PDB-6mgk: Crystal structure of the catalytic domain from GH74 enzyme PoGH74...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6mgk

タイトル

Crystal structure of the catalytic domain from GH74 enzyme PoGH74 from Paenibacillus odorifer, in complex with XLX xyloglucan

要素

Xyloglucanase

キーワード

HYDROLASE / GLYCOSYLHYDROLASE / FAMILY GH74 / XYLOGLUCANASE

機能・相同性

機能・相同性情報

xyloglucan metabolic process / cellulose binding / hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / polysaccharide catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Paenibacillus odorifer (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Stogios, P.J. / Skarina, T. / Nocek, B. / Arnal, G. / Brumer, H. / Savchenko, A.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2018
タイトル: Structural enzymology reveals the molecular basis of substrate regiospecificity and processivity of an exemplar bacterial glycoside hydrolase family 74endo-xyloglucanase.
著者: Arnal, G. / Stogios, P.J. / Asohan, J. / Skarina, T. / Savchenko, A. / Brumer, H.

履歴

登録	2018年9月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年1月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support Item: _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.2	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6mgk.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6mgk.ent.gz	1008.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6mgk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6mgk_validation.pdf.gz	3.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6mgk_full_validation.pdf.gz	3.2 MB	表示
XML形式データ	6mgk_validation.xml.gz	138.3 KB	表示
CIF形式データ	6mgk_validation.cif.gz	209.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mg/6mgk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mg/6mgk	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6mgjC 6mglC 2cn3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6mgj-5 6mgj-2 6mgj-8 6mgj-1 6mgj-7 6mgj-4 5zi3-d 6mgl-d 5zi2-d 2ebs-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Xyloglucanase

B: Xyloglucanase

C: Xyloglucanase

D: Xyloglucanase

ヘテロ分子

336 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Xyloglucanase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
84.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Xyloglucanase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
84.6 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Xyloglucanase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
83.9 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Xyloglucanase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
83.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	239.263, 212.471, 91.647
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.50, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1145- HOH
2	1	A-1434- HOH

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Xyloglucanase 分子量: 81027.398 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Paenibacillus odorifer (バクテリア) 遺伝子: BSK60_29080 / プラスミド: p15TV-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A1R0YRH0

-
糖 , 2種, 4分子

#2: 多糖

beta-D-galactopyranose-(1-2)-alpha-D-xylopyranose-(1-6)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 768.667 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGalpb1-2DXylpa1-6DGlcpb1-4[DXylpa1-6]DGlcpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5][a212h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-1-2-3-2/a4-b1_a6-e1_b6-c1_c2-d1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(6+1)][a-D-Xylp]{[(2+1)][b-D-Galp]{}}}[(6+1)][a-D-Xylp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

alpha-D-xylopyranose-(1-6)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-D-galactopyranose-(1-2)-alpha-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1062.923 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DXylpa1-6DGlcpb1-4[DGalpb1-2DXylpa1-6]DGlcpb1-4[DXylpa1-6]DGlcpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5][a212h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-1-1-2-2-3-2/a4-b1_a6-g1_b4-c1_b6-e1_c6-d1_e2-f1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(6+1)][a-D-Xylp]{}}[(6+1)][a-D-Xylp]{[(2+1)][b-D-Galp]{}}}[(6+1)][a-D-Xylp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 3433分子

#4: 化合物	... ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-PE3 / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-TRIDECAOXAHENTETRACONTANE-1,41-DIOL / POLYETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-トリデカオキサヘンテトラコンタン-1,41-ジ(以下略) 分子量: 634.751 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₂₈H₅₈O₁₅
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Cl
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3377 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

配列の詳細	The sequence of xyloglucanase is from GenBank: AIQ73809

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.78 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2 M potassium sodium tartrate, 20% PEG3350, 5 mM xyloglucan mixture

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→40 Å / Num. obs: 252675 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 11.4
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.479 / Mean I/σ(I) obs: 2.21 / Num. unique obs: 252675 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(DEV_3092: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定
PHENIX		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2CN3

2cn3

解像度: 2.1→39.29 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 17.81 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.181	2000	5.01 %	RANDOM
R_work	0.158	-	-	-
obs	0.159	236912	83.7 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→39.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	22640	0	582	3377	26599

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	23867
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.693	32553
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.47	8175
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	3522
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	4125

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1006-2.1245	0.2503	285	0.2174	5671	X-RAY DIFFRACTION	35
2.1245-2.1494	0.2312	380	0.2191	6959	X-RAY DIFFRACTION	44
2.1494-2.1757	0.2374	431	0.2175	7975	X-RAY DIFFRACTION	50
2.1757-2.2032	0.2501	465	0.2138	8769	X-RAY DIFFRACTION	55
2.2032-2.2322	0.226	512	0.2149	9607	X-RAY DIFFRACTION	60
2.2322-2.2628	0.2357	546	0.2118	10405	X-RAY DIFFRACTION	65
2.2628-2.2951	0.2311	594	0.2084	11278	X-RAY DIFFRACTION	70
2.2951-2.3293	0.2243	625	0.2107	11794	X-RAY DIFFRACTION	74
2.3293-2.3657	0.2242	652	0.2089	12659	X-RAY DIFFRACTION	79
2.3657-2.4045	0.2274	704	0.2088	13186	X-RAY DIFFRACTION	82
2.4045-2.446	0.2328	722	0.2002	13614	X-RAY DIFFRACTION	85
2.446-2.4904	0.2219	750	0.1984	14201	X-RAY DIFFRACTION	88
2.4904-2.5383	0.2284	777	0.1913	14657	X-RAY DIFFRACTION	91
2.5383-2.5901	0.2176	768	0.1885	14799	X-RAY DIFFRACTION	92
2.5901-2.6464	0.2117	789	0.1889	14822	X-RAY DIFFRACTION	93
2.6464-2.708	0.2202	771	0.1772	14584	X-RAY DIFFRACTION	90
2.708-2.7757	0.2046	800	0.1792	15033	X-RAY DIFFRACTION	94
2.7757-2.8507	0.1819	827	0.1746	15665	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8507-2.9346	0.1973	837	0.164	15721	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9346-3.0293	0.1842	825	0.1593	15763	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0293-3.1375	0.1833	818	0.1551	15731	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1375-3.2631	0.1671	837	0.1509	15762	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2631-3.4115	0.1788	833	0.1388	15793	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4115-3.5912	0.1426	823	0.1314	15580	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5912-3.816	0.1521	808	0.1253	15533	X-RAY DIFFRACTION	96
3.816-4.1104	0.1404	791	0.1243	14961	X-RAY DIFFRACTION	94
4.1104-4.5235	0.1292	846	0.1134	15897	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5235-5.1768	0.1368	838	0.1161	15745	X-RAY DIFFRACTION	98
5.1768-6.5174	0.1679	829	0.1475	15725	X-RAY DIFFRACTION	98
6.5174-39.292	0.207	814	0.185	15508	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8872	0.1239	-0.2982	0.4576	-0.1258	0.6864	0.0863	-0.2875	0.1232	0.0674	-0.0485	0.0142	-0.108	0.1237	-0.0062	0.1644	-0.0665	0.011	0.2138	-0.0516	0.1321	-39.7247	91.7017	23.1631
2	0.9708	0.2704	-0.4855	0.7351	0.0142	1.0579	-0.0529	-0.1563	-0.1363	0.008	-0.0319	0.0341	0.1782	-0.0562	0.0753	0.2028	-0.0549	0.0094	0.2225	0.0089	0.1511	-50.1413	72.9216	23.8447
3	1.3889	0.8241	0.1695	0.6323	-0.1904	0.6354	-0.2295	0.2147	-0.215	-0.186	0.1328	-0.0993	0.2491	-0.0479	0.0816	0.2719	-0.0767	0.0362	0.1881	-0.0482	0.1844	-41.199	75.3674	1.2233
4	1.2065	0.3654	-0.2634	0.3086	-0.0778	0.4832	-0.0466	-0.0141	-0.0171	-0.0742	0.0182	0.0101	0.0365	0.0294	0.0339	0.1772	-0.0546	0.0047	0.1849	-0.0155	0.1269	-29.1784	88.4957	4.8891
5	2.0506	0.1219	0.4127	1.1571	0.0577	2.2604	-0.0005	-0.1747	-0.4637	0.0494	-0.0389	-0.0283	0.1375	0.1935	0.0404	0.1371	0.0034	0.0221	0.2935	0.0406	0.2123	-6.5767	80.0859	8.4291
6	0.2885	0.0346	0.1661	1.0029	-0.0307	0.6769	-0.0127	-0.4278	-0.1779	0.2366	-0.0443	-0.0258	0.0657	0.1001	0.0384	0.2366	-0.0207	0.0108	0.5283	0.0854	0.2067	2.1536	84.6105	18.7363
7	1.493	-0.8714	0.2486	0.8087	0.3989	1.0337	-0.0063	-0.7783	-0.2666	0.2767	-0.1263	0.1074	0.242	-0.063	0.1037	0.2771	-0.1032	-0.0133	0.7533	0.0238	0.2244	-4.472	91.0954	27.2527
8	1.1659	0.1608	0.1956	0.3242	0.1423	0.8022	-0.0168	-0.6453	0.2434	0.1876	-0.0576	-0.0563	-0.097	0.2517	-0.0632	0.255	-0.1851	-0.027	0.7053	-0.183	0.1912	-9.1086	102.7139	27.6902
9	0.4334	0.2643	0.1223	0.4337	0.1451	0.1625	0.1114	-0.3856	0.2755	0.1592	-0.0679	0.0451	-0.162	0.2405	-0.0212	0.2224	-0.1044	0.0267	0.3416	-0.0982	0.2003	-19.0269	103.1182	18.7899
10	0.7608	0.0465	-0.2184	0.3933	-0.0806	0.8087	-0.0486	-0.0096	-0.1481	0.0116	-0.0239	0.1064	0.1245	-0.128	0.0543	0.1319	-0.0241	0.0153	0.1419	-0.0173	0.1799	-92.2012	65.0513	0.6202
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18	0.9018	0.6132	-0.15	1.1097	-0.1062	0.6118	-0.0615	-0.1332	-0.1151	0.0533	-0.0645	0.0695	0.2017	0.0314	0.1127	0.2421	-0.0456	0.0505	0.1571	-0.0267	0.216	-71.7708	52.7859	-22.7264
19	0.5629	0.1215	0.108	1.1214	0.2227	1.2701	-0.0443	0.116	-0.2555	0.051	0.0094	-0.1256	0.4921	0.1035	0.0156	0.5314	-0.0161	0.1044	0.2095	-0.0172	0.4392	-72.1211	25.7509	-22.175
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29	0.835	0.1492	-0.5193	1.4564	0.0871	0.3662	0.009	0.2212	0.2282	-0.448	0.1073	-0.0596	-0.4332	-0.0706	0.001	0.5898	-0.1102	0.0774	0.2028	-0.0269	0.3948	-22.7391	137.2299	-10.3184
30	0.5105	0.116	-0.0392	0.9646	0.0505	0.024	0.0344	-0.0394	0.2156	-0.086	0.1239	-0.2726	-0.3048	0.2522	-0.0979	0.3223	-0.1189	0.0689	0.2281	-0.0914	0.3135	-15.6435	123.8398	-7.4027

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID -1 THROUGH 148 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 149 THROUGH 294 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 295 THROUGH 379 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 380 THROUGH 473 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 474 THROUGH 545 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'A' AND (RESID 546 THROUGH 589 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'A' AND (RESID 590 THROUGH 637 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'A' AND (RESID 638 THROUGH 696 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'A' AND (RESID 697 THROUGH 745 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'B' AND (RESID -1 THROUGH 148 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'B' AND (RESID 149 THROUGH 254 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'B' AND (RESID 255 THROUGH 437 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN 'B' AND (RESID 438 THROUGH 520 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN 'B' AND (RESID 521 THROUGH 577 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN 'B' AND (RESID 578 THROUGH 630 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN 'B' AND (RESID 631 THROUGH 745 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN 'C' AND (RESID -1 THROUGH 379 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN 'C' AND (RESID 380 THROUGH 476 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	CHAIN 'C' AND (RESID 477 THROUGH 589 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	CHAIN 'C' AND (RESID 590 THROUGH 637 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	CHAIN 'C' AND (RESID 638 THROUGH 745 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	CHAIN 'D' AND (RESID -1 THROUGH 167 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	CHAIN 'D' AND (RESID 168 THROUGH 254 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	CHAIN 'D' AND (RESID 255 THROUGH 294 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	CHAIN 'D' AND (RESID 295 THROUGH 381 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	CHAIN 'D' AND (RESID 382 THROUGH 473 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	CHAIN 'D' AND (RESID 474 THROUGH 545 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	CHAIN 'D' AND (RESID 546 THROUGH 589 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	CHAIN 'D' AND (RESID 590 THROUGH 637 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	CHAIN 'D' AND (RESID 638 THROUGH 745 )

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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