterium C6A11 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質・ペプチド
peptide aldehyde inhibitor 1 based on the ProcA2.8 leader peptide


分子量: 1316.330 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Prochlorococcus marinus str. MIT 9313 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-16P / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE / 3,6,9,12,15,18-ヘキサオキサイコサン


分子量: 294.384 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.56 %
結晶化温度: 282 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 0.02 M D-glucose, 0.02 M D-mannose, 0.02 M D-galactose, 0.02 M L-fucose, 0.02 M D-xylose, 0.0 2M N-acetyl-D-glucosamine, 0.05 M Tris and BICINE pH 8.5, 20% v/v polyethylene glycol 500 ...詳細: 0.02 M D-glucose, 0.02 M D-mannose, 0.02 M D-galactose, 0.02 M L-fucose, 0.02 M D-xylose, 0.0 2M N-acetyl-D-glucosamine, 0.05 M Tris and BICINE pH 8.5, 20% v/v polyethylene glycol 500 monomethyl ether, 10% w/v polyethylene glycol 20000, and 8% v/v formamide
Temp details: 9 Celsius

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Ambient temp details: liquid nitrogen flow / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→76.4 Å / Num. obs: 47187 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.1 % / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 1.98→1.985 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータスケーリング
AutoSol位相決定
PHENIXモデル構築
精密化解像度: 2→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 8.264 / SU ML: 0.204 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.221 / ESU R Free: 0.186 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26829 2306 5 %RANDOM
Rwork0.23434 ---
obs0.23606 43389 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 37.026 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.16 Å2-0 Å20.47 Å2
2---4.37 Å2-0 Å2
3---6.4 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→50.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4843 0 44 123 5010
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0194993
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024785
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8151.9736688
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0333.00111100
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6125607
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.87524.064219
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.86415873
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.5811529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2707
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0215450
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021019
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.993.4592468
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.9893.4592469
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.3925.1663059
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.3915.1663060
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.543.9112525
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.5393.9112526
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.3925.6923630
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.41439.5045183
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.41439.4885174
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A87060.06
12B87060.06
21A86980.06
22C86980.06
31A86760.06
32D86760.06
41B87580.06
42C87580.06
51B86560.05
52D86560.05
61C86520.06
62D86520.06
71M5460.01
72N5460.01
81M5440.02
82O5440.02
91M5460.01
92P5460.01
101N5480.02
102O5480.02
111N5520.01
112P5520.01
121O5480.02
122P5480.02
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.494 172 -
Rwork0.392 3171 -
obs--99.97 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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