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万見
- PDB-6mgx: Crystal Structure of the New Deli Metallo Beta Lactamase Variant ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mgx
タイトルCrystal Structure of the New Deli Metallo Beta Lactamase Variant 6 Klebsiella pneumoniae
要素Metallo-beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / metallo beta lactamase / carbapenemases / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases
機能・相同性
機能・相同性情報


Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Kim, Y. / Tesar, C. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the New Deli Metallo Beta Lactamase Variant 6 Klebsiella pneumoniae
著者: Kim, Y. / Tesar, C. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2018年9月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metallo-beta-lactamase
B: Metallo-beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,17311
ポリマ－51,4922
非ポリマー6819
水81145
1
A: Metallo-beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0385
ポリマ－25,7461
非ポリマー2924
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Metallo-beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1346
ポリマ－25,7461
非ポリマー3885
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3210 Å2
ΔGint-293 kcal/mol
Surface area17260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.715, 73.901, 78.068
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Metallo-beta-lactamase / NDM carbapenemase


分子量: 25745.967 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: blaNDM-6 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): gold / 参照: UniProt: G9JVE6
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.9 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M Sodium Citrate, 20% (w/v) PEG 4000, 20% (v/v) 2-Propanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 12723 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.166 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.693 / Mean I/σ(I) obs: 2.23 / Num. unique obs: 618 / CC1/2: 0.731 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化開始モデル: 4HL2

4hl2


解像度: 2.6→39.034 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2601 617 4.86 %random
Rwork0.2094 ---
obs0.2118 12706 96.93 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→39.034 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3382 0 21 45 3448
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053469
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9874724
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.3111199
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055529
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002621
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5996-2.86110.33811470.28512943X-RAY DIFFRACTION96
2.8611-3.27490.28981620.24353019X-RAY DIFFRACTION99
3.2749-4.12530.26521520.20233050X-RAY DIFFRACTION98
4.1253-39.03840.21871560.17543077X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0915-1.234-0.16782.2863-0.05863.5082-0.2119-0.1139-0.0853-0.0359-0.1521-0.15690.24530.61810.26630.34910.0221-0.09710.30510.01990.4876-14.4505-9.2627-5.1089
21.8462-0.39580.21731.3541-0.24921.10260.0441-0.0459-0.39690.1632-0.02510.22370.2893-0.0456-0.12870.3007-0.0088-0.03210.3014-0.01010.337-23.8998-5.9395-6.3962
31.55240.55030.80311.2715-0.00851.0150.0970.0922-0.00430.0762-0.054-0.1264-0.06260.0409-0.06560.28110.00220.00630.2769-0.01960.326-15.73749.1093-5.0123
42.38571.00661.16682.16581.01272.30850.13030.34350.1845-0.29440.0191-0.3394-0.25480.31710.02420.4940.02350.0550.3348-0.02160.3947-19.891751.1645-21.9918
58.0312-2.44173.15740.7688-0.93131.3249-0.05080.32540.28130.5074-0.1872-0.0798-0.15760.61670.11210.5172-0.0491-0.06150.4650.06290.3516-12.830845.5124-18.1972
60.72660.0474-0.37550.9296-0.15731.228-0.0528-0.0611-0.09430.06060.0134-0.09370.02440.0480.03790.27540.0027-0.01570.28420.00420.2874-20.739635.0235-14.1546
70.49150.1287-0.26281.65360.04691.1520.1101-0.0968-0.0895-0.16290.01120.19420.0432-0.1144-0.1540.27190.0176-0.02310.30450.00430.2858-16.770529.162-29.4508
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 43 through 72 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 73 through 118 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 119 through 269 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 41 through 57 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 58 through 72 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 73 through 228 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 229 through 269 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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