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万見
- PDB-6md3: Structure of T. brucei RRP44 PIN domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6md3
タイトルStructure of T. brucei RRP44 PIN domain
要素Rrp44p homologue
キーワードHydrolase/RNA / rRNA processing / Ribonuclease / RRP44 / PIN domain / Hydrolase-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


exosome (RNase complex) / RNA nuclease activity / RNA binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
PIN domain / Rrp44-like cold shock domain / Rrp44-like cold shock domain / Dis3-like cold-shock domain 2 / Dis3-like cold-shock domain 2 (CSD2) / Ribonuclease II/R, conserved site / Ribonuclease II family signature. / : / Ribonuclease II/R / RNB domain ...PIN domain / Rrp44-like cold shock domain / Rrp44-like cold shock domain / Dis3-like cold-shock domain 2 / Dis3-like cold-shock domain 2 (CSD2) / Ribonuclease II/R, conserved site / Ribonuclease II family signature. / : / Ribonuclease II/R / RNB domain / RNB / PIN domain / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Rrp44p homologue
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Guimaraes, B.G. / Cesaro, G.
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq) ブラジル
引用ジャーナル: RNA Biol / 年: 2019
タイトル: Trypanosoma brucei RRP44 is involved in an early stage of large ribosomal subunit RNA maturation.
著者: Cesaro, G. / Carneiro, F.R.G. / Avila, A.R. / Zanchin, N.I.T. / Guimaraes, B.G.
履歴
登録2018年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rrp44p homologue
B: Rrp44p homologue
C: Rrp44p homologue
D: Rrp44p homologue
E: Rrp44p homologue
F: Rrp44p homologue
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,82941
ポリマ－133,9956
非ポリマー1,83435
水11,926662
1
A: Rrp44p homologue
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6798
ポリマ－22,3321
非ポリマー3477
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Rrp44p homologue
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6447
ポリマ－22,3321
非ポリマー3126
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Rrp44p homologue
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6096
ポリマ－22,3321
非ポリマー2765
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Rrp44p homologue
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6096
ポリマ－22,3321
非ポリマー2765
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Rrp44p homologue
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6096
ポリマ－22,3321
非ポリマー2765
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Rrp44p homologue
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6798
ポリマ－22,3321
非ポリマー3477
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.570, 89.570, 321.610
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

-
要素

#1: タンパク質
Rrp44p homologue


分子量: 22332.418 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
遺伝子: RRP44 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q95Z12
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Mn
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 662 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.64 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6
詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M MES pH 6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.2824 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2824 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→45.91 Å / Num. obs: 64571 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 10.1 % / Biso Wilson estimate: 73.19 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 2.29→2.43 Å / 冗長度: 10 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 20379 / CC1/2: 0.42 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.29→45.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU R Cruickshank DPI: 0.244 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.249 / SU Rfree Blow DPI: 0.192 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.192
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 3229 5 %RANDOM
Rwork0.2 ---
obs0.202 64571 99.6 %-
原子変位パラメータBiso max: 253.65 Å2 / Biso mean: 70.22 Å2 / Biso min: 36.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.3724 Å20 Å20 Å2
2--3.3724 Å20 Å2
3----6.7447 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.31 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.29→45.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7938 0 35 662 8635
Biso mean--112 66.48 -
残基数----1036
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2841SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1358HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8033HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1103SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9440SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d8033HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg10867HARMONIC21.13
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.66
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.67
LS精密化 シェル解像度: 2.29→2.35 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3308 228 5 %
Rwork0.2717 4335 -
all0.2747 4563 -
obs--94.2 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.89430.3413-0.34373.5302-0.63642.1690.10590.00520.19560.52590.04890.4311-0.3032-0.2091-0.1549-0.04940.02020.1226-0.0664-0.0288-0.165333.80029.710645.375
21.39830.06670.44721.42230.04381.63180.01940.1194-0.02810.04950.0167-0.00060.06210.18-0.0361-0.08230.0322-0.00360.0735-0.0318-0.172989.482847.259236.6631
32.04150.52650.28781.4993-0.32211.6066-0.0992-0.0486-0.2704-0.1019-0.0175-0.23040.10530.17670.1167-0.1055-0.00160.04110.0336-0.0087-0.141369.152224.609717.1162
43.4150.16881.29592.22670.84021.7004-0.0561-0.50860.03310.4026-0.19960.58550.2116-0.50630.2557-0.1679-0.07340.16610.0984-0.068-0.238565.631650.137851.9089
51.21711.006-1.12012.8696-1.21062.2763-0.0002-0.3755-0.19920.4027-0.3741-0.7435-0.06160.59290.3744-0.1704-0.0738-0.11490.02410.1091-0.124861.39234.793446.5096
61.28640.3426-0.4821.3230.08981.5053-0.0068-0.0740.15060.03440.02340.1899-0.0133-0.2075-0.0166-0.1353-0.0155-0.00070.0933-0.0361-0.123544.552338.339824.5954
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A28 - 219
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B27 - 219
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C24 - 219
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D29 - 220
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }E29 - 221
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }F27 - 221

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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