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- PDB-6mcu: Crystal structure of the holo retinal-bound domain-swapped dimer ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mcu
タイトルCrystal structure of the holo retinal-bound domain-swapped dimer Q108K:T51D:A28H mutant of human Cellular Retinol Binding Protein II
要素Retinol-binding protein 2
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / iLBP / Protein Switch
機能・相同性
機能・相同性情報


vitamin A metabolic process / retinoid binding / retinal binding / retinol binding / epidermis development / fatty acid transport / Retinoid metabolism and transport / fatty acid binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Calycin beta-barrel core domain / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RETINAL / Retinol-binding protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.572 Å
データ登録者Ghanbarpour, A. / Geiger, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI) 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2019
タイトル: Engineering the hCRBPII Domain-Swapped Dimer into a New Class of Protein Switches.
著者: Ghanbarpour, A. / Pinger, C. / Esmatpour Salmani, R. / Assar, Z. / Santos, E.M. / Nosrati, M. / Pawlowski, K. / Spence, D. / Vasileiou, C. / Jin, X. / Borhan, B. / Geiger, J.H.
履歴
登録2018年9月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinol-binding protein 2
B: Retinol-binding protein 2
C: Retinol-binding protein 2
D: Retinol-binding protein 2
E: Retinol-binding protein 2
F: Retinol-binding protein 2
G: Retinol-binding protein 2
H: Retinol-binding protein 2
I: Retinol-binding protein 2
J: Retinol-binding protein 2
K: Retinol-binding protein 2
L: Retinol-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,85320
ポリマ－188,15512
非ポリマー1,6988
水2,684149
1
A: Retinol-binding protein 2
D: Retinol-binding protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3592
ポリマ－31,3592
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7570 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area13850 Å2
手法PISA
2
B: Retinol-binding protein 2
C: Retinol-binding protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3592
ポリマ－31,3592
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7320 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area13880 Å2
手法PISA
3
E: Retinol-binding protein 2
H: Retinol-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7364
ポリマ－31,3592
非ポリマー3772
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8650 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area13240 Å2
手法PISA
4
F: Retinol-binding protein 2
G: Retinol-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0205
ポリマ－31,3592
非ポリマー6613
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9890 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area12820 Å2
手法PISA
5
I: Retinol-binding protein 2
L: Retinol-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4513
ポリマ－31,3592
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7580 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area13490 Å2
手法PISA
6
J: Retinol-binding protein 2
K: Retinol-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9284
ポリマ－31,3592
非ポリマー5692
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9470 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area12950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.874, 73.992, 349.989
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Retinol-binding protein 2 / Cellular retinol-binding protein II / CRBP-II


分子量: 15679.556 Da / 分子数: 12 / 変異: Q108K, T51D, A28H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBP2, CRBP2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P50120
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-RET / RETINAL / (7Z,9Z,11Z,13Z)-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.73 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 4000, ammonium sulfate, sodium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.572→49.201 Å / Num. obs: 50840 / % possible obs: 91.31 % / 冗長度: 6.3 % / Rrim(I) all: 0.15 / Net I/σ(I): 12.08
反射 シェル解像度: 2.572→2.664 Å / Rmerge(I) obs: 0.69 / Num. unique obs: 2456 / Rpim(I) all: 0.311 / Rrim(I) all: 0.796

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2RCT

2rct


解像度: 2.572→49.201 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.44
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2963 1999 3.93 %
Rwork0.2309 --
obs0.2334 50808 91.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.572→49.201 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13202 0 118 153 13473
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00313567
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5418242
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.388294
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421922
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0022353
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5721-2.63650.39971360.30413327X-RAY DIFFRACTION88
2.6365-2.70770.33521380.27143366X-RAY DIFFRACTION91
2.7077-2.78740.33641380.25733377X-RAY DIFFRACTION90
2.7874-2.87740.34031390.26223391X-RAY DIFFRACTION90
2.8774-2.98020.351390.27863391X-RAY DIFFRACTION90
2.9802-3.09950.33151390.26293401X-RAY DIFFRACTION90
3.0995-3.24050.36541370.25443359X-RAY DIFFRACTION90
3.2405-3.41140.30241400.24123396X-RAY DIFFRACTION89
3.4114-3.6250.2661350.22063339X-RAY DIFFRACTION88
3.625-3.90480.31391400.21843414X-RAY DIFFRACTION89
3.9048-4.29760.26721420.20943463X-RAY DIFFRACTION91
4.2976-4.91890.24391500.18643647X-RAY DIFFRACTION94
4.9189-6.19540.26141590.22883875X-RAY DIFFRACTION99
6.1954-49.20970.28231670.22134063X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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