PDB-6mb8: Apo structure of AAC-IIIb

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6mb8

タイトル

Apo structure of AAC-IIIb

要素

Aac(3)-IIIb protein

キーワード

TRANSFERASE/ANTIBIOTIC / acetyltransferase / promiscuity / GNAT / antibiotic resistance / ANTIBIOTIC / TRANSFERASE-ANTIBIOTIC complex

機能・相同性

aminoglycoside 3-N-acetyltransferase activity / Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase / Aminoglycoside 3-N-acetyltransferase / Aminoglycoside 3-N-acetyltransferase-like / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / response to antibiotic / Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Cuneo, M.J. / Kumar, P.

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Encoding of Promiscuity in an Aminoglycoside Acetyltransferase.
著者: Kumar, P. / Selvaraj, B. / Serpersu, E.H. / Cuneo, M.J.

履歴

登録	2018年8月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年11月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年12月5日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6mb8.cif.gz	136.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6mb8.ent.gz	103.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6mb8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mb/6mb8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mb/6mb8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6mb4C 6mb5C 6mb6C 6mb7C 6mb9C 6bc3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6mb7-1 6mb5-1 6mb4-2 6mb6-2 6mb4-1 2a9m-d 5de0-1 6fmg-d 5de0-2 6per-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Aac(3)-IIIb protein

B: Aac(3)-IIIb protein

ヘテロ分子

58.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS

2

A: Aac(3)-IIIb protein

B: Aac(3)-IIIb protein

ヘテロ分子

A: Aac(3)-IIIb protein

B: Aac(3)-IIIb protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
116 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	137.256, 163.897, 95.126
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-814- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 7 through 52 or resid 54...
2	1	(chain B and (resid 7 through 52 or resid 54...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	LEU	LEU	(chain A and (resid 7 through 52 or resid 54...	A	A	7 - 52	7 - 52
1	2	ASP	ASP	GLY	GLY	(chain A and (resid 7 through 52 or resid 54...	A	A	54 - 105	54 - 105
1	3	SER	SER	THR	THR	(chain A and (resid 7 through 52 or resid 54...	A	A	7 - 271	7 - 271
1	4	SER	SER	THR	THR	(chain A and (resid 7 through 52 or resid 54...	A	A	7 - 271	7 - 271
1	5	ILE	ILE	ARG	ARG	(chain A and (resid 7 through 52 or resid 54...	A	A	190 - 206	190 - 206
1	6	ILE	ILE	PHE	PHE	(chain A and (resid 7 through 52 or resid 54...	A	A	208 - 211	208 - 211
1	7	THR	THR	GLY	GLY	(chain A and (resid 7 through 52 or resid 54...	A	A	213 - 270	213 - 270
2	1	SER	SER	LEU	LEU	(chain B and (resid 7 through 52 or resid 54...	B	B	7 - 52	7 - 52
2	2	ASP	ASP	GLY	GLY	(chain B and (resid 7 through 52 or resid 54...	B	B	54 - 105	54 - 105
2	3	ALA	ALA	GLY	GLY	(chain B and (resid 7 through 52 or resid 54...	B	B	6 - 270	6 - 270
2	4	ALA	ALA	GLY	GLY	(chain B and (resid 7 through 52 or resid 54...	B	B	6 - 270	6 - 270
2	5	ILE	ILE	ARG	ARG	(chain B and (resid 7 through 52 or resid 54...	B	B	190 - 206	190 - 206
2	6	ILE	ILE	PHE	PHE	(chain B and (resid 7 through 52 or resid 54...	B	B	208 - 211	208 - 211
2	7	THR	THR	GLY	GLY	(chain B and (resid 7 through 52 or resid 54...	B	B	213 - 270	213 - 270

#1: タンパク質	Aac(3)-IIIb protein 分子量: 29018.799 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: aac(3)-IIIb / 発現宿主: Escherichia coli DH1 (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH1 / 参照: UniProt: Q51405
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 897 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	see NCBI Reference Sequence: WP_088170001.1

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.31 %
結晶化	温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 3.0 M sodium formate, 10-20 % glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年8月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→40 Å / Num. obs: 140647 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 23.08 Å² / R_merge(I) obs: 0.038 / Χ²: 1.198 / Net I/σ(I): 21.6 / Num. measured all: 575060

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.6-1.66	3.9	0.66	13949	1.523	1	99.9
1.66-1.72	4	0.519	13987	1.506	1	100
1.72-1.8	4	0.361	13922	1.469	1	100
1.8-1.9	4.1	0.242	13988	1.366	1	100
1.9-2.02	4.1	0.153	14017	1.195	1	100
2.02-2.17	4.1	0.096	13987	1.156	1	100
2.17-2.39	4.2	0.062	14059	1.107	1	100
2.39-2.74	4.2	0.043	14081	0.927	1	100
2.74-3.45	4.2	0.026	14169	1.018	1	99.9
3.45-40	4.2	0.016	14488	0.806	1	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-3000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6BC3

6bc3

解像度: 1.6→39.985 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.44

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.192	1999	1.42 %
R_work	0.179	-	-
obs	0.1792	140555	99.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 97.69 Å² / B_iso mean: 28.5909 Å² / B_iso min: 13.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.6→39.985 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3976	0	2	897	4875
B_iso mean	-	-	54.11	40.9	-
残基数	-	-	-	-	530

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	1542	X-RAY DIFFRACTION	4.105	TORSIONAL
1	2	B	1542	X-RAY DIFFRACTION	4.105	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6-1.64	0.2675	142	0.2702	9828	9970	99
1.64-1.6843	0.2708	141	0.2599	9781	9922	100
1.6843-1.7339	0.2935	141	0.2587	9831	9972	100
1.7339-1.7898	0.2576	143	0.2396	9844	9987	100
1.7898-1.8538	0.2475	142	0.2169	9820	9962	100
1.8538-1.928	0.2437	142	0.2059	9859	10001	100
1.928-2.0158	0.1879	142	0.1982	9874	10016	100
2.0158-2.1221	0.2163	142	0.1901	9823	9965	100
2.1221-2.255	0.2031	142	0.1833	9895	10037	100
2.255-2.4291	0.2023	144	0.1832	9894	10038	100
2.4291-2.6735	0.1981	143	0.1838	9896	10039	100
2.6735-3.0602	0.2003	143	0.1857	9954	10097	100
3.0602-3.8551	0.1674	143	0.1517	9979	10122	100
3.8551-39.9976	0.151	149	0.1512	10278	10427	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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