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万見
- PDB-6mfb: Crystal structure of 3-hydroxykynurenine transaminase from Aedes ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mfb
タイトルCrystal structure of 3-hydroxykynurenine transaminase from Aedes aegypti
要素Serine--pyruvate aminotransferase
キーワードTRANSFERASE / alpha/beta protein / PLP-dependent transaminase
機能・相同性
機能・相同性情報


: / alanine-glyoxylate transaminase / L-kynurenine catabolic process / kynurenine-glyoxylate transaminase / kynurenine-glyoxylate transaminase activity / alanine-glyoxylate transaminase activity / glyoxylate catabolic process / peroxisome
類似検索 - 分子機能
Serine-pyruvate aminotransferase/2-aminoethylphosphonate-pyruvate transaminase / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase ...Serine-pyruvate aminotransferase/2-aminoethylphosphonate-pyruvate transaminase / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / 3-hydroxykynurenine transaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Aedes aegypti (ネッタイシマカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Maciel, L.G. / Oliveira, A.A. / Romao, T.P. / Silva Filha, M.H.N.L. / dos Anjos, J.V. / Soares, T.A. / Guido, R.V.C.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of 3-hydroxykynurenine transaminase from Aedes aegypti
著者: Maciel, L.G. / Oliveira, A.A. / Romao, T.P. / Silva Filha, M.H.N.L. / dos Anjos, J.V. / Soares, T.A. / Guido, R.V.C.
履歴
登録2018年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine--pyruvate aminotransferase
C: Serine--pyruvate aminotransferase
B: Serine--pyruvate aminotransferase
D: Serine--pyruvate aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,8448
ポリマ－172,8554
非ポリマー9894
水6,666370
1
A: Serine--pyruvate aminotransferase
B: Serine--pyruvate aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,9224
ポリマ－86,4282
非ポリマー4942
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8680 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area27390 Å2
手法PISA
2
C: Serine--pyruvate aminotransferase
D: Serine--pyruvate aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,9224
ポリマ－86,4282
非ポリマー4942
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8770 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area27580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.706, 115.729, 172.163
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Serine--pyruvate aminotransferase / Alanine--glyoxylate aminotransferase


分子量: 43213.867 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 1-386 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aedes aegypti (ネッタイシマカ)
遺伝子: AAEL003508 / プラスミド: pETTrx-1a/LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3)
参照: UniProt: Q0IG34, alanine-glyoxylate transaminase, serine-pyruvate transaminase
#2: 化合物
ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate


分子量: 247.142 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H10NO6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 370 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.77 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: HEPES pH 7.5, Ethylene glycol, Polyethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.45861 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 12M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.45861 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→47.85 Å / Num. obs: 59594 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 16.2 / Num. measured all: 388427 / Scaling rejects: 46
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.5-2.576.70.79845800.8960.3330.866100
10.9-47.855.90.0278180.9990.0120.02998.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2CH1

2ch1


解像度: 2.5→47.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 12.073 / SU ML: 0.257 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.612 / ESU R Free: 0.309
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2606 2946 4.9 %RANDOM
Rwork0.1866 ---
obs0.1902 57573 99.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 134.26 Å2 / Biso mean: 49.875 Å2 / Biso min: 25.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å2-0 Å20 Å2
2--0.01 Å2-0 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→47.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12080 0 60 370 12510
Biso mean--49.13 43.42 -
残基数----1540
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01412440
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01711275
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4131.65816868
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8641.62926445
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.36951536
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.74622.066605
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.886152122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5961576
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.21596
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213864
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022280
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.383 208 -
Rwork0.309 4208 -
all-4416 -
obs--99.73 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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