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万見
- PDB-6mpm: Racemic M2-TM I42A crystallized from racemic detergent -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mpm
タイトルRacemic M2-TM I42A crystallized from racemic detergent
要素Matrix protein 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / transmembrane / racemic / coiled-coil
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host autophagy / proton transmembrane transporter activity / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Influenza virus matrix protein 2 / Influenza Matrix protein (M2)
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Kreitler, D.F. / Yao, Z. / Mortenson, D.E. / Forest, K.T. / Gellman, S.H.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM061238 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM00839 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM08293 米国
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2019
タイトル: A Hendecad Motif Is Preferred for Heterochiral Coiled-Coil Formation.
著者: Kreitler, D.F. / Yao, Z. / Steinkruger, J.D. / Mortenson, D.E. / Huang, L. / Mittal, R. / Travis, B.R. / Forest, K.T. / Gellman, S.H.
履歴
登録2018年10月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Matrix protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,3144
ポリマ－2,4371
非ポリマー8773
水1629
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: heterochiral dimer formed across crystallographic inversion center
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)17.290, 18.530, 40.240
Angle α, β, γ (deg.)81.160, 87.970, 69.070
Int Tables number2
Space group name H-MP-1

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Matrix protein 2 / Proton channel protein M2


分子量: 2437.042 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 25-46 / 変異: I42A, G34A / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Influenza A virus (strain A/Hong Kong/156/1997 H5N1 genotype Gs/Gd) (A型インフルエンザウイルス)
参照: UniProt: O70632
#2: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.6 % / 解説: plate-like shards
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 8.5 0.1 M sodium citrate tribasic 5% v/v PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→17.109 Å / Num. obs: 8606 / % possible obs: 94.57 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 48.44 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.03003 / Rrim(I) all: 0.05849 / Rsym value: 0.05007 / Net I/σ(I): 10.93
反射 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.27 / Num. unique obs: 892 / CC1/2: 0.884 / Rpim(I) all: 0.3731 / Rrim(I) all: 0.7281 / Rsym value: 0.6238 / % possible all: 94.39

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→17.109 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.33
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2269 854 9.92 %
Rwork0.2209 --
obs0.2215 8605 94.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 83.2 Å2 / Biso mean: 30.7708 Å2 / Biso min: 11.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→17.109 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数174 0 100 9 283
Biso mean--61.14 39.21 -
残基数----24
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.4-1.48760.31141470.32261275142294
1.4876-1.60240.2541390.25361288142794
1.6024-1.76350.27761320.24241295142795
1.7635-2.01840.18221530.21731327148096
2.0184-2.54160.21011440.19771311145597
2.5416-17.11050.22721390.21551255139492
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 11.7631 Å / Origin y: 13.7265 Å / Origin z: 25.2652 Å
111213212223313233
T0.1139 Å2-0.0088 Å20.0116 Å2-0.1513 Å2-0.0504 Å2--0.1489 Å2
L2.5232 °2-1.5207 °21.7027 °2-7.4396 °2-7.153 °2--9.2966 °2
S-0.1322 Å °-0.2384 Å °0.124 Å °0.3962 Å °-0.0465 Å °-0.188 Å °-0.275 Å °-0.0023 Å °0.196 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain 'A' and (resid 25 through 46 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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