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- PDB-6m9y: X-ray Structure of Branchiostoma floridae fluorescent protein lanFP6A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m9y
タイトルX-ray Structure of Branchiostoma floridae fluorescent protein lanFP6A
要素(Fluorescent protein lanFP6A) x 2
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / Fluorescent Protein Branchiostoma floridae Gly-Tyr-Ala tripeptide hydrolysis
機能・相同性Pantoate--beta-alanine Ligase; Chain: A,domain 2 - #40 / Pantoate--beta-alanine Ligase; Chain: A,domain 2 / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Green fluorescent protein
機能・相同性情報
生物種Branchiostoma floridae (ナメクジウオ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Muslinkina, L. / Pletneva, N. / Pletnev, V. / Pletnev, S.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)HHSN261200800001E 米国
Department of Energy (DOE, United States)W-31-109-Eng-38 米国
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2019
タイトル: Structural Factors Enabling Successful GFP-Like Proteins with Alanine as the Third Chromophore-Forming Residue.
著者: Muslinkina, L. / Roldan-Salgado, A. / Gaytan, P. / Juarez-Gonzalez, V.R. / Rudino, E. / Pletneva, N. / Pletnev, V. / Dauter, Z. / Pletnev, S.
履歴
登録2018年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fluorescent protein lanFP6A
B: Fluorescent protein lanFP6A
C: Fluorescent protein lanFP6A
D: Fluorescent protein lanFP6A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1414
ポリマ－52,1414
非ポリマー00
水10,863603
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)112.726, 98.169, 55.145
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.070, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-493-

HOH

21B-519-

HOH

31D-493-

HOH

41D-516-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Fluorescent protein lanFP6A


分子量: 6316.218 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Branchiostoma floridae (ナメクジウオ)
遺伝子: BRAFLDRAFT_75521 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3YRA1
#2: タンパク質 Fluorescent protein lanFP6A


分子量: 19754.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Branchiostoma floridae (ナメクジウオ)
遺伝子: BRAFLDRAFT_75521 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3YRA1
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 603 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.2M Ammonium Citrate pH 7.0, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→30 Å / Num. obs: 116582 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.053 / Χ2: 0.544 / Net I/σ(I): 10.2 / Num. measured all: 284216
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.35-1.42.40.537112200.7310.4180.6840.54990.5
1.4-1.452.40.404112350.810.3080.510.53890.2
1.45-1.522.40.275112930.8920.2050.3450.53191.1
1.52-1.62.40.179114720.9380.1290.2220.50792.6
1.6-1.72.30.122117590.9650.0830.1480.48494.7
1.7-1.832.30.077119740.9760.0520.0940.51496.4
1.83-2.022.30.059119920.9670.040.0720.66796.4
2.02-2.312.30.048117200.9540.0330.0590.70694.3
2.31-2.912.60.036118450.9680.0240.0430.47994.9
2.91-302.80.034120720.9810.0210.040.595.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0222精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HVF

4hvf


解像度: 1.35→28.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / WRfactor Rfree: 0.172 / WRfactor Rwork: 0.1317 / FOM work R set: 0.8763 / SU B: 1.872 / SU ML: 0.034 / SU R Cruickshank DPI: 0.0475 / SU Rfree: 0.0482 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.047 / ESU R Free: 0.048 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1688 1079 1 %RANDOM
Rwork0.133 ---
obs0.1333 106408 86.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 113.1 Å2 / Biso mean: 19.371 Å2 / Biso min: 7.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20.07 Å2
2---0.46 Å20 Å2
3---0.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.35→28.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3512 0 0 609 4121
Biso mean---34.07 -
残基数----440
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0143766
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173280
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7231.6685114
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.031.6427729
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2545466
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.01324.286189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.56915623
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.396158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2477
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.024278
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02758
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.4537046
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free25.6465364
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded12.55657189
LS精密化 シェル解像度: 1.351→1.386 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.173 47 -
Rwork0.171 3461 -
all-3508 -
obs--37.93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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