PDB-6mh4: Crystal Structure of 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomer...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6mh4

タイトル

Crystal Structure of 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase from Staphylococcus schleiferi, Apoenzyme

要素

1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / reductoisomerase /

staphylococci (ブドウ球菌) /

MEP pathway (非メバロン酸経路) /

fosmidomycin (ホスミドマイシン) / GlpT

機能・相同性

機能・相同性情報

1-デオキシ-D-キシルロース-5-リン酸レダクトイソメラーゼ /

1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process /

NADPH binding /

isomerase activity /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus schleiferi (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Lee, S.G. / Jez, J.M.

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2020
タイトル: Potent, specific MEPicides for treatment of zoonotic staphylococci.
著者: Edwards, R.L. / Heueck, I. / Lee, S.G. / Shah, I.T. / Miller, J.J. / Jezewski, A.J. / Mikati, M.O. / Wang, X. / Brothers, R.C. / Heidel, K.M. / Osbourn, D.M. / Burnham, C.D. / Alvarez, S. / ...

履歴

登録	2018年9月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年3月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年6月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6mh4.cif.gz	365.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6mh4.ent.gz	251.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6mh4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mh/6mh4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mh/6mh4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6mh5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1r0k-2 5krr-d 3wqq-d 6mh5-1 2egh-d 3aua-d 6dvv-d 2gwc-3 5krv-d 5ks1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase

B: 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase

ヘテロ分子

85.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase

ヘテロ分子

B: 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
85.2 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	71.368, 71.368, 318.815
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	151
Space group name H-M	P3₁12
Space group name Hall	P3₁2(x,y,z+1/3)

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-277- ARG

#1: タンパク質	1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase / DXP reductoisomerase / 1-deoxyxylulose-5-phosphate reductoisomerase / 2-C-methyl-D-erythritol 4- ...DXP reductoisomerase / 1-deoxyxylulose-5-phosphate reductoisomerase / 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate synthase 分子量: 42248.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus schleiferi (バクテリア) 遺伝子: dxr, SSCHL_1510 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0K1A7V6, 1-デオキシ-D-キシルロース-5-リン酸レダクトイソメラーゼ
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.66 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 2000 mM ammonium sulfate, 100 mM sodium citrate/ citric acid

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月6日
放射	モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→44.38 Å / Num. obs: 50897 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.9 % / Net I/σ(I): 33.9
反射シェル	解像度: 2.15→2.23 Å / Num. unique obs: 5069

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
Coot		モデル構築
HKL-3000		データ収集
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.15→44.38 Å / SU ML: 0.244 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.58

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2304	2581	5.07 %
R_work	0.1974	-	-
obs	0.1991	50893	99.25 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 64.5575835149 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→44.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5830	0	35	81	5946

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0157238149268	5965
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.06050598677	8068
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0592226640475	932
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00705645516405	1030
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	3.52848961081	3612

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1502409711-2.1916	0.2962	131	0.2666	2495	X-RAY DIFFRACTION	93.2528409091
2.1916-2.2363	0.2686	149	0.2467	2689	X-RAY DIFFRACTION	99.7890295359
2.2363-2.285	0.3154	146	0.2472	2650	X-RAY DIFFRACTION	99.7502675705
2.285-2.3381	0.28092	136	0.2486	2636	X-RAY DIFFRACTION	99.604743083
2.3381-2.3966	0.299	162	0.2463	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3966-2.4614	0.3246	151	0.2426	2696	X-RAY DIFFRACTION	99.9648876404
2.4614-2.5338	0.2634	139	0.2435	2675	X-RAY DIFFRACTION	99.7518610422
2.5338-2.6156	0.2615	126	0.2287	2680	X-RAY DIFFRACTION	99.609513667
2.6156-2.709	0.27	147	0.2348	2667	X-RAY DIFFRACTION	99.7518610422
2.709-2.8175	0.2579	148	0.23123	2700	X-RAY DIFFRACTION	99.8597475456
2.8175-2.9457	0.3029	161	0.2234	2665	X-RAY DIFFRACTION	99.6122664787
2.9457-3.1009	0.2714	164	0.227	2674	X-RAY DIFFRACTION	99.2654774397
3.1009-3.2952	0.2549	135	0.2208	2667	X-RAY DIFFRACTION	99.4675186368
3.2952-3.5495	0.2025	125	0.2038	2711	X-RAY DIFFRACTION	99.1955229101
3.5495-3.9065	0.2346	154	0.1864	2685	X-RAY DIFFRACTION	99.2310380986
3.9065-4.4713	0.206	134	0.1607	2741	X-RAY DIFFRACTION	99.4465582843
4.4713-5.6316	0.186	133	0.1708	2751	X-RAY DIFFRACTION	99.5169082126
5.6316-44.38	0.1826	140	0.174	2852	X-RAY DIFFRACTION	99.5011639508

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.11672400504	0.0391163922064	0.0428127600261	3.20634579031	-1.87329730925	6.6823439244	0.153722830918	-0.183750001979	0.237357740759	0.0961834304039	-0.098031845912	0.0173264819355	-0.649685021687	0.58413491014	-0.0324168678618	0.343078714889	-0.101269859653	0.0387953113101	0.362202210995	-0.0886775434789	0.322524028603	-12.2255280697	17.1344200295	-39.7805038832
2	2.59138329117	0.26488904549	-2.31099691607	1.08443404103	-0.483181325742	2.5066285888	-0.0497354510994	-0.233441754158	-0.0862113472654	-0.120079806085	-0.220496774213	-0.171498767724	0.147031684875	0.357261129787	0.236294271812	0.277051151588	-0.0172887839155	-0.0403140710852	0.583856471055	0.0916782781272	0.412688706446	-7.31835594427	-5.23089387178	-35.529488544
3	3.16112165526	-1.0191164196	1.44044305424	5.66087420154	-1.75479340312	5.29484953409	0.282771369176	-1.05187638627	0.0478493255772	1.17524276376	-0.304105406739	0.159608752839	-0.0246321251819	-0.503423836134	0.0546412117316	0.588150441023	-0.145686785383	-0.0112564794493	1.15500787374	-0.0758361782798	0.406749792045	36.1718192505	-6.11559461075	7.83721393588
4	2.4684132096	-0.879748871604	-0.267903936571	2.88715929214	1.49792599951	2.55869356872	-0.209634851724	-1.79703712005	-0.036713499302	1.50186722974	0.108792238838	0.621734988545	-0.428012712936	-1.04557714057	-0.170414965434	1.09925718644	-0.0481904744317	0.251233399961	1.59968977493	-0.0799966530832	0.718306530771	25.2537322344	-2.41477400577	15.218690852
5	3.97012594877	0.102118260483	-0.96976590391	2.79336508476	-0.921050154799	4.36464601729	0.135209788522	-0.45264119452	0.559081056736	0.276747660661	-0.00439920860586	0.513512221324	-0.640498698857	-0.804481165953	-0.0660045363536	0.461129853494	0.0933062759338	0.0193570994622	0.798835541765	-0.0416849016809	0.576816151945	29.5355099311	1.8549363835	-7.8072296062
6	2.9249342798	1.04003369118	-0.520195079836	2.9952326711	-0.793103725453	2.31831675636	-0.0498662020478	0.093082298912	-0.116292812944	0.0238777550847	0.0707384620479	0.288044522191	0.22232733246	-0.3339836463	-0.0665738250566	0.312240336016	-0.0254233433461	-0.0232191146256	0.752494265891	0.0229438034604	0.473187695084	30.8353391441	-12.3383722192	-22.3881649907
7	3.2618002295	0.258706961482	-0.669682474029	1.60467564864	0.258816526282	1.51692898553	0.0354808625985	-0.691748755237	-0.261072893349	0.192079715011	-0.0668099919379	-0.0632336650328	0.340829430699	-0.393127079083	0.0886407624776	0.436830900281	-0.0283072564675	-0.0154578193366	0.820985569618	0.0803959886977	0.489104368023	42.2866162214	-12.4115305542	-17.219519121
8	6.62362529693	-2.76490244608	-0.589381336708	5.41191836023	-0.580098692424	2.52553202525	-0.322194347497	0.194531270643	-0.689051537846	0.0443109481165	0.287571703838	0.555405086665	0.654229926948	-0.913993905561	0.052286953192	0.43536948277	-0.112347456203	0.0169483839328	1.09063240409	0.0553320383375	0.505870941525	15.3347491024	-16.4615227636	-17.7010616654
9	6.72698814578	-1.50466399575	1.02688517994	6.35481011733	1.31193653945	2.532911118	-0.494512593507	-0.605708773058	0.593309447198	1.12459237976	0.338274882042	0.774770961604	-0.105433917297	-0.806923314257	0.0477682505859	0.385908191123	0.138416651259	0.0817913051106	1.35306784636	0.121681001022	0.566726542133	9.05990926747	-5.83740099909	-10.0858031865

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 158 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 159 through 374 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 1 through 58 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 59 through 83 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 84 through 158 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 159 through 255 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 256 through 299 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 300 through 350 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 351 through 374 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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