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万見
- PDB-6moa: C-terminal bromodomain of human BRD2 in complex with 4-(2-cyclopr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6moa
タイトルC-terminal bromodomain of human BRD2 in complex with 4-(2-cyclopropyl-7-(6-methylquinolin-5-yl)-1H-benzo[d]imidazol-5-yl)-3,5-dimethylisoxazole inhibitor
要素Bromodomain-containing protein 2
キーワードtranscription/transcription inhibitor / Inhibitor / epigenetic reader / bromodomain / transcription-transcription inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / neural tube closure / lysine-acetylated histone binding / nucleosome assembly / spermatogenesis / nuclear speck ...acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / neural tube closure / lysine-acetylated histone binding / nucleosome assembly / spermatogenesis / nuclear speck / protein serine/threonine kinase activity / chromatin binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Brdt, bromodomain, repeat II / Brdt, bromodomain, repeat I / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site ...Brdt, bromodomain, repeat II / Brdt, bromodomain, repeat I / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JW4 / Bromodomain-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.271 Å
データ登録者Lansdon, E.B. / Newby, Z.E.R.
引用ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. / 年: 2019
タイトル: Structure-guided discovery of a novel, potent, and orally bioavailable 3,5-dimethylisoxazole aryl-benzimidazole BET bromodomain inhibitor.
著者: Sperandio, D. / Aktoudianakis, V. / Babaoglu, K. / Chen, X. / Elbel, K. / Chin, G. / Corkey, B. / Du, J. / Jiang, B. / Kobayashi, T. / Mackman, R. / Martinez, R. / Yang, H. / Zablocki, J. / ...著者: Sperandio, D. / Aktoudianakis, V. / Babaoglu, K. / Chen, X. / Elbel, K. / Chin, G. / Corkey, B. / Du, J. / Jiang, B. / Kobayashi, T. / Mackman, R. / Martinez, R. / Yang, H. / Zablocki, J. / Kusam, S. / Jordan, K. / Webb, H. / Bates, J.G. / Lad, L. / Mish, M. / Niedziela-Majka, A. / Metobo, S. / Sapre, A. / Hung, M. / Jin, D. / Fung, W. / Kan, E. / Eisenberg, G. / Larson, N. / Newby, Z.E.R. / Lansdon, E. / Tay, C. / Neve, R.M. / Shevick, S.L. / Breckenridge, D.G.
履歴
登録2018年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4573
ポリマ－12,9711
非ポリマー4872
水2,576143
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.947, 52.514, 72.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-708-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Bromodomain-containing protein 2 / O27.1.1 / Really interesting new gene 3 protein


分子量: 12970.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD2, KIAA9001, RING3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25440
#2: 化合物 ChemComp-JW4 / 4-(2-cyclopropyl-7-(6-methylquinolin-5-yl)-1H-benzo[d]imidazol-5-yl)-3,5-dimethylisoxazole


分子量: 394.468 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H22N4O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 12% PEG 1000 100mM NaTris-HCl pH 8.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97741 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97741 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.27→50 Å / Num. obs: 108525 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.032 / Net I/σ(I): 28.4
反射 シェル解像度: 1.27→1.29 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.209 / Num. unique obs: 1580 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.271→29.202 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.43 / 位相誤差: 15.83
Rfactor反射数%反射
Rfree0.179 2000 6.32 %
Rwork0.1653 --
obs0.1662 31623 96.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.271→29.202 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数896 0 36 143 1075
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005963
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8021303
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.608352
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074128
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005164
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2708-1.30260.21561300.20211925X-RAY DIFFRACTION90
1.3026-1.33780.21781380.18122044X-RAY DIFFRACTION93
1.3378-1.37720.19611360.16712015X-RAY DIFFRACTION95
1.3772-1.42160.17351380.16272041X-RAY DIFFRACTION95
1.4216-1.47240.18681400.16482073X-RAY DIFFRACTION96
1.4724-1.53140.19561430.15642117X-RAY DIFFRACTION97
1.5314-1.60110.18161430.15352128X-RAY DIFFRACTION98
1.6011-1.68550.19021450.15522130X-RAY DIFFRACTION98
1.6855-1.79110.20621440.1582145X-RAY DIFFRACTION98
1.7911-1.92930.16331460.16372152X-RAY DIFFRACTION99
1.9293-2.12340.15811480.16142191X-RAY DIFFRACTION99
2.1234-2.43060.20331460.16752169X-RAY DIFFRACTION99
2.4306-3.06170.16411490.17332198X-RAY DIFFRACTION98
3.0617-29.20920.17321540.16422295X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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