PDB-6mh1: CRYSTAL STRUCTURE OF THE FIRST BROMODOMAIN OF HUMAN BRD4 IN COMPL...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6mh1

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF THE FIRST BROMODOMAIN OF HUMAN BRD4 IN COMPLEX WITH HU-10, A 1,4,5-Trisubstituted Imidazole Analogue

要素

Bromodomain-containing protein 4

キーワード

TRANSCRIPTION/TRANSCRIPTION INHIBITOR / CAP / HUNK1 / MCAP / PROTEIN BINDING-INHIBITOR COMPLEX / INHIBITOR / TRANSCRIPTION-INHIBITOR COMPLEX / Inflammation / MAP-Kinase Inhibition / TRANSCRIPTION-TRANSCRIPTION INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA polymerase II C-terminal domain binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / P-TEFb complex binding / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / histone reader activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Zhu, J.-Y. / Schonbrunn, E.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2018
タイトル: Molecular Basis for the N-Terminal Bromodomain-and-Extra-Terminal-Family Selectivity of a Dual Kinase-Bromodomain Inhibitor.
著者: Divakaran, A. / Talluri, S.K. / Ayoub, A.M. / Mishra, N.K. / Cui, H. / Widen, J.C. / Berndt, N. / Zhu, J.Y. / Carlson, A.S. / Topczewski, J.J. / Schonbrunn, E.K. / Harki, D.A. / Pomerantz, W.C.K.

履歴

登録	2018年9月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6mh1.cif.gz	178 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6mh1.ent.gz	144.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6mh1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6mh1_validation.pdf.gz	954.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6mh1_full_validation.pdf.gz	958.4 KB	表示
XML形式データ	6mh1_validation.xml.gz	15.6 KB	表示
CIF形式データ	6mh1_validation.cif.gz	22.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mh/6mh1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mh/6mh1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6mh7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4o7c-d 3u5l-d 4o75-d 4cfk-d 4o7e-2 5kj0-d 5oww-3 4mr4-d 6prt-d 4meo-d 7ajn-d 4cfl-d 5dx4-d 5ti4-d 6z7m-d 5fbx-d 4hby-d 4o7b-d 6z7l-d 2yel-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Bromodomain-containing protein 4

B: Bromodomain-containing protein 4

ヘテロ分子

31.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Bromodomain-containing protein 4

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
15.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Bromodomain-containing protein 4

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.830, 59.510, 111.420
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1 分子量: 15099.380 Da / 分子数: 2 / 断片: Bromo 1 domain, residues 44-168 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3 / 参照: UniProt: O60885
#2: 化合物	ChemComp-JQP / N-(3,5-dimethylphenyl)-4-[4-(4-fluorophenyl)-1-(piperidin-4-yl)-1H-imidazol-5-yl]pyrimidin-2-amine 分子量: 442.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₆H₂₇FN₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 289 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.43 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 12.5 MG/ML BRD4, 5MM HEPES PH 7.5, 50MM SODIUM CHLORIDE, 0.5MM DTT, 50MM TRIS PH8.5, 0.1M AMMONIUM, SULFATE, 12.5% PEG 3,350, 10% DMSO, 1 MM HU-10

-
データ収集

回折

平均測定温度: 93 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月27日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54178 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→29.755 Å / Num. obs: 36520 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 4.643 % / B_iso Wilson estimate: 14.68 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.033 / R_rim(I) all: 0.036 / Χ²: 1.022 / Net I/σ(I): 28.58 / Num. measured all: 169551 / Scaling rejects: 2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.6-1.64	2.719	0.126	6.88	6164	2735	2267	0.961	0.156	82.9
1.64-1.69	2.981	0.106	8.47	7220	2656	2422	0.976	0.128	91.2
1.69-1.74	3.172	0.099	10.01	7872	2596	2482	0.981	0.118	95.6
1.74-1.79	3.265	0.081	12.67	7969	2505	2441	0.988	0.097	97.4
1.79-1.85	3.358	0.071	14.95	8086	2437	2408	0.991	0.084	98.8
1.85-1.91	3.422	0.065	17.25	8168	2406	2387	0.992	0.077	99.2
1.91-1.98	3.487	0.057	20.32	7916	2281	2270	0.994	0.067	99.5
1.98-2.07	3.672	0.049	24.03	8006	2196	2180	0.996	0.058	99.3
2.07-2.16	4.06	0.043	28.59	8509	2103	2096	0.997	0.05	99.7
2.16-2.26	4.782	0.04	33.99	9775	2049	2044	0.998	0.045	99.8
2.26-2.39	5.783	0.039	39.19	11184	1936	1934	0.998	0.042	99.9
2.39-2.53	6.827	0.037	43.52	12514	1834	1833	0.999	0.04	99.9
2.53-2.7	6.918	0.035	45.98	12037	1741	1740	0.999	0.038	99.9
2.7-2.92	6.885	0.034	48.18	11098	1613	1612	0.999	0.036	99.9
2.92-3.2	6.812	0.033	50.22	10246	1505	1504	0.999	0.036	99.9
3.2-3.58	6.844	0.03	52.19	9232	1351	1349	0.999	0.032	99.9
3.58-4.13	6.844	0.026	54.24	8356	1223	1221	0.999	0.028	99.8
4.13-5.06	6.748	0.026	53.8	6998	1038	1037	0.999	0.028	99.9
5.06-7.16	6.679	0.027	52.07	5550	831	831	0.999	0.029	100
7.16-29.755	5.738	0.027	48.52	2651	496	462	0.999	0.029	93.1

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→29.755 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.46 / 位相誤差: 18.23

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2016	1826	5 %	Random selection
R_work	0.1592	-	-	-
obs	0.1613	36514	97.29 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 145.05 Å² / B_iso mean: 24.7349 Å² / B_iso min: 6.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.6→29.755 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2124	0	150	289	2563
B_iso mean	-	-	21.92	29.02	-
残基数	-	-	-	-	254

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	2267
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.259	3082
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	318
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	394
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.661	873

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6-1.6433	0.2837	117	0.2115	2229	2346	83
1.6433-1.6916	0.2497	130	0.1866	2472	2602	91
1.6916-1.7462	0.2368	137	0.1875	2607	2744	96
1.7462-1.8086	0.2401	138	0.1748	2626	2764	98
1.8086-1.881	0.2292	141	0.1756	2679	2820	99
1.881-1.9666	0.213	143	0.1738	2707	2850	100
1.9666-2.0703	0.2107	142	0.1728	2702	2844	99
2.0703-2.1999	0.2089	144	0.1637	2725	2869	100
2.1999-2.3697	0.1969	143	0.1587	2726	2869	100
2.3697-2.6081	0.1901	145	0.1609	2752	2897	100
2.6081-2.9852	0.2104	145	0.1583	2765	2910	100
2.9852-3.7598	0.1848	147	0.1447	2794	2941	100
3.7598-29.7601	0.1731	154	0.1392	2904	3058	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.6042	-0.6655	0.0609	1.32	1.0238	3.2272	-0.0782	0.6176	-0.0507	-0.0726	0.015	-0.1346	0.1116	0.1622	0.0009	0.1624	-0.0487	0.0265	0.1483	0.0125	0.1416	8.3541	25.1628	4.4696
2	1.1793	-0.2823	-0.5788	1.9522	0.6638	2.9513	-0.0017	-0.0636	0.0348	0.0187	0.0659	-0.1688	-0.211	0.171	-0.041	0.1382	-0.0304	0.0332	0.1005	-0.0144	0.1238	7.1851	34.8348	14.3025
3	5.7856	-2.7028	-3.102	2.0291	-0.0984	4.7874	-0.1981	1.2227	-1.2328	-0.4042	-0.3708	0.22	0.7037	0.1072	0.5537	0.2949	0.0481	0.1158	0.7261	-0.2238	0.5625	26.6028	24.5694	6.3926
4	5.3177	-5.6266	-3.8116	7.9633	4.4635	3.0352	-0.0288	0.4079	-0.2551	-0.1915	-0.1803	0.5302	-0.0329	-0.4879	0.2195	0.1584	-0.0136	-0.0068	0.201	-0.026	0.2061	-3.8643	59.3863	7.2594
5	4.0581	-0.3326	1.1276	2.4087	1.9097	4.4744	-0.0673	0.2784	-0.2146	-0.0384	-0.0001	-0.0691	0.555	0.0945	-0.1702	0.1719	-0.0365	0.0636	0.1419	0.0057	0.1334	16.0197	50.5066	4.8076
6	2.621	-1.9571	-3.8124	1.5117	2.6983	5.9773	-0.2688	-0.397	-0.2387	0.3623	0.3367	-0.1413	0.3872	0.5087	0.0173	0.1851	0.0238	0.0046	0.1511	0.0089	0.1539	14.8055	56.0381	19.2855
7	4.8977	2.6198	-0.0523	3.3637	-0.3675	5.6157	0.0244	-0.4086	-0.1835	0.5133	0.0221	-0.1255	0.1611	-0.1015	0.0097	0.2069	0.043	0.0014	0.1195	0.0126	0.0845	8.7454	62.5674	24.8047
8	5.8862	-0.5287	0.4234	0.0544	0.0839	2.3128	-0.1081	-0.1781	0.1388	0.2056	0.1413	0.4616	-0.0621	-0.451	0.0028	0.1029	-0.008	0.0542	0.1864	-0.0003	0.2323	-4.9364	65.6173	17.718
9	2.3454	-1.6454	-1.4199	4.3502	1.4669	1.9641	-0.0516	0.0924	-0.105	-0.0422	0.0322	0.0386	0.0633	0.0191	0.0005	0.088	-0.0195	-0.0068	0.0979	-0.0076	0.0597	7.774	62.5353	8.9925
10	4.7245	-1.8162	-1.0841	3.3417	0.7386	3.2126	-0.1344	-0.3609	0.1564	0.1786	0.2087	-0.3344	-0.1823	0.3497	0.0096	0.1174	-0.0258	-0.018	0.1191	-0.0109	0.1168	14.3777	69.324	19.731
11	1.1236	-1.0818	-1.1256	1.0916	1.3122	2.1693	0.1475	0.606	-0.5971	-0.2168	-0.0827	-0.341	0.4533	0.6097	-0.2142	0.2956	0.1675	0.1474	0.3803	0.007	0.543	27.6018	54.464	6.3262

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 42 through 68 )	A	42 - 68
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 69 through 163 )	A	69 - 163
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 164 through 168 )	A	164 - 168
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 42 through 51 )	B	42 - 51
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 52 through 68 )	B	52 - 68
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 69 through 75 )	B	69 - 75
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 76 through 83 )	B	76 - 83
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 84 through 96 )	B	84 - 96
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 97 through 139 )	B	97 - 139
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 140 through 163 )	B	140 - 163
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 164 through 168 )	B	164 - 168

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)